test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.api.FeatureColourI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.bin.Jalview;
  33 import jalview.datamodel.Alignment;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  36 import jalview.datamodel.Sequence;
  37 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.io.DataSourceType;
  41 import jalview.io.FileLoader;
  42 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  43 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  44 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  45 import jalview.schemes.FeatureColour;
  46 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  47 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  48 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  50 import jalview.util.MessageManager;
  51
  52 import java.awt.Color;
  53 import java.util.Iterator;
  54
  55 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  56 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  57 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  58 import org.testng.annotations.Test;
  59
  60 public class AlignFrameTest
  61 {
  62   AlignFrame af;
  63
  64   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  65   public void setUpJvOptionPane()
  66   {
  67     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  68     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  69     Jalview.setSynchronous(true);
  70   }
  71
  72   @Test(groups = "Functional")
  73   public void testHideFeatureColumns()
  74   {
  75     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  76     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  77     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
  78     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f,
  79             null));
  80     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  81             Float.NaN, null));
  82     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  83             Float.NaN, null));
  84     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  85     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  86             al.getHeight());
  87
  88     /*
  89      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
  90      */
  91     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  92
  93     /*
  94      * hiding a feature not present does nothing
  95      */
  96     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
  97     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  98
  99     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 100             .getNumberOfRegions(), 0);
 101
 102     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
 103     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 104
 105     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 106             .getNumberOfRegions(), 0);
 107
 108     /*
 109      * hiding a feature in all columns does nothing
 110      */
 111     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 112     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 113
 114     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 115             .getNumberOfRegions(), 0);
 116
 117
 118     /*
 119      * threshold Metal to hide features where score < 5
 120      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 121      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 122      */
 123     FeatureColourI fc = new FeatureColour(null, Color.red, Color.blue, null,
 124             0f, 10f);
 125     fc.setAboveThreshold(true);
 126     fc.setThreshold(5f);
 127     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 128     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 129     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 130     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 131     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 132     int[] next = regions.next();
 133     assertEquals(next[0], 5);
 134     assertEquals(next[1], 9);
 135
 136     /*
 137      * hide a feature present in some columns
 138      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 139      * [1-3], [6-8] base zero
 140      */
 141     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 142     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 143     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 144             .getHiddenColumns().iterator();
 145     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 146             .getNumberOfRegions(), 2);
 147     next = regions.next();
 148     assertEquals(next[0], 1);
 149     assertEquals(next[1], 3);
 150     next = regions.next();
 151     assertEquals(next[0], 6);
 152     assertEquals(next[1], 8);
 153   }
 154
 155   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 156   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 157   {
 158     /*
 159      * use read-only test properties file
 160      */
 161     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 162     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
 163   }
 164
 165   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 166   public void tearDown()
 167   {
 168     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 169   }
 170
 171   /**
 172    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
 173    * for colour Above PID testing
 174    */
 175   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 176   public void setUp()
 177   {
 178     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 179     Cache.getInstance().applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 180             Boolean.TRUE.toString());
 181     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 182             DataSourceType.FILE);
 183
 184     /*
 185      * wait for Consensus thread to complete
 186      */
 187     synchronized (this)
 188     {
 189       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 190       {
 191         try
 192         {
 193           wait(50);
 194         } catch (InterruptedException e)
 195         {
 196         }
 197       }
 198     }
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 203    * <ul>
 204    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 205    * colours</li>
 206    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 207    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 208    * Conservation)</li>
 209    * </ul>
 210    */
 211   @Test(groups = "Functional")
 212   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 213   {
 214     AlignViewport av = af.getViewport();
 215     AlignmentI al = av.getAlignment();
 216
 217     /*
 218      * Colour alignment by Buried Index
 219      */
 220     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 221     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 222     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 223     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 224     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 225
 226     /*
 227      * Apply Conservation 20%
 228      */
 229     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 230     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 231     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 232             "label.conservation_colour_increment",
 233             new String[] { "Background" }));
 234     assertTrue(sp.isForConservation());
 235     sp.valueChanged(20);
 236     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 237     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 238
 239     /*
 240      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 241      */
