test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.util.Iterator;
  32
  33 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  35 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 import jalview.api.FeatureColourI;
  39 import jalview.bin.Cache;
  40 import jalview.bin.Jalview;
  41 import jalview.datamodel.Alignment;
  42 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  43 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  44 import jalview.datamodel.Sequence;
  45 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  46 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  47 import jalview.datamodel.SequenceI;
  48 import jalview.io.DataSourceType;
  49 import jalview.io.FileLoader;
  50 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  51 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  52 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  53 import jalview.schemes.FeatureColour;
  54 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  55 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  56 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  57 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  58 import jalview.util.MessageManager;
  59
  60 public class AlignFrameTest
  61 {
  62   AlignFrame af;
  63
  64   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  65   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  66   {
  67     setUpJvOptionPane();
  68     /*
  69      * use read-only test properties file
  70      */
  71     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  72     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
  73   }
  74
  75   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  76   public void tearDown()
  77   {
  78     if (Desktop.instance != null)
  79       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  80   }
  81
  82   /**
  83    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
  84    * for colour Above PID testing
  85    */
  86   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  87   public void setUp()
  88   {
  89     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  90     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
  91             Boolean.TRUE.toString());
  92     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
  93             DataSourceType.FILE);
  94
  95     /*
  96      * wait for Consensus thread to complete
  97      */
  98     do
  99     {
 100       try
 101       {
 102         Thread.sleep(50);
 103       } catch (InterruptedException x)
 104       {
 105       }
 106     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 107   }
 108
 109   public static void setUpJvOptionPane()
 110   {
 111     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 112     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 113   }
 114
 115   @Test(groups = "Functional")
 116   public void testHideFeatureColumns()
 117   {
 118     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
 119     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
 120     seq1.addSequenceFeature(
 121             new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
 122     seq2.addSequenceFeature(
 123             new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f, null));
 124     seq1.addSequenceFeature(
 125             new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4, Float.NaN, null));
 126     seq2.addSequenceFeature(
 127             new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9, Float.NaN, null));
 128     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
 129     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
 130             al.getHeight());
 131
 132     /*
 133      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
 134      */
 135     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
 136
 137     /*
 138      * hiding a feature not present does nothing
 139      */
 140     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
 141     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 142
 143     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 144             .getNumberOfRegions(), 0);
 145
 146     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
 147     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 148
 149     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 150             .getNumberOfRegions(), 0);
 151
 152     /*
 153      * hiding a feature in all columns does nothing
 154      */
 155     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 156     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 157
 158     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 159             .getNumberOfRegions(), 0);
 160
 161     /*
 162      * threshold Metal to hide features where score < 5
 163      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 164      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 165      */
 166     FeatureColourI fc = new FeatureColour(null, Color.red, Color.blue, null,
 167             0f, 10f);
 168     fc.setAboveThreshold(true);
 169     fc.setThreshold(5f);
 170     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 171     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 172     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 173             .getHiddenColumns();
 174     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 175     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 176     int[] next = regions.next();
 177     assertEquals(next[0], 5);
 178     assertEquals(next[1], 9);
 179
 180     /*
 181      * hide a feature present in some columns
 182      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 183      * [1-3], [6-8] base zero
 184      */
 185     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 186     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 187     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 188             .iterator();
 189     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 190             .getNumberOfRegions(), 2);
 191     next = regions.next();
 192     assertEquals(next[0], 1);
 193     assertEquals(next[1], 3);
 194     next = regions.next();
 195     assertEquals(next[0], 6);
 196     assertEquals(next[1], 8);
 197   }
 198
 199   /**
 200    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 201    * <ul>
 202    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 203    * colours</li>
 204    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group
 205    * colours</li>
 206    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 207    * Conservation)</li>
 208    * </ul>
 209    */
 210   @Test(groups = "Functional")
 211   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 212   {
 213     AlignViewport av = af.getViewport();
 214     AlignmentI al = av.getAlignment();
 215
 216     /*
 217      * Colour alignment by Buried Index
 218      */
 219     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 220     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 221     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 222     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 223     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 224
 225     /*
 226      * Apply Conservation 20%
 227      */
 228     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 229     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 230     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 231             "label.conservation_colour_increment", new String[]
 232             { "Background" }));
 233     assertTrue(sp.isForConservation());
 234     sp.valueChanged(20);
 235     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 236     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 237
 238     /*
 239      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 240      */
 241     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 242     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 243     assertFalse(sp.isForConservation());
