test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.api.AlignViewportI;
  31 import jalview.api.FeatureColourI;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.bin.Jalview;
  34 import jalview.datamodel.Alignment;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  37 import jalview.datamodel.Sequence;
  38 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.io.DataSourceType;
  42 import jalview.io.FileLoader;
  43 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  44 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  45 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  46 import jalview.schemes.FeatureColour;
  47 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  48 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  49 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  50 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  51 import jalview.util.MessageManager;
  52 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  53
  54 import java.awt.Color;
  55 import java.util.Iterator;
  56
  57 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  58 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  59 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  60 import org.testng.annotations.Test;
  61
  62 public class AlignFrameTest
  63 {
  64   AlignFrame af;
  65
  66   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  67   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  68   {
  69     setUpJvOptionPane();
  70     /*
  71      * use read-only test properties file
  72      */
  73     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  74     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
  75   }
  76
  77   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  78   public void tearDown()
  79   {
  80     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  81   }
  82
  83   /**
  84    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed for
  85    * colour Above PID testing
  86    */
  87   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  88   public void setUp()
  89   {
  90     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  91     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
  92             Boolean.TRUE.toString());
  93     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
  94             DataSourceType.FILE);
  95
  96     /*
  97      * wait for Consensus thread to complete
  98      */
  99     synchronized (this)
 100     {
 101       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 102       {
 103         try
 104         {
 105           wait(50);
 106         } catch (InterruptedException e)
 107         {
 108         }
 109       }
 110     }
 111   }
 112
 113   public static void setUpJvOptionPane()
 114   {
 115     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 116     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 117   }
 118
 119   @Test(groups = "Functional")
 120   public void testHideFeatureColumns()
 121   {
 122     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
 123     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
 124     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
 125     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f,
 126             null));
 127     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
 128             Float.NaN, null));
 129     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
 130             Float.NaN, null));
 131     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
 132     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
 133             al.getHeight());
 134
 135     /*
 136      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
 137      */
 138     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
 139
 140     /*
 141      * hiding a feature not present does nothing
 142      */
 143     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
 144     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 145
 146     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 147             .getNumberOfRegions(), 0);
 148
 149     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
 150     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 151
 152     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 153             .getNumberOfRegions(), 0);
 154
 155     /*
 156      * hiding a feature in all columns does nothing
 157      */
 158     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 159     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 160
 161     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 162             .getNumberOfRegions(), 0);
 163
 164
 165     /*
 166      * threshold Metal to hide features where score < 5
 167      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 168      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 169      */
 170     FeatureColourI fc = new FeatureColour(null, Color.red, Color.blue, null,
 171             0f, 10f);
 172     fc.setAboveThreshold(true);
 173     fc.setThreshold(5f);
 174     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 175     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 176     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 177     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 178     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 179     int[] next = regions.next();
 180     assertEquals(next[0], 5);
 181     assertEquals(next[1], 9);
 182
 183     /*
 184      * hide a feature present in some columns
 185      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 186      * [1-3], [6-8] base zero
 187      */
 188     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 189     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 190     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 191             .getHiddenColumns().iterator();
 192     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 193             .getNumberOfRegions(), 2);
 194     next = regions.next();
 195     assertEquals(next[0], 1);
 196     assertEquals(next[1], 3);
 197     next = regions.next();
 198     assertEquals(next[0], 6);
 199     assertEquals(next[1], 8);
 200   }
 201
 202   /**
 203    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 204    * <ul>
 205    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 206    * colours</li>
 207    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 208    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 209    * Conservation)</li>
 210    * </ul>
 211    */
 212   @Test(groups = "Functional")
 213   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 214   {
 215     AlignViewportI av = af.getViewport();
 216     AlignmentI al = av.getAlignment();
 217
 218     /*
 219      * Colour alignment by Buried Index
 220      */
 221     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 222     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 223     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 224     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 225     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 226
 227     /*
 228      * Apply Conservation 20%
 229      */
 230     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 231     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 232     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 233             "label.conservation_colour_increment",
 234             new String[] { "Background" }));
 235     assertTrue(sp.isForConservation());
 236     sp.valueChanged(20);
 237     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 238     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 239
 240     /*
 241      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 242      */
