test/jalview/ext/jmol/JmolParserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.AlignFrame;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.FileLoader;
  33
  34 import java.util.Vector;
  35
  36 import org.jmol.c.STR;
  37 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  38 import org.testng.annotations.Test;
  39
  40 import MCview.PDBfile;
  41
  42 /**
  43  * @author jimp
  44  *
  45  */
  46 public class JmolParserTest
  47 {
  48   /*
  49    * 1GAQ has been reduced to alpha carbons only
  50    * 1QCF is the full PDB file including headers, HETATM etc
  51    */
  52   // String[] testFile = new String[] { "./examples/1GAQ.txt",
  53   // "./test/jalview/ext/jmol/1QCF.pdb" }; // ,
  54   String[] testFile = new String[] { "./examples/testdata/1qcf.cif" }; // ,
  55
  56   //@formatter:off
  57   // a modified and very cut-down extract of 4UJ4
  58   String pdbWithChainBreak =
  59      "HEADER    TRANSPORT PROTEIN                       08-APR-15   4UJ4\n" +
  60      // chain B has missing residues; these should all go in the same sequence:
  61      "ATOM   1909  CA  VAL B 358      21.329 -19.739 -67.740  1.00201.05           C\n" +
  62      "ATOM   1916  CA  GLY B 359      21.694 -23.563 -67.661  1.00198.09           C\n" +
  63      "ATOM   1920  CA  LYS B 367      32.471 -12.135 -77.100  1.00257.97           C\n" +
  64      "ATOM   1925  CA  ALA B 368      31.032  -9.324 -74.946  1.00276.01           C\n" +
  65      // switch to chain C; should be a separate sequence
  66      "ATOM   1930  CA  SER C 369      32.589  -7.517 -71.978  1.00265.44           C\n" +
  67      "ATOM   1936  CA  ALA C 370      31.650  -6.849 -68.346  1.00249.48           C\n";
  68   //@formatter:on
  69
  70   //@formatter:off
  71   // a very cut-down extract of 1ejg
  72   String pdbWithAltLoc =
  73      "HEADER    TRANSPORT PROTEIN                       08-APR-15   1EJG\n" +
  74      "ATOM    448  CA  ALA A  24       6.619  16.195   1.970  1.00  1.65           C\n" +
  75      "ATOM    458  CA ALEU A  25       3.048  14.822   1.781  0.57  1.48           C\n" +
  76      // alternative residue 25 entries (with ILE instead of LEU) should be ignored:
  77      "ATOM    478  CA BILE A  25       3.048  14.822   1.781  0.21  1.48           C\n" +
  78      // including the next altloc causes the unit test to fail but it works with the full file
  79      // not sure why!
  80      //     "ATOM    479  CA CILE A  25       3.048  14.822   1.781  0.22  1.48           C\n" +
  81      "ATOM    512  CA  CYS A  26       4.137  11.461   3.154  1.00  1.52           C\n";
  82   //@formatter:on
  83
  84   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  85   public void setUp()
  86   {
  87     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  88             Boolean.TRUE.toString());
  89     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  90             Boolean.TRUE.toString());
  91   }
  92
  93   @Test(groups = { "Functional" })
  94   public void testAlignmentLoader() throws Exception
  95   {
  96     for (String f : testFile)
  97     {
  98       FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  99       AlignFrame af = fl
 100               .LoadFileWaitTillLoaded(f, AppletFormatAdapter.FILE);
 101       validateSecStrRows(af.getViewport().getAlignment());
 102     }
 103   }
 104
 105   @Test(groups = { "Functional" })
 106   public void testFileParser() throws Exception
 107   {
 108     for (String pdbStr : testFile)
 109     {
 110       PDBfile mctest = new PDBfile(false, false, false, pdbStr,
 111               AppletFormatAdapter.FILE);
 112       JmolParser jtest = new JmolParser(pdbStr,
 113               jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
 114       Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs(), mcseqs = mctest.getSeqs();
 115
 116       assertTrue(
 117               "No sequences extracted from testfile\n"
 118                       + (jtest.hasWarningMessage() ? jtest.getWarningMessage()
 119                               : "(No warnings raised)"), seqs != null
 120                       && seqs.size() > 0);
 121       for (SequenceI sq : seqs)
 122       {
 123         assertEquals("JMol didn't process " + pdbStr
 124                 + " to the same sequence as MCView",
 125                 sq.getSequenceAsString(), mcseqs.remove(0)
 126                         .getSequenceAsString());