 244     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 245             "label.percentage_identity_threshold", new String[]
 246             { "Background" }));
 247     sp.valueChanged(10);
 248     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 249     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 250     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 251
 252     /*
 253      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 254      * and 40% PID threshold
 255      */
 256     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 257     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 258     sg.setStartRes(15);
 259     sg.setEndRes(25);
 260     av.setSelectionGroup(sg);
 261
 262     /*
 263      * apply 30% Conservation to group
 264      * (notice menu action applies to selection group even if mouse click
 265      * is at a sequence not in the group)
 266      */
 267     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(2),
 268             null);
 269     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 270             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 271     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 272     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 273     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 274     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 275     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 276     assertTrue(sp.isForConservation());
 277     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 278             "label.conservation_colour_increment", new String[]
 279             { sg.getName() }));
 280     sp.valueChanged(30);
 281     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 282     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 283
 284     /*
 285      * apply 40% PID threshold to group
 286      */
 287     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 288     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 289     assertFalse(sp.isForConservation());
 290     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 291             "label.percentage_identity_threshold", new String[]
 292             { sg.getName() }));
 293     sp.valueChanged(40);
 294     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 295     // conservation threshold is unchanged:
 296     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 297     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 298
 299     /*
 300      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 301      * should be unaffected
 302      */
 303     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 304     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 305     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 306     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 307     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 308     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 309     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 310     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 311     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 312
 313     /*
 314      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 315      * - group colour should change, but not colour thresholds
 316      */
 317     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 318     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 319     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 320     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 321     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 322     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 323     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 324     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 325     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 326     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 327   }
 328
 329   /**
 330    * Test residue colouring with various options
 331    * <ol>
 332    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 333    * <li>colour by Conservation applied</li>
 334    * <li>colour by Conservation removed</li>
 335    * <li>colour above PID - various values</li>
 336    * <li>colour above PID removed</li>
 337    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 338    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 339    * <li>re-add Above PID</li>
 340    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 341    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 342    * </ol>
 343    */
 344   @Test(groups = "Functional")
 345   public void testColourThresholdActions()
 346   {
 347     AlignViewport av = af.getViewport();
 348     AlignmentI al = av.getAlignment();
 349
 350     /*
 351      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 352      */
 353     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 354     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 355     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 356     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 357     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 358
 359     /*
 360      * inspect the colour of
 361      * FER_CAPAN.9(I), column 15 (14 base 0)
 362      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 363      */
 364     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 365     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 366     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 367     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 368     assertEquals(c, i_original);
 369     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 370     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 371     assertEquals(c, s_original);
 372
 373     /*
 374      * colour by conservation with increment 10
 375      */
 376     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 377     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 378     assertTrue(sp.isForConservation());
 379     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 380     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 381     Color i_faded = new Color(255, 255, 255);
 382     assertEquals(c, i_faded);
 383     sp.valueChanged(10);
 384     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 385     assertEquals(rs.getConservationInc(), 10);
 386     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 387     i_faded = new Color(196, 186, 196);
 388     assertEquals(c, i_faded);
 389     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 390     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 391     assertEquals(c, s_faded);
 392
 393     /*
 394      * deselect By Conservation - colour should revert
 395      */
 396     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 397     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 398     assertEquals(c, s_original);
 399
 400     /*
 401      * now Above PID, threshold = 0%
 402      * should be no change
 403      */
 404     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 405     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 406     assertFalse(sp.isForConservation());
 407     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 408     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 409     assertEquals(c, i_original);
 410     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 411     assertEquals(c, s_original);
 412
 413     /*
 414      * Above PID, threshold = 1%
 415      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 416      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 417      */
 418     sp.valueChanged(1);
 419     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 420     assertEquals(c, Color.white);
 421     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 422     assertEquals(c, s_original);
 423
 424     /*
 425      * threshold 66% - no further change yet...
