test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import java.util.Vector;
  26
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.AlignFrame;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.FileLoader;
  33
  34 import org.junit.Test;
  35
  36 /**
  37  * @author jimp
  38  *
  39  */
  40 public class PDBFileWithJmolTest
  41 {
  42   String[] testFile = new String[]
  43   { "./examples/1GAQ.txt" }; // ,
  44
  45   // "./examples/DNMT1_MOUSE.pdb"
  46   // };
  47
  48   @Test
  49   public void testAlignmentLoader() throws Exception
  50   {
  51     for (String f : testFile)
  52     {
  53       FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  54       AlignFrame af = fl
  55               .LoadFileWaitTillLoaded(f, AppletFormatAdapter.FILE);
  56       validateSecStrRows(af.getViewport().getAlignment());
  57     }
  58   }
  59
  60   @Test
  61   public void testFileParser() throws Exception
  62   {
  63     for (String pdbStr : testFile)
  64     {
  65       PDBFileWithJmol jtest = new PDBFileWithJmol(pdbStr,
  66               jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
  67       Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
  68
  69       assertTrue(
  70               "No sequences extracted from testfile\n"
  71                       + (jtest.hasWarningMessage() ? jtest.getWarningMessage()
  72                               : "(No warnings raised)"), seqs != null
  73                       && seqs.size() > 0);
  74       for (SequenceI sq : seqs)
  75       {
  76         AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[]
  77         { sq });
  78         validateSecStrRows(al);
  79       }
  80     }
  81   }
  82
  83   private void validateSecStrRows(AlignmentI al)
  84   {
  85     if (!al.isNucleotide())
  86     {
  87       for (SequenceI asq : al.getSequences())
  88       {
  89         SequenceI sq = asq;
  90         boolean hasDs = false;
  91         while (sq.getDatasetSequence() != null
  92                 && sq.getAnnotation() == null)
  93         {
  94           sq = sq.getDatasetSequence();
  95           hasDs = true;
  96         }
  97         checkFirstAAIsAssoc(sq);
  98         if (hasDs)
  99         {
 100           // also verify if alignment sequence has annotation on it
 101           // that is correctly mapped
 102           checkFirstAAIsAssoc(asq);
 103         }
 104       }
 105     }
 106   }
 107
 108   private void checkFirstAAIsAssoc(SequenceI sq)
 109   {
 110     assertTrue("No secondary structure assigned for protein sequence.",
 111             sq.getAnnotation() != null && sq.getAnnotation().length >= 1
 112                     && sq.getAnnotation()[0].hasIcons);
 113     assertTrue(
 114             "Secondary structure not associated for sequence "
 115                     + sq.getName(), sq.getAnnotation()[0].sequenceRef == sq);
 116   }
 117 }