test/jalview/ext/jmol/JmolViewerTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.gui.AlignFrame;
  29 import jalview.gui.Preferences;
  30 import jalview.gui.StructureViewer;
  31 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  32 import jalview.io.FormatAdapter;
  33
  34 import org.testng.annotations.AfterClass;
  35 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 @Test(singleThreaded = true)
  39 public class JmolViewerTest
  40 {
  41
  42   /**
  43    * @throws java.lang.Exception
  44    */
  45   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  46   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  47   {
  48     jalview.bin.Jalview.main(new String[] {
  49         "-noquestionnaire -nonews -props",
  50         "test/jalview/ext/rbvi/chimera/testProps.jvprops" });
  51   }
  52
  53   /**
  54    * @throws java.lang.Exception
  55    */
  56   @AfterClass
  57   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  58   {
  59     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  60   }
  61
  62   @Test(groups = { "Functional" })
  63   public void testSingleSeqViewJMol()
  64   {
  65     Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY, ViewerType.JMOL.name());
  66     String inFile = "examples/1gaq.txt";
  67     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  68             inFile, FormatAdapter.FILE);
  69     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
  70     for (SequenceI sq : af.getViewport().getAlignment().getSequences())
  71     {
  72       SequenceI dsq = sq.getDatasetSequence();
  73       while (dsq.getDatasetSequence() != null)
  74       {
  75         dsq = dsq.getDatasetSequence();
  76       }
  77       if (dsq.getAllPDBEntries() != null
  78               && dsq.getAllPDBEntries().size() > 0)
  79       {
  80         for (int q = 0; q < dsq.getAllPDBEntries().size(); q++)
  81         {
  82           final StructureViewer structureViewer = new StructureViewer(af
  83                   .getViewport().getStructureSelectionManager());
  84           structureViewer.setViewerType(ViewerType.JMOL);
  85           JalviewStructureDisplayI jmolViewer = structureViewer
  86                   .viewStructures(dsq.getAllPDBEntries().elementAt(q),
  87                           new SequenceI[] { sq }, af.getCurrentView()
  88                                   .getAlignPanel());
  89           /*
  90            * Wait for viewer load thread to complete
  91            */
  92           try
  93           {
  94             while (!jmolViewer.getBinding().isFinishedInit())
  95             {
  96               Thread.sleep(500);
  97             }
  98           } catch (InterruptedException e)
  99           {
 100           }
 101
 102           jmolViewer.closeViewer(true);
 103           // todo: break here means only once through this loop?
 104           break;
 105         }
 106         break;
 107       }
 108     }
 109   }
 110 }