 243     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 244     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 245     assertFalse(sp.isForConservation());
 246     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 247             "label.percentage_identity_threshold",
 248             new String[] { "Background" }));
 249     sp.valueChanged(10);
 250     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 251     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 252     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 253
 254     /*
 255      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 256      * and 40% PID threshold
 257      */
 258     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 259     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 260     sg.setStartRes(15);
 261     sg.setEndRes(25);
 262     av.setSelectionGroup(sg);
 263
 264     /*
 265      * apply 30% Conservation to group
 266      * (notice menu action applies to selection group even if mouse click
 267      * is at a sequence not in the group)
 268      */
 269     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(2),
 270             null);
 271     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 272             .toString());
 273     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 274     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 275     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 276     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 277     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 278     assertTrue(sp.isForConservation());
 279     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 280             "label.conservation_colour_increment",
 281             new String[] { sg.getName() }));
 282     sp.valueChanged(30);
 283     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 284     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 285
 286     /*
 287      * apply 40% PID threshold to group
 288      */
 289     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 290     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 291     assertFalse(sp.isForConservation());
 292     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 293             "label.percentage_identity_threshold",
 294             new String[] { sg.getName() }));
 295     sp.valueChanged(40);
 296     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 297     // conservation threshold is unchanged:
 298     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 299     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 300
 301     /*
 302      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 303      * should be unaffected
 304      */
 305     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 306     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 307     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 308     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 309     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 310     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 311     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 312     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 313     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 314
 315     /*
 316      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 317      * - group colour should change, but not colour thresholds
 318      */
 319     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 320     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 321     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 322     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 323     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 324     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 325     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 326     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 327     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 328     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 329   }
 330
 331   /**
 332    * Test residue colouring with various options
 333    * <ol>
 334    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 335    * <li>colour by Conservation applied</li>
 336    * <li>colour by Conservation removed</li>
 337    * <li>colour above PID - various values</li>
 338    * <li>colour above PID removed</li>
 339    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 340    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 341    * <li>re-add Above PID</li>
 342    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 343    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 344    * </ol>
 345    */
 346   @Test(groups = "Functional")
 347   public void testColourThresholdActions()
 348   {
 349     AlignViewportI av = af.getViewport();
 350     AlignmentI al = av.getAlignment();
 351
 352     /*
 353      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 354      */
 355     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 356     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 357     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 358     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 359     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 360
 361     /*
 362      * inspect the colour of
 363      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 364      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 365      */
 366     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 367     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 368     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 369     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 370     assertEquals(c, i_original);
 371     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 372     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 373     assertEquals(c, s_original);
 374
 375     /*
 376      * colour by conservation with increment 10
 377      */
 378     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 379     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 380     assertTrue(sp.isForConservation());
 381     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 382     sp.valueChanged(10);
 383     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 384     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 385     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 386     assertEquals(c, i_faded);
 387     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 388     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 389     assertEquals(c, s_faded);
 390
 391     /*
 392      * deselect By Conservation - colour should revert
 393      */
 394     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 395     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 396     assertEquals(c, s_original);
 397
 398     /*
 399      * now Above PID, threshold = 0%
 400      * should be no change
 401      */
 402     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 403     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 404     assertFalse(sp.isForConservation());
 405     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 406     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 407     assertEquals(c, i_original);
 408     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 409     assertEquals(c, s_original);
 410
 411     /*
 412      * Above PID, threshold = 1%
 413      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 414      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 415      */
 416     sp.valueChanged(1);
 417     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 418     assertEquals(c, Color.white);
 419     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 420     assertEquals(c, s_original);
 421
 422     /*
 423      * threshold 66% - no further change yet...