 242     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 243     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 244     assertFalse(sp.isForConservation());
 245     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 246             "label.percentage_identity_threshold",
 247             new String[] { "Background" }));
 248     sp.valueChanged(10);
 249     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 250     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 251     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 252
 253     /*
 254      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 255      * and 40% PID threshold
 256      */
 257     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 258     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 259     sg.setStartRes(15);
 260     sg.setEndRes(25);
 261     av.setSelectionGroup(sg);
 262
 263     /*
 264      * apply 30% Conservation to group
 265      */
 266     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 267     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 268             .toString());
 269     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 270     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 271     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 272     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 273     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 274     assertTrue(sp.isForConservation());
 275     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 276             "label.conservation_colour_increment",
 277             new String[] { sg.getName() }));
 278     sp.valueChanged(30);
 279     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 280     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 281
 282     /*
 283      * apply 40% PID threshold to group
 284      */
 285     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 286     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 287     assertFalse(sp.isForConservation());
 288     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 289             "label.percentage_identity_threshold",
 290             new String[] { sg.getName() }));
 291     sp.valueChanged(40);
 292     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 293     // conservation threshold is unchanged:
 294     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 295     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 296
 297     /*
 298      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 299      * should be unaffected
 300      */
 301     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 302     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 303     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 304     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 305     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 306     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 307     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 308     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 309     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 310
 311     /*
 312      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 313      * - group colour should change, but not colour thresholds
 314      */
 315     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 316     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 317     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 318     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 319     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 320     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 321     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 322     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 323     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 324     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 325   }
 326
 327   /**
 328    * Test residue colouring with various options
 329    * <ol>
 330    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 331    * <li>colour by Conservation applied</li>
 332    * <li>colour by Conservation removed</li>
 333    * <li>colour above PID - various values</li>
 334    * <li>colour above PID removed</li>
 335    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 336    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 337    * <li>re-add Above PID</li>
 338    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 339    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 340    * </ol>
 341    */
 342   @Test(groups = "Functional")
 343   public void testColourThresholdActions()
 344   {
 345     AlignViewport av = af.getViewport();
 346     AlignmentI al = av.getAlignment();
 347
 348     /*
 349      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 350      */
 351     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 352     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 353     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 354     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 355     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 356
 357     /*
 358      * inspect the colour of
 359      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 360      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 361      */
 362     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 363     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 364     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 365     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 366     assertEquals(c, i_original);
 367     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 368     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 369     assertEquals(c, s_original);
 370
 371     /*
 372      * colour by conservation with increment 10
 373      */
 374     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 375     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 376     assertTrue(sp.isForConservation());
 377     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 378     sp.valueChanged(10);
 379     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 380     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 381     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 382     assertEquals(c, i_faded);
 383     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 384     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 385     assertEquals(c, s_faded);
 386
 387     /*
 388      * deselect By Conservation - colour should revert
 389      */
 390     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 391     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 392     assertEquals(c, s_original);
 393
 394     /*
 395      * now Above PID, threshold = 0%
 396      * should be no change
 397      */
 398     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 399     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 400     assertFalse(sp.isForConservation());
 401     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 402     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 403     assertEquals(c, i_original);
 404     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 405     assertEquals(c, s_original);
 406
 407     /*
 408      * Above PID, threshold = 1%
 409      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 410      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 411      */
 412     sp.valueChanged(1);
 413     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 414     assertEquals(c, Color.white);
 415     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 416     assertEquals(c, s_original);
 417
 418     /*
 419      * threshold 66% - no further change yet...
