test/jalview/ext/htsjdk/TestHtsContigDb.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.htsjdk;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.gui.JvOptionPane;
  25
  26 import java.io.File;
  27
  28 import org.testng.Assert;
  29 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 /**
  33  * @author jprocter
  34  *
  35  */
  36 public class TestHtsContigDb
  37 {
  38
  39   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  40   public void setUpJvOptionPane()
  41   {
  42     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  43     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  44   }
  45
  46   @Test(groups = "Functional")
  47   public final void testHTSReferenceSequence() throws Exception
  48   {
  49     HtsContigDb remmadb = new HtsContigDb("REEMADB", new File(
  50             "test/jalview/ext/htsjdk/pgmb.fasta"));
  51
  52     Assert.assertTrue(remmadb.isValid());
  53
  54     SequenceI sq = remmadb.getSequenceProxy("Deminut");
  55     Assert.assertNotNull(sq);
  56     Assert.assertNotEquals(0, sq.getLength());
  57   }
  58
  59 }