 424      */
 425     sp.valueChanged(66);
 426     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 427     assertEquals(c, Color.white);
 428     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 429     assertEquals(c, s_original);
 430
 431     /*
 432      * threshold 67% - now both residues are white
 433      */
 434     sp.valueChanged(67);
 435     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 436     assertEquals(c, Color.white);
 437     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 438     assertEquals(c, Color.white);
 439
 440     /*
 441      * deselect Above PID - colours should revert
 442      */
 443     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 444     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 445     assertEquals(c, i_original);
 446     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 447     assertEquals(c, s_original);
 448
 449     /*
 450      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 451      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 452      * 16.S is coloured but faded
 453      */
 454     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 455     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 456     assertFalse(sp.isForConservation());
 457     sp.valueChanged(50);
 458     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 459     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 460     assertTrue(sp.isForConservation());
 461     sp.valueChanged(10);
 462     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 463     assertEquals(c, Color.white);
 464     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 465     assertEquals(c, s_faded);
 466
 467     /*
 468      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 469      */
 470     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 471     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 472     assertEquals(c, i_faded);
 473     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 474     assertEquals(c, s_faded);
 475
 476     /*
 477      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 478      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 479      */
 480     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 481     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 482     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 483     assertEquals(c, Color.white);
 484     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 485     assertEquals(c, s_faded);
 486
 487     /*
 488      * turn off By Conservation
 489      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 490      */
 491     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 492     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 493     assertEquals(c, Color.white);
 494     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 495     assertEquals(c, s_original);
 496
 497     /*
 498      * finally turn off Above PID to leave original colours
 499      */
 500     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 501     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 502     assertEquals(c, i_original);
 503     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 504     assertEquals(c, s_original);
 505   }
 506
 507   /**
 508    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 509    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 510    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 511    * project save and reload.
 512    *
 513    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 514    */
 515   @Test(groups = "Functional")
 516   public void testNewView_colourThresholds()
 517   {
 518     AlignViewportI av = af.getViewport();
 519     AlignmentI al = av.getAlignment();
 520
 521     /*
 522      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 523      */
 524     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 525     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 526     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 527     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 528     assertFalse(sp.isForConservation());
 529     sp.valueChanged(10);
 530     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 531     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 532     assertTrue(sp.isForConservation());
 533     sp.valueChanged(20);
 534     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 535     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 536     assertTrue(rs.conservationApplied());
 537     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 538
 539     /*
 540      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 541      * and 40% PID threshold
 542      */
 543     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 544     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 545     sg.setStartRes(15);
 546     sg.setEndRes(25);
 547     av.setSelectionGroup(sg);
 548     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(0),
 549             null);
 550     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 551             .toString());
 552     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 553     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 554     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 555     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 556     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 557     assertTrue(sp.isForConservation());
 558     sp.valueChanged(30);
 559     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 560     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 561     assertFalse(sp.isForConservation());
 562     sp.valueChanged(40);
 563     rs = sg.getGroupColourScheme();
 564     assertTrue(rs.conservationApplied());
 565     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 566     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 567
 568     /*
 569      * set slider panel focus to the background alignment
 570      */
 571     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 572     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 573     assertTrue(sp.isForConservation());
 574     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 575             "label.conservation_colour_increment",
 576             new String[] { "Background" }));
 577
 578     /*
 579      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 580      */
 581     af.newView_actionPerformed(null);
 582     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 583     AlignmentViewport av2 = af.getViewport();
 584     assertNotSame(av, av2);
 585     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 586     rs = av2.getResidueShading();
 587     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 588     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 589     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 590     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 591     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 592     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 593     rs = sg.getGroupColourScheme();
 594     assertTrue(rs.conservationApplied());
 595     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 596     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 597
 598     /*
 599      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 600      * and updates the new view (JAL-2385)
 601      */
 602     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 603     assertTrue(sp.isForConservation());
 604     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 605             "label.conservation_colour_increment",
 606             new String[] { "View 1" }));
 607     sp.valueChanged(22);
 608     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 609   }
 610
 611   /**
 612    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 613    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 614    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 615    * across all panels in a split frame.
 616    *
 617    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 618    */
 619   @Test(groups = "Functional")
 620   public void testNewView_dsRefPreserved()
 621   {
 622     AlignViewport av = af.getViewport();
 623     AlignmentI al = av.getAlignment();
 624     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 625     af.newView_actionPerformed(null);
 626     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 627             af.getViewport());
 628     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 629             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 630             "Dataset was not preserved in new view");
 631   }
 632 }