 426      */
 427     sp.valueChanged(66);
 428     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 429     assertEquals(c, Color.white);
 430     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 431     assertEquals(c, s_original);
 432
 433     /*
 434      * threshold 67% - now both residues are white
 435      */
 436     sp.valueChanged(67);
 437     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 438     assertEquals(c, Color.white);
 439     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 440     assertEquals(c, Color.white);
 441
 442     /*
 443      * deselect Above PID - colours should revert
 444      */
 445     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 446     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 447     assertEquals(c, i_original);
 448     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 449     assertEquals(c, s_original);
 450
 451     /*
 452      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 453      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 454      * 16.S is coloured but faded
 455      */
 456     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 457     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 458     assertFalse(sp.isForConservation());
 459     sp.valueChanged(50);
 460     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 461     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 462     assertTrue(sp.isForConservation());
 463     sp.valueChanged(10);
 464     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 465     assertEquals(c, Color.white);
 466     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 467     assertEquals(c, s_faded);
 468
 469     /*
 470      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 471      */
 472     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 473     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 474     assertEquals(c, i_faded);
 475     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 476     assertEquals(c, s_faded);
 477
 478     /*
 479      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 480      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 481      */
 482     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 483     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 484     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 485     assertEquals(c, Color.white);
 486     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 487     assertEquals(c, s_faded);
 488
 489     /*
 490      * turn off By Conservation
 491      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 492      */
 493     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 494     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 495     assertEquals(c, Color.white);
 496     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 497     assertEquals(c, s_original);
 498
 499     /*
 500      * finally turn off Above PID to leave original colours
 501      */
 502     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 503     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 504     assertEquals(c, i_original);
 505     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 506     assertEquals(c, s_original);
 507   }
 508
 509   /**
 510    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 511    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 512    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 513    * project save and reload.
 514    *
 515    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 516    */
 517   @Test(groups = "Functional")
 518   public void testNewView_colourThresholds()
 519   {
 520     AlignViewport av = af.getViewport();
 521     AlignmentI al = av.getAlignment();
 522
 523     /*
 524      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 525      */
 526     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 527     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 528     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 529     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 530     assertFalse(sp.isForConservation());
 531     sp.valueChanged(10);
 532     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 533     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 534     assertTrue(sp.isForConservation());
 535     sp.valueChanged(20);
 536     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 537     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 538     assertTrue(rs.conservationApplied());
 539     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 540
 541     /*
 542      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 543      * and 40% PID threshold
 544      */
 545     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 546     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 547     sg.setStartRes(15);
 548     sg.setEndRes(25);
 549     av.setSelectionGroup(sg);
 550     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(0),
 551             null);
 552     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 553             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 554     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 555     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 556     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 557     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 558     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 559     assertTrue(sp.isForConservation());
 560     sp.valueChanged(30);
 561     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 562     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 563     assertFalse(sp.isForConservation());
 564     sp.valueChanged(40);
 565     rs = sg.getGroupColourScheme();
 566     assertTrue(rs.conservationApplied());
 567     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 568     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 569
 570     /*
 571      * set slider panel focus to the background alignment
 572      */
 573     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 574     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 575     assertTrue(sp.isForConservation());
 576     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 577             "label.conservation_colour_increment", new String[]
 578             { "Background" }));
 579
 580     /*
 581      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 582      */
 583     af.newView_actionPerformed(null);
 584     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 585     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 586     assertNotSame(av, av2);
 587     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 588     rs = av2.getResidueShading();
 589     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 590     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 591     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 592     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 593     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 594     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 595     rs = sg.getGroupColourScheme();
 596     assertTrue(rs.conservationApplied());
 597     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 598     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 599
 600     /*
 601      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 602      * and updates the new view (JAL-2385)
 603      */
 604     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 605     assertTrue(sp.isForConservation());
 606     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 607             "label.conservation_colour_increment", new String[]
 608             { "View 1" }));
 609     sp.valueChanged(22);
 610     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 611   }
 612
 613   /**
 614    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 615    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 616    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 617    * across all panels in a split frame.
 618    *
 619    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 620    */
 621   @Test(groups = "Functional")
 622   public void testNewView_dsRefPreserved()
 623   {
 624     AlignViewport av = af.getViewport();
 625     AlignmentI al = av.getAlignment();
 626     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 627     af.newView_actionPerformed(null);
 628     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 629             af.getViewport());
 630     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 631             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 632             "Dataset was not preserved in new view");
 633   }
 634 }