test/jalview/fts/service/pdb/PDBFTSRestClientTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.fts.service.pdb;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  27 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
  28 import jalview.fts.core.FTSRestResponse;
  29
  30 import java.io.BufferedReader;
  31 import java.io.FileReader;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Iterator;
  35 import java.util.List;
  36
  37 import javax.ws.rs.core.MediaType;
  38
  39 import org.json.simple.JSONArray;
  40 import org.json.simple.JSONObject;
  41 import org.json.simple.parser.JSONParser;
  42 import org.json.simple.parser.ParseException;
  43 import org.testng.Assert;
  44 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  45 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  46 import org.testng.annotations.Test;
  47
  48 import com.sun.jersey.api.client.Client;
  49 import com.sun.jersey.api.client.ClientResponse;
  50 import com.sun.jersey.api.client.WebResource;
  51 import com.sun.jersey.api.client.config.ClientConfig;
  52 import com.sun.jersey.api.client.config.DefaultClientConfig;
  53
  54 public class PDBFTSRestClientTest
  55 {
  56
  57   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  58   public void setUp() throws Exception
  59   {
  60   }
  61
  62   @AfterMethod
  63   public void tearDown() throws Exception
  64   {
  65   }
  66
  67   @Test(groups = { "External", "Network" })
  68   public void executeRequestTest()
  69   {
  70     List<FTSDataColumnI> wantedFields = new ArrayList<FTSDataColumnI>();
  71     try
  72     {
  73       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
  74               .getDataColumnByNameOrCode("molecule_type"));
  75       wantedFields
  76 .add(PDBFTSRestClient.getInstance()
  77               .getDataColumnByNameOrCode("pdb_id"));
  78       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
  79               .getDataColumnByNameOrCode("genus"));
  80       wantedFields
  81 .add(PDBFTSRestClient.getInstance()
  82               .getDataColumnByNameOrCode("gene_name"));
  83       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
  84               .getDataColumnByNameOrCode("title"));
  85     } catch (Exception e1)
  86     {
  87       e1.printStackTrace();
  88     }
  89
  90     FTSRestRequest request = new FTSRestRequest();
  91     request.setAllowEmptySeq(false);
  92     request.setResponseSize(100);
  93     request.setFieldToSearchBy("text:");
  94     request.setSearchTerm("abc");
  95     request.setWantedFields(wantedFields);
  96
  97     FTSRestResponse response;
  98     try
  99     {
 100       response = PDBFTSRestClient.getInstance().executeRequest(request);
 101     } catch (Exception e)
 102     {
 103       e.printStackTrace();
 104       Assert.fail("Couldn't execute webservice call!");
 105       return;
 106     }
 107     assertTrue(response.getNumberOfItemsFound() > 99);
 108     assertTrue(response.getSearchSummary() != null);
 109     assertTrue(response.getSearchSummary().size() > 99);
 110   }
 111
 112   @Test(groups = { "Functional" })
 113   public void getPDBDocFieldsAsCommaDelimitedStringTest()
 114   {
 115     List<FTSDataColumnI> wantedFields = new ArrayList<FTSDataColumnI>();
 116     try
 117     {
 118       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 119               .getDataColumnByNameOrCode("molecule_type"));
 120       wantedFields
 121 .add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 122               .getDataColumnByNameOrCode("pdb_id"));
 123       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 124               .getDataColumnByNameOrCode("genus"));
 125       wantedFields
 126 .add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 127               .getDataColumnByNameOrCode("gene_name"));
 128       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 129               .getDataColumnByNameOrCode("title"));
 130     } catch (Exception e)
 131     {
 132       e.printStackTrace();
 133     }
 134
 135     String expectedResult = "molecule_type,pdb_id,genus,gene_name,title";
 136     String actualResult = PDBFTSRestClient.getInstance()
 137             .getDataColumnsFieldsAsCommaDelimitedString(wantedFields);
 138
 139     assertEquals("", expectedResult, actualResult);
 140   }
 141
 142   @Test(groups = { "External, Network" })
 143   public void parsePDBJsonExceptionStringTest()
 144   {
 145     List<FTSDataColumnI> wantedFields = new ArrayList<FTSDataColumnI>();
 146     try
 147     {
 148       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 149               .getDataColumnByNameOrCode("molecule_type"));
