test/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommandsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.util.Arrays;
  28 import java.util.LinkedHashMap;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 import org.testng.annotations.Test;
  33
  34 public class ChimeraCommandsTest
  35 {
  36   @Test(groups = { "Functional" })
  37   public void testAddColourRange()
  38   {
  39     Map<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>> map = new LinkedHashMap<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>>();
  40     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 2, 4, "A");
  41     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 8, 8, "A");
  42     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 5, 7, "B");
  43     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 1, 3, 5, "A");
  44     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 0, 1, 4, "B");
  45     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.orange, 0, 5, 9, "C");
  46
  47     // three colours mapped
  48     assertEquals(3, map.keySet().size());
  49
  50     // Red has two models, Pink and Orange one each
  51     assertEquals(2, map.get(Color.red).keySet().size());
  52     assertEquals(1, map.get(Color.orange).keySet().size());
  53     assertEquals(1, map.get(Color.pink).keySet().size());
  54
  55     // pink model 1 has two chains, red.0 / red.1 / orange.0 one each
  56     assertEquals(2, map.get(Color.pink).get(1).keySet().size());
  57     assertEquals(1, map.get(Color.red).get(0).keySet().size());
  58     assertEquals(1, map.get(Color.red).get(1).keySet().size());
  59     assertEquals(1, map.get(Color.orange).get(0).keySet().size());
  60
  61     // inspect positions
  62     List<int[]> posList = map.get(Color.pink).get(1).get("A");
  63     assertEquals(2, posList.size());
  64     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 2, 4 }, posList.get(0)));
  65     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 8, 8 }, posList.get(1)));
  66
  67     posList = map.get(Color.pink).get(1).get("B");
  68     assertEquals(1, posList.size());
  69     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 5, 7 }, posList.get(0)));
  70
  71     posList = map.get(Color.red).get(0).get("B");
  72     assertEquals(1, posList.size());
  73     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 4 }, posList.get(0)));
  74
  75     posList = map.get(Color.red).get(1).get("A");
  76     assertEquals(1, posList.size());
  77     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 3, 5 }, posList.get(0)));
  78
  79     posList = map.get(Color.orange).get(0).get("C");
  80     assertEquals(1, posList.size());
  81     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 5, 9 }, posList.get(0)));
  82   }
  83
  84   @Test(groups = { "Functional" })
  85   public void testBuildColourCommands()
  86   {
  87
  88     Map<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>> map = new LinkedHashMap<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>>();
  89     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 2, 5, "A");
  90     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 7, 7, "B");
  91     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 9, 23, "A");
  92     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 1, 1, 1, "A");
  93     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 1, 4, 7, "B");
  94     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.yellow, 1, 8, 8, "A");
  95     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.yellow, 1, 3, 5, "A");
  96     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 0, 3, 5, "A");
  97
  98     // Colours should appear in the Chimera command in the order in which
  99     // they were added; within colour, by model, by chain, and positions as
 100     // added
 101     String command = ChimeraCommands.buildColourCommands(map).get(0);
 102     assertEquals(
 103             "color #0000ff #0:2-5.A,9-23.A,7.B|#1:1.A,4-7.B; color #ffff00 #1:8.A,3-5.A; color #ff0000 #0:3-5.A",
 104             command);
 105   }
 106 }