test/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraView.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.AlignFrame;
  30 import jalview.gui.Preferences;
  31 import jalview.gui.StructureViewer;
  32 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  33 import jalview.io.FormatAdapter;
  34
  35 import org.testng.annotations.AfterClass;
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 @Test(singleThreaded = true)
  40 public class JalviewChimeraView
  41 {
  42
  43   /**
  44    * @throws java.lang.Exception
  45    */
  46   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  47   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  48   {
  49     jalview.bin.Jalview.main(new String[] {
  50         "-noquestionnaire -nonews -props",
  51         "test/jalview/ext/rbvi/chimera/testProps.jvprops" });
  52   }
  53
  54   /**
  55    * @throws java.lang.Exception
  56    */
  57   @AfterClass
  58   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  59   {
  60     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  61   }
  62
  63   @Test(groups = { "Functional" })
  64   public void testSingleSeqViewChimera()
  65   {
  66     Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
  67             ViewerType.CHIMERA.name());
  68     String inFile = "examples/1gaq.txt";
  69     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  70             inFile, FormatAdapter.FILE);
  71     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
  72     for (SequenceI sq : af.getViewport().getAlignment().getSequences())
  73     {
  74       System.out.println("** sq=" + sq.getName());
  75       SequenceI dsq = sq.getDatasetSequence();
  76       while (dsq.getDatasetSequence() != null)
  77       {
  78         dsq = dsq.getDatasetSequence();
  79       }
  80       if (dsq.getAllPDBEntries() != null
  81               && dsq.getAllPDBEntries().size() > 0)
  82       {
  83         for (int q = 0; q < dsq.getAllPDBEntries().size(); q++)
  84         {
  85           final StructureViewer structureViewer = new StructureViewer(af
  86                   .getViewport().getStructureSelectionManager());
  87           structureViewer.setViewerType(ViewerType.CHIMERA);
  88           JalviewStructureDisplayI chimeraViewer = structureViewer
  89                   .viewStructures(dsq.getAllPDBEntries().elementAt(q),
  90                           new SequenceI[] { sq }, af.getCurrentView()
  91                                   .getAlignPanel());
  92           /*
  93            * Wait for viewer load thread to complete
  94            */
  95           while (!chimeraViewer.getBinding().isFinishedInit())
  96           {
  97             try
  98             {
  99               Thread.sleep(500);
 100             } catch (InterruptedException e)
 101             {
 102             }
 103           }
 104           assertEquals(1, chimeraViewer.getBinding().getPdbCount());
 105           chimeraViewer.closeViewer(true);
 106           // todo: break here means only once through this loop?
 107           break;
 108         }
 109         break;
 110       }
 111     }
 112   }
 113 }