 150       wantedFields
 151 .add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 152               .getDataColumnByNameOrCode("pdb_id"));
 153       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 154               .getDataColumnByNameOrCode("genus"));
 155       wantedFields
 156 .add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 157               .getDataColumnByNameOrCode("gene_name"));
 158       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 159               .getDataColumnByNameOrCode("title"));
 160     } catch (Exception e1)
 161     {
 162       e1.printStackTrace();
 163     }
 164
 165     FTSRestRequest request = new FTSRestRequest();
 166     request.setAllowEmptySeq(false);
 167     request.setResponseSize(100);
 168     request.setFieldToSearchBy("text:");
 169     request.setSearchTerm("abc");
 170     request.setWantedFields(wantedFields);
 171
 172     String jsonErrorResponse = "";
 173     try
 174     {
 175       jsonErrorResponse = readJsonStringFromFile("test/jalview/io/pdb_request_json_error.txt");
 176     } catch (IOException e)
 177     {
 178       e.printStackTrace();
 179     }
 180
 181     String parsedErrorResponse = PDBFTSRestClient
 182             .parseJsonExceptionString(jsonErrorResponse);
 183
 184     String expectedErrorMsg = "\n============= PDB Rest Client RunTime error =============\n"
 185             + "Status: 400\n"
 186             + "Message: org.apache.solr.search.SyntaxError: Cannot parse 'text:abc OR text:go:abc AND molecule_sequence:['' TO *]': Encountered \" \":\" \": \"\" at line 1, column 19.\n"
 187             + "query: text:abc OR text:go:abc AND molecule_sequence:['' TO *]\n"
 188             + "fl: pdb_id\n";
 189
 190     assertEquals(expectedErrorMsg, parsedErrorResponse);
 191   }
 192
 193   @Test(
 194     groups = { "External" },
 195     expectedExceptions = Exception.class)
 196   public void testForExpectedRuntimeException() throws Exception
 197   {
 198     List<FTSDataColumnI> wantedFields = new ArrayList<FTSDataColumnI>();
 199     wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 200             .getDataColumnByNameOrCode("pdb_id"));
 201
 202     FTSRestRequest request = new FTSRestRequest();
 203     request.setFieldToSearchBy("text:");
 204     request.setSearchTerm("abc OR text:go:abc");
 205     request.setWantedFields(wantedFields);
 206     PDBFTSRestClient.getInstance().executeRequest(request);
 207   }
 208
 209     // JBP: Is this actually external ?  Looks like it is mocked
 210   @Test(groups = { "External" })
 211   public void parsePDBJsonResponseTest()
 212   {
 213     List<FTSDataColumnI> wantedFields = new ArrayList<FTSDataColumnI>();
 214     try
 215     {
 216       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 217               .getDataColumnByNameOrCode("molecule_type"));
 218       wantedFields
 219 .add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 220               .getDataColumnByNameOrCode("pdb_id"));
 221       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 222               .getDataColumnByNameOrCode("genus"));
 223       wantedFields
 224 .add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 225               .getDataColumnByNameOrCode("gene_name"));
 226       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 227               .getDataColumnByNameOrCode("title"));
 228     } catch (Exception e1)
 229     {
 230       e1.printStackTrace();
 231     }
 232
 233     FTSRestRequest request = new FTSRestRequest();
 234     request.setAllowEmptySeq(false);
 235     request.setWantedFields(wantedFields);
 236
 237     String jsonString = "";
 238     try
 239     {
 240       jsonString = readJsonStringFromFile("test/jalview/io/pdb_response_json.txt");
 241     } catch (IOException e)
 242     {
 243       e.printStackTrace();
 244     }
 245     FTSRestResponse response = PDBFTSRestClient.parsePDBJsonResponse(
 246             jsonString, request);
 247     assertTrue(response.getSearchSummary() != null);
 248     assertTrue(response.getNumberOfItemsFound() == 931);
 249     assertTrue(response.getSearchSummary().size() == 14);
 250   }
 251
 252   @Test(groups = { "Functional" })
 253   public void getPDBIdColumIndexTest()
 254   {
 255     List<FTSDataColumnI> wantedFields = new ArrayList<FTSDataColumnI>();
 256     try
 257     {
 258       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 259               .getDataColumnByNameOrCode("molecule_type"));
 260       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 261               .getDataColumnByNameOrCode("genus"));
