test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java

   1 /*
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import java.util.Vector;
  26
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30
  31 import org.junit.Test;
  32
  33 /**
  34  * @author jimp
  35  *
  36  */
  37 public class PDBFileWithJmolTest
  38 {
  39
  40   @Test
  41   public void test() throws Exception
  42   {
  43     PDBFileWithJmol jtest=new PDBFileWithJmol("./examples/1GAQ.txt", jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
  44     Vector<SequenceI> seqs=jtest.getSeqs();
  45
  46     assertTrue("No sequences extracted from testfile\n"+(jtest.hasWarningMessage() ? jtest.getWarningMessage(): "(No warnings raised)"), seqs!=null && seqs.size()>0);
  47     for (SequenceI sq:seqs)
  48     {
  49       AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { sq});
  50       if (!al.isNucleotide())
  51       {
  52         assertTrue("No secondary structure assigned for protein sequence.",sq.getAnnotation()!=null && sq.getAnnotation().length>=1 && sq.getAnnotation()[0].hasIcons);
  53       }
  54     }
  55   }
  56
  57 }