test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  26 import static org.testng.Assert.assertSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  28
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.bin.Jalview;
  31 import jalview.datamodel.Alignment;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.Sequence;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.DataSourceType;
  38 import jalview.io.FileLoader;
  39 import jalview.io.Jalview2xmlTests;
  40 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  41 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  42 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  43 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  44 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  45 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  46 import jalview.util.MessageManager;
  47
  48 import java.awt.Color;
  49 import java.util.List;
  50
  51 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  52 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  53 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  54 import org.testng.annotations.Test;
  55
  56 public class AlignFrameTest
  57 {
  58   AlignFrame af;
  59
  60   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  61   public void setUpJvOptionPane()
  62   {
  63     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  64     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  65   }
  66
  67   @Test(groups = "Functional")
  68   public void testHideFeatureColumns()
  69   {
  70     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  71     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  72     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5,
  73             Float.NaN, null));
  74     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10,
  75             Float.NaN, null));
  76     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  77             Float.NaN, null));
  78     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  79             Float.NaN, null));
  80     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  81     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(), al.getHeight());
  82
  83     /*
  84      * hiding a feature not present does nothing
  85      */
  86     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
  87     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  88     assertTrue(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
  89             .getHiddenColumnsCopy()
  90             .isEmpty());
  91     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
  92     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  93     assertTrue(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
  94             .getHiddenColumnsCopy()
  95             .isEmpty());
  96
  97     /*
  98      * hiding a feature in all columns does nothing
  99      */
 100     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 101     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 102     List<int[]> hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 103             .getHiddenColumns()
 104             .getHiddenColumnsCopy();
 105     assertTrue(hidden.isEmpty());
 106
 107     /*
 108      * hide a feature present in some columns
 109      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 110      * [1-3], [6-8] base zero
 111      */
 112     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 113     hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 114             .getHiddenColumnsCopy();
 115     assertEquals(hidden.size(), 2);
 116     assertEquals(hidden.get(0)[0], 1);
 117     assertEquals(hidden.get(0)[1], 3);
 118     assertEquals(hidden.get(1)[0], 6);
 119     assertEquals(hidden.get(1)[1], 8);
 120   }
 121
 122   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 123   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 124   {
 125     /*
 126      * use read-only test properties file
 127      */
 128     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 129     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
 130   }
 131
 132   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 133   public void tearDown()
 134   {
 135     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 136   }
 137
 138   /**
 139    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
 140    * for colour Above PID testing
 141    */
 142   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 143   public void setUp()
 144   {
 145     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 146     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 147             Boolean.TRUE.toString());
 148     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 149             DataSourceType.FILE);
 150
 151     /*
 152      * wait for Consensus thread to complete
 153      */
 154     synchronized (this)
 155     {
 156       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 157       {
 158         try
 159         {
 160           wait(50);
 161         } catch (InterruptedException e)
 162         {
 163         }
 164       }
 165     }
 166   }
 167
 168   /**
 169    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 170    * <ul>
 171    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 172    * colours</li>
 173    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 174    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 175    * Conservation)</li>
 176    * </ul>
 177    */
 178   @Test(groups = "Functional")
 179   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 180   {
 181     AlignViewport av = af.getViewport();
 182     AlignmentI al = av.getAlignment();
 183
 184     /*
 185      * Colour alignment by Buried Index
 186      */
 187     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 188     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 189     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 190     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 191     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 192
 193     /*
 194      * Apply Conservation 20%
 195      */
 196     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 197     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 198     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 199             "label.conservation_colour_increment",
 200             new String[] { "Background" }));
 201     assertTrue(sp.isForConservation());
 202     sp.valueChanged(20);
 203     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 204     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 205
 206     /*
 207      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 208      */
 209     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 210     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 211     assertFalse(sp.isForConservation());
 212     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 213             "label.percentage_identity_threshold",
 214             new String[] { "Background" }));
 215     sp.valueChanged(10);
 216     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 217     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 218     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 219
 220     /*
 221      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 222      * and 40% PID threshold
 223      */
 224     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 225     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 226     sg.setStartRes(15);
 227     sg.setEndRes(25);
 228     av.setSelectionGroup(sg);
 229
 230     /*
 231      * apply 30% Conservation to group
 232      */
 233     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 234     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 235             .toString());
 236     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 237     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 238     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 239     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 240     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 241     assertTrue(sp.isForConservation());
 242     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 243             "label.conservation_colour_increment",
 244             new String[] { sg.getName() }));
 245     sp.valueChanged(30);
 246     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 247     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 248
 249     /*
 250      * apply 40% PID threshold to group
 251      */
 252     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 253     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 254     assertFalse(sp.isForConservation());
 255     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 256             "label.percentage_identity_threshold",
 257             new String[] { sg.getName() }));
 258     sp.valueChanged(40);
 259     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 260     // conservation threshold is unchanged:
 261     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 262     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 263
 264     /*
 265      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 266      * should be unaffected
 267      */
 268     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 269     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 270     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 271     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 272     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 273     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 274     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 275     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 276     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 277
 278     /*
 279      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 280      * - group colour should change, but not colour thresholds
 281      */
 282     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 283     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 284     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 285     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 286     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 287     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 288     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 289     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 290     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 291     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 292   }
 293
 294   /**
 295    * Test residue colouring with various options
 296    * <ol>
 297    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 298    * <li>colour by Conservation applied</li>
 299    * <li>colour by Conservation removed</li>
 300    * <li>colour above PID - various values</li>
 301    * <li>colour above PID removed</li>
 302    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 303    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 304    * <li>re-add Above PID</li>
 305    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 306    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 307    * </ol>
 308    */
 309   @Test(groups = "Functional")
 310   public void testColourThresholdActions()
 311   {
 312     AlignViewport av = af.getViewport();
 313     AlignmentI al = av.getAlignment();
 314
 315     /*
 316      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 317      */
 318     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 319     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 320     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 321     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 322     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 323
 324     /*
 325      * inspect the colour of
 326      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 327      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 328      */
 329     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 330     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 331     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 332     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 333     assertEquals(c, i_original);
 334     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 335     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 336     assertEquals(c, s_original);
 337
 338     /*
 339      * colour by conservation with increment 10
 340      */
 341     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 342     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 343     assertTrue(sp.isForConservation());
 344     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 345     sp.valueChanged(10);
 346     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 347     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 348     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 349     assertEquals(c, i_faded);
 350     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 351     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 352     assertEquals(c, s_faded);
 353
 354     /*
 355      * deselect By Conservation - colour should revert
 356      */
 357     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 358     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 359     assertEquals(c, s_original);
 360
 361     /*
 362      * now Above PID, threshold = 0%
 363      * should be no change
 364      */
 365     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 366     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 367     assertFalse(sp.isForConservation());
 368     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 369     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 370     assertEquals(c, i_original);
 371     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 372     assertEquals(c, s_original);
 373
 374     /*
 375      * Above PID, threshold = 1%
 376      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 377      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 378      */
 379     sp.valueChanged(1);
 380     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 381     assertEquals(c, Color.white);
 382     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 383     assertEquals(c, s_original);
 384
 385     /*
 386      * threshold 66% - no further change yet...
