test/jalview/ext/jmol/JmolParserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.AlignFrame;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.FileLoader;
  33 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  34
  35 import java.util.Vector;
  36
  37 import org.jmol.c.STR;
  38 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  39 import org.testng.annotations.Test;
  40
  41 import MCview.PDBfile;
  42
  43 /**
  44  * @author jimp
  45  *
  46  */
  47 public class JmolParserTest
  48 {
  49   /*
  50    * 1GAQ has been reduced to alpha carbons only
  51    * 1QCF is the full PDB file including headers, HETATM etc
  52    */
  53   String[] testFile = new String[] { "./examples/1GAQ.txt",
  54       "./test/jalview/ext/jmol/1xyz.pdb",
  55       "./test/jalview/ext/jmol/1qcf.pdb" };
  56
  57   //@formatter:off
  58   // a modified and very cut-down extract of 4UJ4
  59   String pastePDBDataWithChainBreak =
  60      "HEADER    TRANSPORT PROTEIN                       08-APR-15   4UJ4\n" +
  61      // chain B has missing residues; these should all go in the same sequence:
  62      "ATOM   1909  CA  VAL B 358      21.329 -19.739 -67.740  1.00201.05           C\n" +
  63      "ATOM   1916  CA  GLY B 359      21.694 -23.563 -67.661  1.00198.09           C\n" +
  64      "ATOM   1920  CA  LYS B 367      32.471 -12.135 -77.100  1.00257.97           C\n" +
  65      "ATOM   1925  CA  ALA B 368      31.032  -9.324 -74.946  1.00276.01           C\n" +
  66      // switch to chain C; should be a separate sequence
  67      "ATOM   1930  CA  SER C 369      32.589  -7.517 -71.978  1.00265.44           C\n" +
  68      "ATOM   1936  CA  ALA C 370      31.650  -6.849 -68.346  1.00249.48           C\n";
  69   //@formatter:on
  70
  71   //@formatter:off
  72   // a very cut-down extract of 1ejg
  73   String pdbWithAltLoc =
  74      "HEADER    TRANSPORT PROTEIN                       08-APR-15   1EJG\n" +
  75      "ATOM    448  CA  ALA A  24       6.619  16.195   1.970  1.00  1.65           C\n" +
  76      "ATOM    458  CA ALEU A  25       3.048  14.822   1.781  0.57  1.48           C\n" +
  77      // alternative residue 25 entries (with ILE instead of LEU) should be ignored:
  78      "ATOM    478  CA BILE A  25       3.048  14.822   1.781  0.21  1.48           C\n" +
  79      // including the next altloc causes the unit test to fail but it works with the full file
  80      // not sure why!
  81      //     "ATOM    479  CA CILE A  25       3.048  14.822   1.781  0.22  1.48           C\n" +
  82      "ATOM    512  CA  CYS A  26       4.137  11.461   3.154  1.00  1.52           C\n";
  83   //@formatter:on
  84
  85   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  86   public void setUp()
  87   {
  88     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  89     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  90             Boolean.TRUE.toString());
  91     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_TEMPFACT_ANN",
  92             Boolean.FALSE.toString());
  93     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  94             Boolean.TRUE.toString());
  95     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("PDB");
  96   }
  97
  98   @Test(groups = { "Functional" })
  99   public void testAlignmentLoader() throws Exception
 100   {
 101     for (String f : testFile)
 102     {
 103       FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
 104       AlignFrame af = fl
 105               .LoadFileWaitTillLoaded(f, AppletFormatAdapter.FILE);
 106       validateSecStrRows(af.getViewport().getAlignment());
 107     }
 108   }
 109
 110   @Test(groups = { "Functional" })
 111   public void testFileParser() throws Exception
 112   {
 113     for (String pdbStr : testFile)
 114     {
 115       PDBfile mctest = new PDBfile(false, false, false, pdbStr,
 116               AppletFormatAdapter.FILE);
 117       JmolParser jtest = new JmolParser(false, false, false, pdbStr,
 118               jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
 119       Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs(), mcseqs = mctest.getSeqs();
 120
 121       assertTrue(
 122               "No sequences extracted from testfile\n"
 123                       + (jtest.hasWarningMessage() ? jtest.getWarningMessage()
 124                               : "(No warnings raised)"), seqs != null
 125                       && seqs.size() > 0);
 126       for (SequenceI sq : seqs)
 127       {
 128         assertEquals("JMol didn't process " + pdbStr
 129                 + " to the same sequence as MCView",
 130                 sq.getSequenceAsString(), mcseqs.remove(0)
 131                         .getSequenceAsString());
 132         AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { sq });
 133         validateSecStrRows(al);
 134       }
 135     }
 136
