test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32
  33 import java.util.List;
  34
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 public class AlignFrameTest
  38 {
  39
  40   @Test
  41   public void testHideFeatureColumns()
  42   {
  43     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  44     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  45     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5,
  46             Float.NaN, null));
  47     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10,
  48             Float.NaN, null));
  49     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  50             Float.NaN, null));
  51     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  52             Float.NaN, null));
  53     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  54     AlignFrame af = new AlignFrame(al, al.getWidth(), al.getHeight());
  55
  56     /*
  57      * hiding a feature not present does nothing
  58      */
  59     assertFalse(af.hideFeatureColumns("exon", true));
  60     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  61     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().getHiddenColumns()
  62             .isEmpty());
  63     assertFalse(af.hideFeatureColumns("exon", false));
  64     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  65     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().getHiddenColumns()
  66             .isEmpty());
  67
  68     /*
  69      * hiding a feature in all columns does nothing
  70      */
  71     assertFalse(af.hideFeatureColumns("Metal", true));
  72     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  73     List<int[]> hidden = af.getViewport().getColumnSelection()
  74             .getHiddenColumns();
  75     assertTrue(hidden.isEmpty());
  76
  77     /*
  78      * hide a feature present in some columns
  79      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
  80      * [1-3], [6-8] base zero
  81      */
  82     assertTrue(af.hideFeatureColumns("Turn", true));
  83     hidden = af.getViewport().getColumnSelection().getHiddenColumns();
  84     assertEquals(2, hidden.size());
  85     assertEquals(1, hidden.get(0)[0]);
  86     assertEquals(3, hidden.get(0)[1]);
  87     assertEquals(6, hidden.get(1)[0]);
  88     assertEquals(8, hidden.get(1)[1]);
  89   }
  90 }