test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import java.util.Vector;
  26
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30
  31 import org.junit.Test;
  32
  33 /**
  34  * @author jimp
  35  *
  36  */
  37 public class PDBFileWithJmolTest
  38 {
  39
  40   @Test
  41   public void test() throws Exception
  42   {
  43     PDBFileWithJmol jtest = new PDBFileWithJmol("./examples/1GAQ.txt",
  44             jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
  45     Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
  46
  47     assertTrue(
  48             "No sequences extracted from testfile\n"
  49                     + (jtest.hasWarningMessage() ? jtest.getWarningMessage()
  50                             : "(No warnings raised)"),
  51             seqs != null && seqs.size() > 0);
  52     for (SequenceI sq : seqs)
  53     {
  54       AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[]
  55       { sq });
  56       if (!al.isNucleotide())
  57       {
  58         assertTrue(
  59                 "No secondary structure assigned for protein sequence.",
  60                 sq.getAnnotation() != null
  61                         && sq.getAnnotation().length >= 1
  62                         && sq.getAnnotation()[0].hasIcons);
  63       }
  64     }
  65   }
  66
  67 }