test/jalview/ext/jmol/JmolCommandsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.util.HashMap;
  28 import java.util.LinkedHashMap;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 import jalview.datamodel.Alignment;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  38 import jalview.datamodel.Sequence;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.gui.AlignFrame;
  41 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  42 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  43 import jalview.structure.AtomSpecModel;
  44 import jalview.structure.StructureCommandI;
  45 import jalview.structure.StructureCommandsI.AtomSpecType;
  46 import jalview.structure.StructureMapping;
  47 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  48
  49 public class JmolCommandsTest
  50 {
  51   private JmolCommands testee;
  52
  53   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  54   public void setUp()
  55   {
  56     testee = new JmolCommands();
  57   }
  58
  59   @Test(groups = { "Functional" })
  60   public void testGetColourBySequenceCommands_hiddenColumns()
  61   {
  62     /*
  63      * load these sequences, coloured by Strand propensity,
  64      * with columns 2-4 hidden
  65      */
  66     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "MHRSQSSSGG");
  67     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "MVRSNGGSSS");
  68     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  69     AlignFrame af = new AlignFrame(al, 800, 500);
  70     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand.toString());
  71     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
  72     cs.addElement(2);
  73     cs.addElement(3);
  74     cs.addElement(4);
  75     af.getViewport().setColumnSelection(cs);
  76     af.hideSelColumns_actionPerformed(null);
  77     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(af.getViewport());
  78     SequenceI[][] seqs = new SequenceI[][] { { seq1 }, { seq2 } };
  79     String[] files = new String[] { "seq1.pdb", "seq2.pdb" };
  80     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(null);
  81
  82     /*
  83      * map residues 1-10 to residues 21-30 (atoms 105-150) in structures
  84      */
  85     HashMap<Integer, int[]> map = new HashMap<>();
  86     for (int pos = 1; pos <= seq1.getLength(); pos++)
  87     {
  88       map.put(pos, new int[] { 20 + pos, 5 * (20 + pos) });
  89     }
  90     StructureMapping sm1 = new StructureMapping(seq1, "seq1.pdb", "pdb1",
  91             "A", map, null);
  92     ssm.addStructureMapping(sm1);
  93     StructureMapping sm2 = new StructureMapping(seq2, "seq2.pdb", "pdb2",
  94             "B", map, null);
  95     ssm.addStructureMapping(sm2);
  96
  97     // TODO - comments in testee suggest this tests an obsolete method!
  98     String[] commands = testee.colourBySequence(ssm, files, seqs, sr,
  99             af.alignPanel);
 100     assertEquals(commands.length, 2);
 101
 102     String chainACommand = commands[0];
 103     // M colour is #82827d == (130, 130, 125) (see strand.html help page)
 104     assertTrue(
 105             chainACommand.contains("select 21:A/1.1;color[130,130,125]")); // first
 106                                                                            // one
 107     // H colour is #60609f == (96, 96, 159)
 108     assertTrue(chainACommand.contains(";select 22:A/1.1;color[96,96,159]"));
 109     // hidden columns are Gray (128, 128, 128)
 110     assertTrue(chainACommand
 111             .contains(";select 23-25:A/1.1;color[128,128,128]"));
 112     // S and G are both coloured #4949b6 == (73, 73, 182)
 113     assertTrue(
 114             chainACommand.contains(";select 26-30:A/1.1;color[73,73,182]"));
 115
 116     String chainBCommand = commands[1];
 117     // M colour is #82827d == (130, 130, 125)
 118     assertTrue(
 119             chainBCommand.contains("select 21:B/2.1;color[130,130,125]"));
 120     // V colour is #ffff00 == (255, 255, 0)
