test/jalview/ext/ensembl/EnsemblCdsTest.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.SequenceDummy;
   8 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;
  10 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  11 import jalview.io.gff.SequenceOntologyLite;
  12 import jalview.util.MapList;
  13
  14 import java.util.List;
  15
  16 import org.testng.annotations.AfterClass;
  17 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  18 import org.testng.annotations.Test;
  19
  20 public class EnsemblCdsTest
  21 {
  22   @BeforeClass
  23   public void setUp()
  24   {
  25     SequenceOntologyFactory.setInstance(new SequenceOntologyLite());
  26   }
  27
  28   @AfterClass
  29   public void tearDown()
  30   {
  31     SequenceOntologyFactory.setInstance(null);
  32   }
  33
  34   /**
  35    * Test that the cdna part of genomic sequence is correctly identified by
  36    * 'CDS' features (or subtypes) with the desired transcript as parent
  37    */
  38   @Test(groups = "Functional")
  39   public void testGetGenomicRangesFromFeatures()
  40   {
  41     EnsemblCds testee = new EnsemblCds();
  42     SequenceI genomic = new SequenceDummy("chr7");
  43     genomic.setStart(10000);
  44     genomic.setEnd(50000);
  45     String transcriptId = "ABC123";
  46
  47     // CDS at (start+10000) length 501
  48     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("CDS", "", 20000, 20500, 0f,
  49             null);
  50     sf.setValue("Parent", "transcript:" + transcriptId);
  51     sf.setStrand("+");
  52     genomic.addSequenceFeature(sf);
  53
  54     // CDS (sub-type) at (start + 10500) length 101
  55     sf = new SequenceFeature("CDS_predicted", "", 10500, 10600, 0f, null);
  56     sf.setValue("Parent", "transcript:" + transcriptId);
  57     sf.setStrand("+");
  58     genomic.addSequenceFeature(sf);
  59
  60     // CDS belonging to a different transcript doesn't count
  61     sf = new SequenceFeature("CDS", "", 11500, 12600, 0f, null);
  62     sf.setValue("Parent", "transcript:anotherOne");
  63     genomic.addSequenceFeature(sf);
  64
  65     // exon feature doesn't count
  66     sf = new SequenceFeature("exon", "", 10000, 50000, 0f, null);
  67     genomic.addSequenceFeature(sf);
  68
  69     // mRNA_region feature doesn't count (parent of CDS)
  70     sf = new SequenceFeature("mRNA_region", "", 10000, 50000, 0f, null);
  71     genomic.addSequenceFeature(sf);
  72
  73     MapList ranges = testee.getGenomicRangesFromFeatures(genomic,
  74             transcriptId, 23);
  75     List<int[]> fromRanges = ranges.getFromRanges();
  76     assertEquals(2, fromRanges.size());
  77     // from ranges should be sorted by start order
  78     assertEquals(10500, fromRanges.get(0)[0]);
  79     assertEquals(10600, fromRanges.get(0)[1]);
  80     assertEquals(20000, fromRanges.get(1)[0]);
  81     assertEquals(20500, fromRanges.get(1)[1]);
  82     // to range should start from given start numbering
  83     List<int[]> toRanges = ranges.getToRanges();
  84     assertEquals(1, toRanges.size());
  85     assertEquals(23, toRanges.get(0)[0]);
  86     assertEquals(624, toRanges.get(0)[1]);
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Test the method that retains features except for 'CDS' (or subtypes), or
  91    * features with parent other than the given id
  92    */
  93   @Test(groups = "Functional")
  94   public void testRetainFeature()
  95   {
  96     String accId = "ABC123";
  97     EnsemblCds testee = new EnsemblCds();
  98
  99     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("CDS", "", 20000,
 100             20500, 0f, null);
 101     assertFalse(testee.retainFeature(sf, accId));
 102
 103     sf.setType("CDS_predicted");
 104     assertFalse(testee.retainFeature(sf, accId));
 105
 106     // other feature with no parent is retained
 107     sf.setType("sequence_variant");
 108     assertTrue(testee.retainFeature(sf, accId));
 109
 110     // other feature with desired parent is retained
 111     sf.setValue("Parent", "transcript:" + accId);
 112     assertTrue(testee.retainFeature(sf, accId));
 113
 114     // feature with wrong parent is not retained
 115     sf.setValue("Parent", "transcript:XYZ");
 116     assertFalse(testee.retainFeature(sf, accId));
 117   }
 118
 119   /**
 120    * Test the method that picks out 'CDS' (or subtype) features with the
 121    * accession id as parent
 122    */
 123   @Test(groups = "Functional")
 124   public void testIdentifiesSequence()
 125   {
 126     String accId = "ABC123";
 127     EnsemblCds testee = new EnsemblCds();
 128
 129     // cds with no parent not valid
 130     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("CDS", "", 1, 2, 0f, null);
 131     assertFalse(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 132
 133     // cds with wrong parent not valid
 134     sf.setValue("Parent", "transcript:XYZ");
 135     assertFalse(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 136
 137     // cds with right parent is valid
 138     sf.setValue("Parent", "transcript:" + accId);
 139     assertTrue(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 140
 141     // cds sub-type with right parent is valid
 142     sf.setType("CDS_predicted");
 143     assertTrue(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 144
 145     // transcript not valid:
 146     sf.setType("transcript");
 147     assertFalse(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 148
 149     // exon not valid:
 150     sf.setType("exon");
 151     assertFalse(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 152   }
 153
 154 }