 387      */
 388     sp.valueChanged(66);
 389     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 390     assertEquals(c, Color.white);
 391     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 392     assertEquals(c, s_original);
 393
 394     /*
 395      * threshold 67% - now both residues are white
 396      */
 397     sp.valueChanged(67);
 398     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 399     assertEquals(c, Color.white);
 400     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 401     assertEquals(c, Color.white);
 402
 403     /*
 404      * deselect Above PID - colours should revert
 405      */
 406     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 407     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 408     assertEquals(c, i_original);
 409     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 410     assertEquals(c, s_original);
 411
 412     /*
 413      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 414      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 415      * 16.S is coloured but faded
 416      */
 417     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 418     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 419     assertFalse(sp.isForConservation());
 420     sp.valueChanged(50);
 421     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 422     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 423     assertTrue(sp.isForConservation());
 424     sp.valueChanged(10);
 425     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 426     assertEquals(c, Color.white);
 427     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 428     assertEquals(c, s_faded);
 429
 430     /*
 431      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 432      */
 433     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 434     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 435     assertEquals(c, i_faded);
 436     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 437     assertEquals(c, s_faded);
 438
 439     /*
 440      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 441      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 442      */
 443     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 444     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 445     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 446     assertEquals(c, Color.white);
 447     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 448     assertEquals(c, s_faded);
 449
 450     /*
 451      * turn off By Conservation
 452      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 453      */
 454     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 455     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 456     assertEquals(c, Color.white);
 457     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 458     assertEquals(c, s_original);
 459
 460     /*
 461      * finally turn off Above PID to leave original colours
 462      */
 463     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 464     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 465     assertEquals(c, i_original);
 466     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 467     assertEquals(c, s_original);
 468   }
 469
 470   /**
 471    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 472    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 473    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 474    * project save and reload.
 475    *
 476    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 477    */
 478   @Test(groups = "Functional")
 479   public void testNewView_colourThresholds()
 480   {
 481     AlignViewport av = af.getViewport();
 482     AlignmentI al = av.getAlignment();
 483
 484     /*
 485      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 486      */
 487     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 488     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 489     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 490     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 491     assertFalse(sp.isForConservation());
 492     sp.valueChanged(10);
 493     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 494     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 495     assertTrue(sp.isForConservation());
 496     sp.valueChanged(20);
 497     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 498     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 499     assertTrue(rs.conservationApplied());
 500     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 501
 502     /*
 503      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 504      * and 40% PID threshold
 505      */
 506     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 507     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 508     sg.setStartRes(15);
 509     sg.setEndRes(25);
 510     av.setSelectionGroup(sg);
 511     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 512     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 513             .toString());
 514     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 515     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 516     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 517     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 518     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 519     assertTrue(sp.isForConservation());
 520     sp.valueChanged(30);
 521     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 522     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 523     assertFalse(sp.isForConservation());
 524     sp.valueChanged(40);
 525     rs = sg.getGroupColourScheme();
 526     assertTrue(rs.conservationApplied());
 527     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 528     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 529
 530     /*
 531      * set slider panel focus to the background alignment
 532      */
 533     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 534     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 535     assertTrue(sp.isForConservation());
 536     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 537             "label.conservation_colour_increment",
 538             new String[] { "Background" }));
 539
 540     /*
 541      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 542      */
 543     af.newView_actionPerformed(null);
 544     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 545     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 546     assertNotSame(av, av2);
 547     rs = av2.getResidueShading();
 548     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 549     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 550     assertTrue(rs.conservationApplied());
 551     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 552     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 553     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 554     rs = sg.getGroupColourScheme();
 555     assertTrue(rs.conservationApplied());
 556     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 557     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 558
 559     /*
 560      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 561      * and updates the new view (JAL-2385)
 562      */
 563     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 564     assertTrue(sp.isForConservation());
 565     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 566             "label.conservation_colour_increment",
 567             new String[] { "View 1" }));
 568     sp.valueChanged(22);
 569     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 570   }
 571 }