 420      */
 421     sp.valueChanged(66);
 422     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 423     assertEquals(c, Color.white);
 424     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 425     assertEquals(c, s_original);
 426
 427     /*
 428      * threshold 67% - now both residues are white
 429      */
 430     sp.valueChanged(67);
 431     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 432     assertEquals(c, Color.white);
 433     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 434     assertEquals(c, Color.white);
 435
 436     /*
 437      * deselect Above PID - colours should revert
 438      */
 439     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 440     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 441     assertEquals(c, i_original);
 442     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 443     assertEquals(c, s_original);
 444
 445     /*
 446      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 447      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 448      * 16.S is coloured but faded
 449      */
 450     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 451     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 452     assertFalse(sp.isForConservation());
 453     sp.valueChanged(50);
 454     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 455     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 456     assertTrue(sp.isForConservation());
 457     sp.valueChanged(10);
 458     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 459     assertEquals(c, Color.white);
 460     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 461     assertEquals(c, s_faded);
 462
 463     /*
 464      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 465      */
 466     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 467     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 468     assertEquals(c, i_faded);
 469     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 470     assertEquals(c, s_faded);
 471
 472     /*
 473      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 474      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 475      */
 476     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 477     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 478     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 479     assertEquals(c, Color.white);
 480     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 481     assertEquals(c, s_faded);
 482
 483     /*
 484      * turn off By Conservation
 485      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 486      */
 487     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 488     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 489     assertEquals(c, Color.white);
 490     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 491     assertEquals(c, s_original);
 492
 493     /*
 494      * finally turn off Above PID to leave original colours
 495      */
 496     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 497     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 498     assertEquals(c, i_original);
 499     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 500     assertEquals(c, s_original);
 501   }
 502
 503   /**
 504    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 505    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 506    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 507    * project save and reload.
 508    *
 509    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 510    */
 511   @Test(groups = "Functional")
 512   public void testNewView_colourThresholds()
 513   {
 514     AlignViewport av = af.getViewport();
 515     AlignmentI al = av.getAlignment();
 516
 517     /*
 518      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 519      */
 520     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 521     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 522     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 523     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 524     assertFalse(sp.isForConservation());
 525     sp.valueChanged(10);
 526     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 527     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 528     assertTrue(sp.isForConservation());
 529     sp.valueChanged(20);
 530     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 531     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 532     assertTrue(rs.conservationApplied());
 533     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 534
 535     /*
 536      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 537      * and 40% PID threshold
 538      */
 539     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 540     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 541     sg.setStartRes(15);
 542     sg.setEndRes(25);
 543     av.setSelectionGroup(sg);
 544     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 545     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 546             .toString());
 547     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 548     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 549     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 550     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 551     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 552     assertTrue(sp.isForConservation());
 553     sp.valueChanged(30);
 554     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 555     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 556     assertFalse(sp.isForConservation());
 557     sp.valueChanged(40);
 558     rs = sg.getGroupColourScheme();
 559     assertTrue(rs.conservationApplied());
 560     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 561     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 562
 563     /*
 564      * set slider panel focus to the background alignment
 565      */
 566     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 567     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 568     assertTrue(sp.isForConservation());
 569     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 570             "label.conservation_colour_increment",
 571             new String[] { "Background" }));
 572
 573     /*
 574      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 575      */
 576     af.newView_actionPerformed(null);
 577     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 578     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 579     assertNotSame(av, av2);
 580     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 581     rs = av2.getResidueShading();
 582     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 583     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 584     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 585     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 586     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 587     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 588     rs = sg.getGroupColourScheme();
 589     assertTrue(rs.conservationApplied());
 590     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 591     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 592
 593     /*
 594      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 595      * and updates the new view (JAL-2385)
 596      */
 597     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 598     assertTrue(sp.isForConservation());
 599     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 600             "label.conservation_colour_increment",
 601             new String[] { "View 1" }));
 602     sp.valueChanged(22);
 603     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 604   }
 605
 606   /**
 607    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 608    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 609    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 610    * across all panels in a split frame.
 611    *
 612    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 613    */
 614   @Test(groups = "Functional")
 615   public void testNewView_dsRefPreserved()
 616   {
 617     AlignViewport av = af.getViewport();
 618     AlignmentI al = av.getAlignment();
 619     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 620     af.newView_actionPerformed(null);
 621     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 622             af.getViewport());
 623     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 624             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 625             "Dataset was not preserved in new view");
 626   }
 627 }