 262       wantedFields
 263 .add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 264               .getDataColumnByNameOrCode("gene_name"));
 265       wantedFields.add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 266               .getDataColumnByNameOrCode("title"));
 267       wantedFields
 268 .add(PDBFTSRestClient.getInstance()
 269               .getDataColumnByNameOrCode("pdb_id"));
 270     } catch (Exception e)
 271     {
 272       e.printStackTrace();
 273     }
 274     try
 275     {
 276       assertEquals(5,
 277  PDBFTSRestClient.getInstance()
 278               .getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields, true));
 279       assertEquals(4,
 280  PDBFTSRestClient.getInstance()
 281               .getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields, false));
 282     } catch (Exception e)
 283     {
 284       // TODO Auto-generated catch block
 285       e.printStackTrace();
 286     }
 287   }
 288
 289   @Test(groups = { "External" })
 290   public void externalServiceIntegrationTest()
 291   {
 292     ClientConfig clientConfig = new DefaultClientConfig();
 293     Client client = Client.create(clientConfig);
 294
 295     // Build request parameters for the REST Request
 296     WebResource webResource = client
 297             .resource(PDBFTSRestClient.PDB_SEARCH_ENDPOINT)
 298             .queryParam("wt", "json").queryParam("rows", String.valueOf(1))
 299             .queryParam("q", "text:abc AND molecule_sequence:['' TO *]");
 300
 301     // Execute the REST request
 302     ClientResponse clientResponse = webResource.accept(
 303             MediaType.APPLICATION_JSON).get(ClientResponse.class);
 304
 305     // Get the JSON string from the response object
 306     String pdbJsonResponseString = clientResponse.getEntity(String.class);
 307
 308     // Check the response status and report exception if one occurs
 309     if (clientResponse.getStatus() != 200)
 310     {
 311       Assert.fail("Webservice call failed!!!");
 312     }
 313     else
 314     {
 315       try
 316       {
 317         JSONParser jsonParser = new JSONParser();
 318         JSONObject jsonObj = (JSONObject) jsonParser
 319                 .parse(pdbJsonResponseString);
 320         JSONObject pdbResponse = (JSONObject) jsonObj.get("response");
 321         String queryTime = ((JSONObject) jsonObj.get("responseHeader"))
 322                 .get("QTime").toString();
 323         String numFound = pdbResponse.get("numFound").toString();
 324         JSONArray docs = (JSONArray) pdbResponse.get("docs");
 325         Iterator<JSONObject> docIter = docs.iterator();
 326
 327         assertTrue("Couldn't Retrieve 'response' object",
 328                 pdbResponse != null);
 329         assertTrue("Couldn't Retrieve 'QTime' value", queryTime != null);
 330         assertTrue("Couldn't Retrieve 'numFound' value", numFound != null);
 331         assertTrue("Couldn't Retrieve 'docs' object", docs != null
 332                 || !docIter.hasNext());
 333
 334         JSONObject pdbJsonDoc = docIter.next();
 335
 336         for (FTSDataColumnI field : PDBFTSRestClient.getInstance()
 337                 .getAllFTSDataColumns())
 338         {
 339           if (field.getName().equalsIgnoreCase("ALL"))
 340           {
 341             continue;
 342           }
 343           if (pdbJsonDoc.get(field.getCode()) == null)
 344           {
 345             // System.out.println(">>>\t" + field.getCode());
 346             assertTrue(field.getCode()
 347                     + " has been removed from PDB doc Entity",
 348                     !pdbJsonResponseString.contains(field.getCode()));
 349           }
 350         }
 351       } catch (ParseException e)
 352       {
 353         Assert.fail(">>>  Test failed due to exception while parsing pdb response json !!!");
 354         e.printStackTrace();
 355       }
 356     }
 357   }
 358
 359   public String readJsonStringFromFile(String filePath) throws IOException
 360   {
 361     String fileContent;
 362     BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(filePath));
 363     try
 364     {
 365       StringBuilder sb = new StringBuilder();
 366       String line = br.readLine();
 367
 368       while (line != null)
 369       {
 370         sb.append(line);
 371         sb.append(System.lineSeparator());
 372         line = br.readLine();
 373       }
 374       fileContent = sb.toString();
 375     } finally
 376     {
 377       br.close();
 378     }
 379     return fileContent;
 380   }
 381
 382 }