test/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraView.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.AlignFrame;
  30 import jalview.gui.JvOptionPane;
  31 import jalview.gui.Preferences;
  32 import jalview.gui.StructureViewer;
  33 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  34 import jalview.io.DataSourceType;
  35
  36 import org.testng.annotations.AfterClass;
  37 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  38 import org.testng.annotations.Test;
  39
  40 @Test(singleThreaded = true)
  41 public class JalviewChimeraView
  42 {
  43
  44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  45   public void setUpJvOptionPane()
  46   {
  47     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  48     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  49   }
  50
  51   /**
  52    * @throws java.lang.Exception
  53    */
  54   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  55   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  56   {
  57     jalview.bin.Jalview.main(new String[] {
  58         "-noquestionnaire -nonews -props",
  59         "test/jalview/ext/rbvi/chimera/testProps.jvprops" });
  60   }
  61
  62   /**
  63    * @throws java.lang.Exception
  64    */
  65   @AfterClass(alwaysRun = true)
  66   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  67   {
  68     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  69   }
  70
  71   @Test(groups = { "Functional" })
  72   public void testSingleSeqViewChimera()
  73   {
  74     Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
  75             ViewerType.CHIMERA.name());
  76     String inFile = "examples/1gaq.txt";
  77     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  78             inFile, DataSourceType.FILE);
  79     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
  80     for (SequenceI sq : af.getViewport().getAlignment().getSequences())
  81     {
  82       System.out.println("** sq=" + sq.getName());
  83       SequenceI dsq = sq.getDatasetSequence();
  84       while (dsq.getDatasetSequence() != null)
  85       {
  86         dsq = dsq.getDatasetSequence();
  87       }
  88       if (dsq.getAllPDBEntries() != null
  89               && dsq.getAllPDBEntries().size() > 0)
  90       {
  91         for (int q = 0; q < dsq.getAllPDBEntries().size(); q++)
  92         {
  93           final StructureViewer structureViewer = new StructureViewer(af
  94                   .getViewport().getStructureSelectionManager());
  95           structureViewer.setViewerType(ViewerType.CHIMERA);
  96           JalviewStructureDisplayI chimeraViewer = structureViewer
  97                   .viewStructures(dsq.getAllPDBEntries().elementAt(q),
  98                           new SequenceI[] { sq }, af.getCurrentView()
  99                                   .getAlignPanel());
 100           /*
 101            * Wait for viewer load thread to complete
 102            */
 103           while (!chimeraViewer.getBinding().isFinishedInit())
 104           {
 105             try
 106             {
 107               Thread.sleep(500);
 108             } catch (InterruptedException e)
 109             {
 110             }
 111           }
 112           assertEquals(1, chimeraViewer.getBinding().getPdbCount());
 113           chimeraViewer.closeViewer(true);
 114           // todo: break here means only once through this loop?
 115           break;
 116         }
 117         break;
 118       }
 119     }
 120   }
 121 }