 121     assertTrue(chainBCommand.contains(";select 22:B/2.1;color[255,255,0]"));
 122     // hidden columns are Gray (128, 128, 128)
 123     assertTrue(chainBCommand
 124             .contains(";select 23-25:B/2.1;color[128,128,128]"));
 125     // S and G are both coloured #4949b6 == (73, 73, 182)
 126     assertTrue(
 127             chainBCommand.contains(";select 26-30:B/2.1;color[73,73,182]"));
 128   }
 129
 130   @Test(groups = "Functional")
 131   public void testGetAtomSpec()
 132   {
 133     AtomSpecModel model = new AtomSpecModel();
 134     assertEquals(testee.getAtomSpec(model, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY), "");
 135     model.addRange("1", 2, 4, "A");
 136     assertEquals(testee.getAtomSpec(model, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY),
 137             "2-4:A/1.1");
 138     model.addRange("1", 8, 8, "A");
 139     assertEquals(testee.getAtomSpec(model, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY),
 140             "2-4:A/1.1|8:A/1.1");
 141     model.addRange("1", 5, 7, "B");
 142     assertEquals(testee.getAtomSpec(model, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY),
 143             "2-4:A/1.1|8:A/1.1|5-7:B/1.1");
 144     model.addRange("1", 3, 5, "A");
 145     assertEquals(testee.getAtomSpec(model, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY),
 146             "2-5:A/1.1|8:A/1.1|5-7:B/1.1");
 147     model.addRange("2", 1, 4, "B");
 148     assertEquals(testee.getAtomSpec(model, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY),
 149             "2-5:A/1.1|8:A/1.1|5-7:B/1.1|1-4:B/2.1");
 150     model.addRange("2", 5, 9, "C");
 151     assertEquals(testee.getAtomSpec(model, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY),
 152             "2-5:A/1.1|8:A/1.1|5-7:B/1.1|1-4:B/2.1|5-9:C/2.1");
 153     model.addRange("1", 8, 10, "B");
 154     assertEquals(testee.getAtomSpec(model, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY),
 155             "2-5:A/1.1|8:A/1.1|5-10:B/1.1|1-4:B/2.1|5-9:C/2.1");
 156     model.addRange("1", 8, 9, "B");
 157     assertEquals(testee.getAtomSpec(model, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY),
 158             "2-5:A/1.1|8:A/1.1|5-10:B/1.1|1-4:B/2.1|5-9:C/2.1");
 159     model.addRange("2", 3, 10, "C"); // subsumes 5-9
 160     assertEquals(testee.getAtomSpec(model, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY),
 161             "2-5:A/1.1|8:A/1.1|5-10:B/1.1|1-4:B/2.1|3-10:C/2.1");
 162     model.addRange("5", 25, 35, " ");
 163     assertEquals(testee.getAtomSpec(model, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY),
 164             "2-5:A/1.1|8:A/1.1|5-10:B/1.1|1-4:B/2.1|3-10:C/2.1|25-35:/5.1");
 165
 166   }
 167
 168   @Test(groups = { "Functional" })
 169   public void testColourBySequence()
 170   {
 171     Map<Object, AtomSpecModel> map = new LinkedHashMap<>();
 172     JmolCommands.addAtomSpecRange(map, Color.blue, "1", 2, 5, "A");
 173     JmolCommands.addAtomSpecRange(map, Color.blue, "1", 7, 7, "B");
 174     JmolCommands.addAtomSpecRange(map, Color.blue, "1", 9, 23, "A");
 175     JmolCommands.addAtomSpecRange(map, Color.blue, "2", 1, 1, "A");
 176     JmolCommands.addAtomSpecRange(map, Color.blue, "2", 4, 7, "B");
 177     JmolCommands.addAtomSpecRange(map, Color.yellow, "2", 8, 8, "A");
 178     JmolCommands.addAtomSpecRange(map, Color.yellow, "2", 3, 5, "A");
 179     JmolCommands.addAtomSpecRange(map, Color.red, "1", 3, 5, "A");
 180     JmolCommands.addAtomSpecRange(map, Color.red, "1", 6, 9, "A");
 181
 182     // Colours should appear in the Jmol command in the order in which
 183     // they were added; within colour, by model, by chain, ranges in start order
 184     List<StructureCommandI> commands = testee.colourBySequence(map);
 185     assertEquals(commands.size(), 1);
 186     String expected1 = "select 2-5:A/1.1|9-23:A/1.1|7:B/1.1|1:A/2.1|4-7:B/2.1;color[0,0,255]";
 187     String expected2 = "select 3-5:A/2.1|8:A/2.1;color[255,255,0]";
