test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.ext.jmol;
   5
   6 import static org.junit.Assert.*;
   7
   8 import java.util.Vector;
   9
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;
  11
  12 import org.junit.Test;
  13
  14 /**
  15  * @author jimp
  16  *
  17  */
  18 public class PDBFileWithJmolTest
  19 {
  20
  21   @Test
  22   public void test() throws Exception
  23   {
  24     PDBFileWithJmol jtest=new PDBFileWithJmol("./examples/1vsp", jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
  25     Vector<SequenceI> seqs=jtest.getSeqs();
  26     assertTrue("No sequences extracted from testfile", seqs!=null && seqs.size()>0);
  27     assertTrue("No annotation generated.", seqs.get(0).getAnnotation()!=null && seqs.get(0).getAnnotation().length!=0);
  28
  29   }
  30
  31 }