test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.paradise;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.io.FastaFile;
  28 import jalview.io.FormatAdapter;
  29
  30 import java.io.BufferedReader;
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.Reader;
  33 import java.util.Iterator;
  34
  35 import org.testng.Assert;
  36 import org.testng.AssertJUnit;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 import MCview.PDBfile;
  40
  41 import compbio.util.FileUtil;
  42
  43 public class TestAnnotate3D
  44 {
  45
  46   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
  47   public void test1GIDbyId() throws Exception
  48   {
  49     // use same ID as standard tests given at
  50     // https://bitbucket.org/fjossinet/pyrna-rest-clients
  51     Iterator<Reader> ids = Annotate3D.getRNAMLForPDBId("1GID");
  52     assertTrue("Didn't retrieve 1GID by id.", ids != null);
  53     testRNAMLcontent(ids, null);
  54   }
  55
  56   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
  57   public void testIdVsContent2GIS() throws Exception
  58   {
  59     Iterator<Reader> ids = Annotate3D.getRNAMLForPDBId("2GIS");
  60     assertTrue("Didn't retrieve 2GIS by id.", ids != null);
  61     Iterator<Reader> files = Annotate3D.getRNAMLForPDBFileAsString(FileUtil
  62             .readFileToString(new File("examples/2GIS.pdb")));
  63     assertTrue("Didn't retrieve using examples/2GIS.pdb.", files != null);
  64     int i = 0;
  65     while (ids.hasNext() && files.hasNext())
  66     {
  67       BufferedReader file = new BufferedReader(files.next()), id = new BufferedReader(
  68               ids.next());
  69       String iline, fline;
  70       do
  71       {
  72         iline = id.readLine();
  73         fline = file.readLine();
  74         if (iline != null)
  75         {
  76           System.out.println(iline);
  77         }
  78         if (fline != null)
  79         {
  80           System.out.println(fline);
  81         }
  82         // next assert fails for latest RNAview - because the XMLID entries
  83         // change between file and ID based RNAML generation.
  84         assertTrue(
  85                 "Results differ for ID and file upload based retrieval (chain entry "
  86                         + (++i) + ")",
  87                 ((iline == fline && iline == null) || (iline != null
  88                         && fline != null && iline.equals(fline))));
  89
  90       } while (iline != null);
  91     }
  92   }
  93
  94   /**
  95    * test to demonstrate JAL-1142 - compare sequences in RNAML returned from
  96    * Annotate3d vs those extracted by Jalview from the originl PDB file
  97    *
  98    * @throws Exception
  99    */
 100   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
 101   public void testPDBfileVsRNAML() throws Exception
 102   {
 103     PDBfile pdbf = new PDBfile(true, false, true, "examples/2GIS.pdb",
 104             FormatAdapter.FILE);
 105     Assert.assertTrue(pdbf.isValid());
 106     // Comment - should add new FileParse constructor like new FileParse(Reader
 107     // ..). for direct reading
 108     Iterator<Reader> readers = Annotate3D
 109             .getRNAMLForPDBFileAsString(FileUtil.readFileToString(new File(
 110                     "examples/2GIS.pdb")));
 111     testRNAMLcontent(readers, pdbf);
 112   }
 113
 114   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
 115   private void testRNAMLcontent(Iterator<Reader> readers, PDBfile pdbf)
 116           throws Exception
 117   {
 118     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 119     int r = 0;
 120     while (readers.hasNext())
 121     {
 122       System.out.println("Testing RNAML input number " + (++r));
 123       BufferedReader br = new BufferedReader(readers.next());
 124       String line;
 125       while ((line = br.readLine()) != null)
 126       {
 127         sb.append(line + "\n");
 128       }
 129       assertTrue("No data returned by Annotate3D", sb.length() > 0);
 130       final String lines = sb.toString();
 131       AlignmentI al = new FormatAdapter().readFile(lines,
 132               FormatAdapter.PASTE, "RNAML");
 133       if (al == null || al.getHeight() == 0)
 134       {
 135         System.out.println(lines);
 136       }
 137       assertTrue("No alignment returned.", al != null);
 138       assertTrue("No sequences in returned alignment.", al.getHeight() > 0);
 139       if (pdbf != null)
 140       {
 141         for (SequenceI sq : al.getSequences())
 142         {
 143           {
 144             SequenceI struseq = null;
 145             String sq_ = new String(sq.getSequence()).toLowerCase();
 146             for (SequenceI _struseq : pdbf.getSeqsAsArray())
 147             {
 148               final String lowerCase = new String(_struseq.getSequence())
 149                       .toLowerCase();
 150               if (lowerCase.equals(sq_))
 151               {
 152                 struseq = _struseq;
 153                 break;
 154               }
 155             }
 156             if (struseq == null)
 157             {
 158               AssertJUnit
 159                       .fail("Couldn't find this sequence in original input:\n"
 160                               + new FastaFile()
 161                                       .print(new SequenceI[] { sq })
 162                               + "\n\nOriginal input:\n"
 163                               + new FastaFile().print(pdbf.getSeqsAsArray())
 164                               + "\n");
 165             }
 166           }
 167         }
 168       }
 169     }
 170   }
 171 }