test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import java.util.Vector;
  26
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.AlignFrame;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.FileLoader;
  33
  34 import org.junit.Test;
  35
  36 /**
  37  * @author jimp
  38  *
  39  */
  40 public class PDBFileWithJmolTest
  41 {
  42   String[] testFile = new String[]
  43   { "./examples/1GAQ.txt" }; // , "./examples/DNMT1_MOUSE.pdb" };
  44
  45   @Test
  46    public void testAlignmentLoader() throws Exception
  47    {
  48     for (String f:testFile) {
  49       FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  50       AlignFrame af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(f, AppletFormatAdapter.FILE);
  51       validateSecStrRows(af.getViewport().getAlignment());
  52     }
  53    }
  54   @Test
  55   public void testFileParser() throws Exception
  56   {
  57     for (String pdbStr : testFile)
  58     {
  59       PDBFileWithJmol jtest = new PDBFileWithJmol(pdbStr,
  60               jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
  61       Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
  62
  63       assertTrue(
  64               "No sequences extracted from testfile\n"
  65                       + (jtest.hasWarningMessage() ? jtest.getWarningMessage()
  66                               : "(No warnings raised)"), seqs != null
  67                       && seqs.size() > 0);
  68       for (SequenceI sq : seqs)
  69       {
  70         AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[]
  71         { sq });
  72         validateSecStrRows(al);
  73       }
  74     }
  75   }
  76
  77   private void validateSecStrRows(AlignmentI al)
  78   {
  79
  80     if (!al.isNucleotide())
  81     {
  82       for (SequenceI asq : al.getSequences())
  83       {
  84         SequenceI sq = asq;
  85         while (sq.getDatasetSequence()!=null && sq.getAnnotation()==null)
  86         {
  87           sq = asq.getDatasetSequence();
  88         }
  89         assertTrue(
  90                 "No secondary structure assigned for protein sequence.",
  91                 sq.getAnnotation() != null
  92                         && sq.getAnnotation().length >= 1
  93                         && sq.getAnnotation()[0].hasIcons);
  94         assertTrue(
  95                 "Secondary structure not associated for sequence "
  96                         + sq.getName(),
  97                 sq.getAnnotation()[0].sequenceRef == sq);
  98       }
  99     }
 100   }
 101 }