 188     String expected3 = "select 3-9:A/1.1;color[255,0,0]";
 189     assertEquals(commands.get(0).getCommand(),
 190             expected1 + ";" + expected2 + ";" + expected3);
 191   }
 192
 193   @Test(groups = { "Functional" })
 194   public void testSuperposeStructures()
 195   {
 196     AtomSpecModel ref = new AtomSpecModel();
 197     ref.addRange("1", 12, 14, "A");
 198     ref.addRange("1", 18, 18, "B");
 199     ref.addRange("1", 22, 23, "B");
 200     AtomSpecModel toAlign = new AtomSpecModel();
 201     toAlign.addRange("2", 15, 17, "B");
 202     toAlign.addRange("2", 20, 21, "B");
 203     toAlign.addRange("2", 22, 22, "C");
 204     List<StructureCommandI> command = testee.superposeStructures(ref,
 205             toAlign, AtomSpecType.ALPHA); // doesn't matter for Jmol whether nuc
 206                                           // or protein
 207     assertEquals(command.size(), 1);
 208     String refSpec = "12-14:A/1.1|18:B/1.1|22-23:B/1.1";
 209     String toAlignSpec = "15-17:B/2.1|20-21:B/2.1|22:C/2.1";
 210     String expected = String.format(
 211             "compare {2.1} {1.1} SUBSET {(*.CA | *.P) and conformation=1} ATOMS {%s}{%s} ROTATE TRANSLATE ;select %s|%s;cartoons",
 212             toAlignSpec, refSpec, toAlignSpec, refSpec);
 213     assertEquals(command.get(0).getCommand(), expected);
 214   }
 215
 216   @Test(groups = "Functional")
 217   public void testGetModelStartNo()
 218   {
 219     assertEquals(testee.getModelStartNo(), 1);
 220   }
 221
 222   @Test(groups = "Functional")
 223   public void testColourByChain()
 224   {
 225     StructureCommandI cmd = testee.colourByChain();
 226     assertEquals(cmd.getCommand(), "select *;color chain");
 227   }
 228
 229   @Test(groups = "Functional")
 230   public void testColourByCharge()
 231   {
 232     List<StructureCommandI> cmds = testee.colourByCharge();
 233     assertEquals(cmds.size(), 1);
 234     assertEquals(cmds.get(0).getCommand(),
 235             "select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 236                     + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 237   }
 238
 239   @Test(groups = "Functional")
 240   public void testSetBackgroundColour()
 241   {
 242     StructureCommandI cmd = testee.setBackgroundColour(Color.PINK);
 243     assertEquals(cmd.getCommand(), "background [255,175,175]");
 244   }
 245
 246   @Test(groups = "Functional")
 247   public void testFocusView()
 248   {
 249     StructureCommandI cmd = testee.focusView();
 250     assertEquals(cmd.getCommand(), "zoom 0");
 251   }
 252
 253   @Test(groups = "Functional")
 254   public void testSaveSession()
 255   {
 256     StructureCommandI cmd = testee.saveSession("/some/filepath");
 257     assertEquals(cmd.getCommand(), "write STATE \"/some/filepath\"");
 258   }
 259
 260   @Test(groups = "Functional")
 261   public void testShowBackbone()
 262   {
 263     List<StructureCommandI> cmds = testee.showBackbone();
 264     assertEquals(cmds.size(), 1);
 265     assertEquals(cmds.get(0).getCommand(),
 266             "select *; cartoons off; backbone");
 267   }
 268
 269   @Test(groups = "Functional")
 270   public void testLoadFile()
 271   {
 272     StructureCommandI cmd = testee.loadFile("/some/filepath");
 273     assertEquals(cmd.getCommand(), "load FILES \"/some/filepath\"");
 274
 275     // single backslash gets escaped to double
 276     cmd = testee.loadFile("\\some\\filepath");
 277     assertEquals(cmd.getCommand(), "load FILES \"\\\\some\\\\filepath\"");
 278   }
 279
 280   @Test(groups = "Functional")
 281   public void testOpenSession()
 282   {
 283     StructureCommandI cmd = testee.openSession("/some/filepath");
 284     assertEquals(cmd.getCommand(), "load FILES \"/some/filepath\"");
 285
 286     // single backslash gets escaped to double
 287     cmd = testee.openSession("\\some\\filepath");
 288     assertEquals(cmd.getCommand(), "load FILES \"\\\\some\\\\filepath\"");
 289   }
 290 }