test/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommandsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.util.Arrays;
  30 import java.util.LinkedHashMap;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33
  34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 public class ChimeraCommandsTest
  38 {
  39
  40   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  41   public void setUpJvOptionPane()
  42   {
  43     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  44     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  45   }
  46
  47   @Test(groups = { "Functional" })
  48   public void testAddColourRange()
  49   {
  50     Map<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>> map = new LinkedHashMap<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>>();
  51     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 2, 4, "A");
  52     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 8, 8, "A");
  53     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 5, 7, "B");
  54     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 1, 3, 5, "A");
  55     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 0, 1, 4, "B");
  56     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.orange, 0, 5, 9, "C");
  57
  58     // three colours mapped
  59     assertEquals(3, map.keySet().size());
  60
  61     // Red has two models, Pink and Orange one each
  62     assertEquals(2, map.get(Color.red).keySet().size());
  63     assertEquals(1, map.get(Color.orange).keySet().size());
  64     assertEquals(1, map.get(Color.pink).keySet().size());
  65
  66     // pink model 1 has two chains, red.0 / red.1 / orange.0 one each
  67     assertEquals(2, map.get(Color.pink).get(1).keySet().size());
  68     assertEquals(1, map.get(Color.red).get(0).keySet().size());
  69     assertEquals(1, map.get(Color.red).get(1).keySet().size());
  70     assertEquals(1, map.get(Color.orange).get(0).keySet().size());
  71
  72     // inspect positions
  73     List<int[]> posList = map.get(Color.pink).get(1).get("A");
  74     assertEquals(2, posList.size());
  75     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 2, 4 }, posList.get(0)));
  76     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 8, 8 }, posList.get(1)));
  77
  78     posList = map.get(Color.pink).get(1).get("B");
  79     assertEquals(1, posList.size());
  80     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 5, 7 }, posList.get(0)));
  81
  82     posList = map.get(Color.red).get(0).get("B");
  83     assertEquals(1, posList.size());
  84     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 4 }, posList.get(0)));
  85
  86     posList = map.get(Color.red).get(1).get("A");
  87     assertEquals(1, posList.size());
  88     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 3, 5 }, posList.get(0)));
  89
  90     posList = map.get(Color.orange).get(0).get("C");
  91     assertEquals(1, posList.size());
  92     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 5, 9 }, posList.get(0)));
  93   }
  94
  95   @Test(groups = { "Functional" })
  96   public void testBuildColourCommands()
  97   {
  98
  99     Map<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>> map = new LinkedHashMap<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>>();
 100     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 2, 5, "A");
 101     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 7, 7, "B");
 102     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 9, 23, "A");
 103     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 1, 1, 1, "A");
 104     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 1, 4, 7, "B");
 105     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.yellow, 1, 8, 8, "A");
 106     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.yellow, 1, 3, 5, "A");
 107     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 0, 3, 5, "A");
 108
 109     // Colours should appear in the Chimera command in the order in which
 110     // they were added; within colour, by model, by chain, and positions as
 111     // added
 112     String command = ChimeraCommands.buildColourCommands(map).get(0);
 113     assertEquals(
 114             "color #0000ff #0:2-5.A,9-23.A,7.B|#1:1.A,4-7.B; color #ffff00 #1:8.A,3-5.A; color #ff0000 #0:3-5.A",
 115             command);
 116   }
 117 }