test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25 import org.testng.annotations.Test;
  26 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  27 import java.util.Vector;
  28
  29 import MCview.PDBfile;
  30
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.datamodel.Alignment;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.gui.AlignFrame;
  36 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  37 import jalview.io.FileLoader;
  38
  39 /**
  40  * @author jimp
  41  *
  42  */
  43 public class PDBFileWithJmolTest
  44 {
  45   String[] testFile = new String[]
  46   { "./examples/1GAQ.txt", "./test/jalview/ext/jmol/1QCF.pdb" }; // ,
  47
  48   // "./examples/DNMT1_MOUSE.pdb"
  49   // };
  50
  51   @BeforeMethod
  52   public void setUp()
  53   {
  54     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  55             Boolean.TRUE.toString());
  56     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  57             Boolean.TRUE.toString());
  58   }
  59
  60   @Test
  61   public void testAlignmentLoader() throws Exception
  62   {
  63     for (String f : testFile)
  64     {
  65       FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  66       AlignFrame af = fl
  67               .LoadFileWaitTillLoaded(f, AppletFormatAdapter.FILE);
  68       validateSecStrRows(af.getViewport().getAlignment());
  69     }
  70   }
  71
  72   @Test
  73   public void testFileParser() throws Exception
  74   {
  75     for (String pdbStr : testFile)
  76     {
  77       PDBfile mctest = new PDBfile(false, false, false, pdbStr,
  78               AppletFormatAdapter.FILE);
  79       PDBFileWithJmol jtest = new PDBFileWithJmol(pdbStr,
  80               jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
  81       Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs(), mcseqs = mctest.getSeqs();
  82
  83       assertTrue(
  84               "No sequences extracted from testfile\n"
  85                       + (jtest.hasWarningMessage() ? jtest.getWarningMessage()
  86                               : "(No warnings raised)"), seqs != null
  87                       && seqs.size() > 0);
  88       for (SequenceI sq : seqs)
  89       {
  90         assertEquals("JMol didn't process " + pdbStr
  91                 + " to the same sequence as MCView",
  92                 sq.getSequenceAsString(), mcseqs.remove(0)
  93                         .getSequenceAsString());
  94         AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[]
  95         { sq });
  96         validateSecStrRows(al);
  97       }
  98     }
  99   }
 100
 101
 102   private void validateSecStrRows(AlignmentI al)
 103   {
 104     if (!al.isNucleotide())
 105     {
 106       for (SequenceI asq : al.getSequences())
 107       {
 108         SequenceI sq = asq;
 109         boolean hasDs = false;
 110         while (sq.getDatasetSequence() != null
 111                 && sq.getAnnotation() == null)
 112         {
 113           sq = sq.getDatasetSequence();
 114           hasDs = true;
 115         }
 116         checkFirstAAIsAssoc(sq);
 117         if (hasDs)
 118         {
 119           // also verify if alignment sequence has annotation on it
 120           // that is correctly mapped
 121           checkFirstAAIsAssoc(asq);
 122         }
 123       }
 124     }
 125   }
 126
 127   private void checkFirstAAIsAssoc(SequenceI sq)
 128   {
 129     assertTrue("No secondary structure assigned for protein sequence.",
 130             sq.getAnnotation() != null && sq.getAnnotation().length >= 1
 131                     && sq.getAnnotation()[0].hasIcons);
 132     assertTrue(
 133             "Secondary structure not associated for sequence "
 134                     + sq.getName(), sq.getAnnotation()[0].sequenceRef == sq);
 135   }
 136 }