test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertTrue;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  29 import jalview.io.FileLoader;
  30
  31 import java.util.Vector;
  32
  33 import org.junit.Test;
  34
  35 /**
  36  * @author jimp
  37  *
  38  */
  39 public class PDBFileWithJmolTest
  40 {
  41   String[] testFile = new String[]
  42   { "./examples/1GAQ.txt" }; // ,
  43
  44   // "./examples/DNMT1_MOUSE.pdb"
  45   // };
  46
  47   @Test
  48   public void testAlignmentLoader() throws Exception
  49   {
  50     for (String f : testFile)
  51     {
  52       FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  53       AlignFrame af = fl
  54               .LoadFileWaitTillLoaded(f, AppletFormatAdapter.FILE);
  55       validateSecStrRows(af.getViewport().getAlignment());
  56     }
  57   }
  58
  59   @Test
  60   public void testFileParser() throws Exception
  61   {
  62     for (String pdbStr : testFile)
  63     {
  64       PDBFileWithJmol jtest = new PDBFileWithJmol(pdbStr,
  65               jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
  66       Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
  67
  68       assertTrue(
  69               "No sequences extracted from testfile\n"
  70                       + (jtest.hasWarningMessage() ? jtest.getWarningMessage()
  71                               : "(No warnings raised)"), seqs != null
  72                       && seqs.size() > 0);
  73       for (SequenceI sq : seqs)
  74       {
  75         AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[]
  76         { sq });
  77         validateSecStrRows(al);
  78       }
  79     }
  80   }
  81
  82
  83   private void validateSecStrRows(AlignmentI al)
  84   {
  85     if (!al.isNucleotide())
  86     {
  87       for (SequenceI asq : al.getSequences())
  88       {
  89         SequenceI sq = asq;
  90         boolean hasDs = false;
  91         while (sq.getDatasetSequence() != null
  92                 && sq.getAnnotation() == null)
  93         {
  94           sq = sq.getDatasetSequence();
  95           hasDs = true;
  96         }
  97         checkFirstAAIsAssoc(sq);
  98         if (hasDs)
  99         {
 100           // also verify if alignment sequence has annotation on it
 101           // that is correctly mapped
 102           checkFirstAAIsAssoc(asq);
 103         }
 104       }
 105     }
 106   }
 107
 108   private void checkFirstAAIsAssoc(SequenceI sq)
 109   {
 110     assertTrue("No secondary structure assigned for protein sequence.",
 111             sq.getAnnotation() != null && sq.getAnnotation().length >= 1
 112                     && sq.getAnnotation()[0].hasIcons);
 113     assertTrue(
 114             "Secondary structure not associated for sequence "
 115                     + sq.getName(), sq.getAnnotation()[0].sequenceRef == sq);
 116   }
 117 }