test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32
  33 import java.util.List;
  34
  35 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 public class AlignFrameTest
  39 {
  40
  41   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  42   public void setUpJvOptionPane()
  43   {
  44     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  45     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  46   }
  47
  48   @Test(groups = "Functional")
  49   public void testHideFeatureColumns()
  50   {
  51     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  52     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  53     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5,
  54             Float.NaN, null));
  55     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10,
  56             Float.NaN, null));
  57     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  58             Float.NaN, null));
  59     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  60             Float.NaN, null));
  61     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  62     AlignFrame af = new AlignFrame(al, al.getWidth(), al.getHeight());
  63
  64     /*
  65      * hiding a feature not present does nothing
  66      */
  67     assertFalse(af.hideFeatureColumns("exon", true));
  68     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  69     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().getHiddenColumns()
  70             .isEmpty());
  71     assertFalse(af.hideFeatureColumns("exon", false));
  72     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  73     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().getHiddenColumns()
  74             .isEmpty());
  75
  76     /*
  77      * hiding a feature in all columns does nothing
  78      */
  79     assertFalse(af.hideFeatureColumns("Metal", true));
  80     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  81     List<int[]> hidden = af.getViewport().getColumnSelection()
  82             .getHiddenColumns();
  83     assertTrue(hidden.isEmpty());
  84
  85     /*
  86      * hide a feature present in some columns
  87      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
  88      * [1-3], [6-8] base zero
  89      */
  90     assertTrue(af.hideFeatureColumns("Turn", true));
  91     hidden = af.getViewport().getColumnSelection().getHiddenColumns();
  92     assertEquals(2, hidden.size());
  93     assertEquals(1, hidden.get(0)[0]);
  94     assertEquals(3, hidden.get(0)[1]);
  95     assertEquals(6, hidden.get(1)[0]);
  96     assertEquals(8, hidden.get(1)[1]);
  97   }
  98 }