 137   }
 138
 139   private void validateSecStrRows(AlignmentI al)
 140   {
 141     if (!al.isNucleotide())
 142     {
 143       for (SequenceI asq : al.getSequences())
 144       {
 145         SequenceI sq = asq;
 146         boolean hasDs = false;
 147         while (sq.getDatasetSequence() != null
 148                 && sq.getAnnotation() == null)
 149         {
 150           sq = sq.getDatasetSequence();
 151           hasDs = true;
 152         }
 153         checkFirstAAIsAssoc(sq);
 154         if (hasDs)
 155         {
 156           // also verify if alignment sequence has annotation on it
 157           // that is correctly mapped
 158           checkFirstAAIsAssoc(asq);
 159         }
 160       }
 161     }
 162   }
 163
 164   private void checkFirstAAIsAssoc(SequenceI sq)
 165   {
 166     assertTrue("No secondary structure assigned for protein sequence.",
 167             sq.getAnnotation() != null && sq.getAnnotation().length >= 1
 168                     && sq.getAnnotation()[0].hasIcons);
 169     assertTrue(
 170             "Secondary structure not associated for sequence "
 171                     + sq.getName(), sq.getAnnotation()[0].sequenceRef == sq);
 172   }
 173
 174   /**
 175    * Test parsing a chain with missing residues
 176    *
 177    * @throws Exception
 178    */
 179   @Test(groups = { "Functional" })
 180   public void testParse_missingResidues() throws Exception
 181   {
 182     PDBfile mctest = new PDBfile(false, false, false,
 183             pastePDBDataWithChainBreak,
 184             AppletFormatAdapter.PASTE);
 185     boolean annotFromStructure = false;
 186     boolean localSecondaryStruct = false;
 187     boolean serviceSecondaryStruct = false;
 188     JmolParser jtest = new JmolParser(annotFromStructure,
 189             localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct,
 190             pastePDBDataWithChainBreak,
 191             jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 192     Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
 193     Vector<SequenceI> mcseqs = mctest.getSeqs();
 194
 195     assertEquals("Failed to find 2 sequences\n", 2, seqs.size());
 196     assertEquals("Failed to find 2 sequences\n", 2, mcseqs.size());
 197     assertEquals("VGKA", seqs.get(0).getSequenceAsString());
 198     assertEquals("VGKA", mcseqs.get(0).getSequenceAsString());
 199     assertEquals("SA", seqs.get(1).getSequenceAsString());
 200     assertEquals("SA", mcseqs.get(1).getSequenceAsString());
 201   }
 202
 203   /**
 204    * Test parsing a chain with 'altloc' residues
 205    *
 206    * @throws Exception
 207    */
 208   @Test(groups = { "Functional" })
 209   public void testParse_alternativeResidues() throws Exception
 210   {
 211     PDBfile mctest = new PDBfile(false, false, false, pdbWithAltLoc,
 212             AppletFormatAdapter.PASTE);
 213     boolean annotFromStructure = false;
 214     boolean localSecondaryStruct = false;
 215     boolean serviceSecondaryStruct = false;
 216     JmolParser jtest = new JmolParser(annotFromStructure,
 217             localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, pdbWithAltLoc,
 218             jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 219     Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
 220     Vector<SequenceI> mcseqs = mctest.getSeqs();
 221
 222     assertEquals("Failed to find 1 sequence\n", 1, seqs.size());
 223     assertEquals("Failed to find 1 sequence\n", 1, mcseqs.size());
 224     assertEquals("ALC", seqs.get(0).getSequenceAsString());
 225     assertEquals("ALC", mcseqs.get(0).getSequenceAsString());
 226   }
 227
 228   @Test(groups = "Functional")
 229   public void testSetSecondaryStructure()
 230   {
 231     JmolParser testee = new JmolParser();
 232     char[] struct = new char[10];
 233     char[] structCode = new char[10];
 234     struct[0] = '1';
 235     structCode[0] = '1';
 236
 237     testee.setSecondaryStructure(STR.NONE, 0, struct, structCode);
 238     testee.setSecondaryStructure(STR.HELIX, 1, struct, structCode);
 239     testee.setSecondaryStructure(STR.HELIX310, 2, struct, structCode);
 240     testee.setSecondaryStructure(STR.HELIXALPHA, 3, struct, structCode);
 241     testee.setSecondaryStructure(STR.HELIXPI, 4, struct, structCode);
 242     testee.setSecondaryStructure(STR.SHEET, 5, struct, structCode);
 243
 244     assertEquals(0, struct[0]);
 245     assertEquals('H', struct[1]);
 246     assertEquals('3', struct[2]);
 247     assertEquals('H', struct[3]);
 248     assertEquals('P', struct[4]);
 249     assertEquals('E', struct[5]);
 250
 251     assertEquals(0, structCode[0]);
 252     assertEquals('H', structCode[1]);
 253     assertEquals('H', structCode[2]);
 254     assertEquals('H', structCode[3]);
 255     assertEquals('H', structCode[4]);
 256     assertEquals('E', structCode[5]);
 257   }
 258 }