 127         AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { sq });
 128         validateSecStrRows(al);
 129       }
 130     }
 131   }
 132
 133   private void validateSecStrRows(AlignmentI al)
 134   {
 135     if (!al.isNucleotide())
 136     {
 137       for (SequenceI asq : al.getSequences())
 138       {
 139         SequenceI sq = asq;
 140         boolean hasDs = false;
 141         while (sq.getDatasetSequence() != null
 142                 && sq.getAnnotation() == null)
 143         {
 144           sq = sq.getDatasetSequence();
 145           hasDs = true;
 146         }
 147         checkFirstAAIsAssoc(sq);
 148         if (hasDs)
 149         {
 150           // also verify if alignment sequence has annotation on it
 151           // that is correctly mapped
 152           checkFirstAAIsAssoc(asq);
 153         }
 154       }
 155     }
 156   }
 157
 158   private void checkFirstAAIsAssoc(SequenceI sq)
 159   {
 160     assertTrue("No secondary structure assigned for protein sequence.",
 161             sq.getAnnotation() != null && sq.getAnnotation().length >= 1
 162                     && sq.getAnnotation()[0].hasIcons);
 163     assertTrue(
 164             "Secondary structure not associated for sequence "
 165                     + sq.getName(), sq.getAnnotation()[0].sequenceRef == sq);
 166   }
 167
 168   /**
 169    * Test parsing a chain with missing residues
 170    *
 171    * @throws Exception
 172    */
 173   @Test(groups = { "Functional" })
 174   public void testParse_missingResidues() throws Exception
 175   {
 176     PDBfile mctest = new PDBfile(false, false, false, pdbWithChainBreak,
 177             AppletFormatAdapter.PASTE);
 178     JmolParser jtest = new JmolParser(pdbWithChainBreak,
 179             jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 180     Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
 181     Vector<SequenceI> mcseqs = mctest.getSeqs();
 182
 183     assertEquals("Failed to find 2 sequences\n", 2, seqs.size());
 184     assertEquals("Failed to find 2 sequences\n", 2, mcseqs.size());
 185     assertEquals("VGKA", seqs.get(0).getSequenceAsString());
 186     assertEquals("VGKA", mcseqs.get(0).getSequenceAsString());
 187     assertEquals("SA", seqs.get(1).getSequenceAsString());
 188     assertEquals("SA", mcseqs.get(1).getSequenceAsString());
 189   }
 190
 191   /**
 192    * Test parsing a chain with 'altloc' residues
 193    *
 194    * @throws Exception
 195    */
 196   @Test(groups = { "Functional" })
 197   public void testParse_alternativeResidues() throws Exception
 198   {
 199     PDBfile mctest = new PDBfile(false, false, false, pdbWithAltLoc,
 200             AppletFormatAdapter.PASTE);
 201     JmolParser jtest = new JmolParser(pdbWithAltLoc,
 202             jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 203     Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
 204     Vector<SequenceI> mcseqs = mctest.getSeqs();
 205
 206     assertEquals("Failed to find 1 sequence\n", 1, seqs.size());
 207     assertEquals("Failed to find 1 sequence\n", 1, mcseqs.size());
 208     assertEquals("ALC", seqs.get(0).getSequenceAsString());
 209     assertEquals("ALC", mcseqs.get(0).getSequenceAsString());
 210   }
 211
 212   @Test(groups = "Functional")
 213   public void testSetSecondaryStructure()
 214   {
 215     JmolParser testee = new JmolParser();
 216     char[] struct = new char[10];
 217     char[] structCode = new char[10];
 218     struct[0] = '1';
 219     structCode[0] = '1';
 220
 221     testee.setSecondaryStructure(STR.NONE, 0, struct, structCode);
 222     testee.setSecondaryStructure(STR.HELIX, 1, struct, structCode);
 223     testee.setSecondaryStructure(STR.HELIX310, 2, struct, structCode);
 224     testee.setSecondaryStructure(STR.HELIXALPHA, 3, struct, structCode);
 225     testee.setSecondaryStructure(STR.HELIXPI, 4, struct, structCode);
 226     testee.setSecondaryStructure(STR.SHEET, 5, struct, structCode);
 227
 228     assertEquals(0, struct[0]);
 229     assertEquals('H', struct[1]);
 230     assertEquals('3', struct[2]);
 231     assertEquals('H', struct[3]);
 232     assertEquals('P', struct[4]);
 233     assertEquals('E', struct[5]);
 234
 235     assertEquals(0, structCode[0]);
 236     assertEquals('H', structCode[1]);
 237     assertEquals('H', structCode[2]);
 238     assertEquals('H', structCode[3]);
 239     assertEquals('H', structCode[4]);
 240     assertEquals('E', structCode[5]);
 241   }
 242 }