test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.util.Iterator;
  32
  33 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  35 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 import jalview.api.FeatureColourI;
  39 import jalview.bin.Cache;
  40 import jalview.bin.Jalview;
  41 import jalview.datamodel.Alignment;
  42 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  43 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  44 import jalview.datamodel.Sequence;
  45 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  46 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  47 import jalview.datamodel.SequenceI;
  48 import jalview.io.DataSourceType;
  49 import jalview.io.FileLoader;
  50 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  51 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  52 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  53 import jalview.schemes.FeatureColour;
  54 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  55 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  56 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  57 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  58 import jalview.util.MessageManager;
  59
  60 public class AlignFrameTest
  61 {
  62   AlignFrame af;
  63
  64   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  65   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  66   {
  67     setUpJvOptionPane();
  68     /*
  69      * use read-only test properties file
  70      */
  71     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  72     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
  73   }
  74
  75   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  76   public void tearDown()
  77   {
  78     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  79   }
  80
  81   /**
  82    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed for
  83    * colour Above PID testing
  84    */
  85   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  86   public void setUp()
  87   {
  88     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  89     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
  90             Boolean.TRUE.toString());
  91     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
  92             DataSourceType.FILE);
  93
  94     /*
  95      * wait for Consensus thread to complete
  96      */
  97     do
  98     {
  99       try
 100       {
 101         Thread.sleep(50);
 102       } catch (InterruptedException x)
 103       {
 104       }
 105     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 106   }
 107
 108   public static void setUpJvOptionPane()
 109   {
 110     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 111     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 112   }
 113
 114   @Test(groups = "Functional")
 115   public void testHideFeatureColumns()
 116   {
 117     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
 118     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
 119     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
 120     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f,
 121             null));
 122     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
 123             Float.NaN, null));
 124     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
 125             Float.NaN, null));
 126     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
 127     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
 128             al.getHeight());
 129
 130     /*
 131      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
 132      */
 133     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
 134
 135     /*
 136      * hiding a feature not present does nothing
 137      */
 138     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
 139     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 140
 141     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 142             .getNumberOfRegions(), 0);
 143
 144     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
 145     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 146
 147     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 148             .getNumberOfRegions(), 0);
 149
 150     /*
 151      * hiding a feature in all columns does nothing
 152      */
 153     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 154     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 155
 156     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 157             .getNumberOfRegions(), 0);
 158
 159
 160     /*
 161      * threshold Metal to hide features where score < 5
 162      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 163      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 164      */
 165     FeatureColourI fc = new FeatureColour(null, Color.red, Color.blue, null,
 166             0f, 10f);
 167     fc.setAboveThreshold(true);
 168     fc.setThreshold(5f);
 169     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 170     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 171     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 172     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 173     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 174     int[] next = regions.next();
 175     assertEquals(next[0], 5);
 176     assertEquals(next[1], 9);
 177
 178     /*
 179      * hide a feature present in some columns
 180      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 181      * [1-3], [6-8] base zero
 182      */
 183     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 184     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 185     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 186             .getHiddenColumns().iterator();
 187     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 188             .getNumberOfRegions(), 2);
 189     next = regions.next();
 190     assertEquals(next[0], 1);
 191     assertEquals(next[1], 3);
 192     next = regions.next();
 193     assertEquals(next[0], 6);
 194     assertEquals(next[1], 8);
 195   }
 196
 197   /**
 198    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 199    * <ul>
 200    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 201    * colours</li>
 202    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 203    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 204    * Conservation)</li>
 205    * </ul>
 206    */
 207   @Test(groups = "Functional")
 208   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 209   {
 210     AlignViewport av = af.getViewport();
 211     AlignmentI al = av.getAlignment();
 212
 213     /*
 214      * Colour alignment by Buried Index
 215      */
 216     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 217     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 218     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 219     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 220     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 221
 222     /*
 223      * Apply Conservation 20%
 224      */
 225     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 226     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 227     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 228             "label.conservation_colour_increment",
 229             new String[] { "Background" }));
 230     assertTrue(sp.isForConservation());
 231     sp.valueChanged(20);
 232     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 233     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 234
 235     /*
 236      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 237      */
 238     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 239     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 240     assertFalse(sp.isForConservation());
 241     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 242             "label.percentage_identity_threshold",
 243             new String[] { "Background" }));
 244     sp.valueChanged(10);
 245     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 246     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 247     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 248
 249     /*
 250      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 251      * and 40% PID threshold
 252      */
 253     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 254     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 255     sg.setStartRes(15);
 256     sg.setEndRes(25);
 257     av.setSelectionGroup(sg);
 258
 259     /*
 260      * apply 30% Conservation to group
 261      * (notice menu action applies to selection group even if mouse click
 262      * is at a sequence not in the group)
 263      */
 264     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(2),
 265             null);
 266     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 267             .toString());
 268     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 269     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 270     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 271     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 272     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 273     assertTrue(sp.isForConservation());
 274     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 275             "label.conservation_colour_increment",
 276             new String[] { sg.getName() }));
 277     sp.valueChanged(30);
 278     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 279     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 280
 281     /*
 282      * apply 40% PID threshold to group
 283      */
 284     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 285     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 286     assertFalse(sp.isForConservation());
 287     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 288             "label.percentage_identity_threshold",
 289             new String[] { sg.getName() }));
 290     sp.valueChanged(40);
 291     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 292     // conservation threshold is unchanged:
 293     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 294     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 295
 296     /*
 297      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 298      * should be unaffected
 299      */
 300     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 301     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 302     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 303     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 304     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 305     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 306     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 307     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 308     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 309
 310     /*
 311      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 312      * - group colour should change, but not colour thresholds
 313      */
 314     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 315     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 316     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 317     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 318     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 319     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 320     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 321     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 322     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 323     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 324   }
 325
 326   /**
 327    * Test residue colouring with various options
 328    * <ol>
 329    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 330    * <li>colour by Conservation applied</li>
 331    * <li>colour by Conservation removed</li>
 332    * <li>colour above PID - various values</li>
 333    * <li>colour above PID removed</li>
 334    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 335    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 336    * <li>re-add Above PID</li>
 337    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 338    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 339    * </ol>
 340    */
 341   @Test(groups = "Functional")
 342   public void testColourThresholdActions()
 343   {
 344     AlignViewport av = af.getViewport();
 345     AlignmentI al = av.getAlignment();
 346
 347     /*
 348      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 349      */
 350     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 351     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 352     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 353     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 354     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 355
 356     /*
 357      * inspect the colour of
 358      * FER_CAPAN.9(I), column 15 (14 base 0)
 359      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 360      */
 361     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 362     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 363     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 364     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 365     assertEquals(c, i_original);
 366     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 367     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 368     assertEquals(c, s_original);
 369
 370     /*
 371      * colour by conservation with increment 10
 372      */
 373     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 374     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 375     assertTrue(sp.isForConservation());
 376     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 377     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 378     Color i_faded = new Color(255, 255, 255);
 379     assertEquals(c, i_faded);
 380     sp.valueChanged(10);
 381     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 382     assertEquals(rs.getConservationInc(), 10);
 383     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 384     i_faded = new Color(196, 186, 196);
 385     assertEquals(c, i_faded);
 386     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 387     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 388     assertEquals(c, s_faded);
 389
 390     /*
 391      * deselect By Conservation - colour should revert
 392      */
 393     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 394     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 395     assertEquals(c, s_original);
 396
 397     /*
 398      * now Above PID, threshold = 0%
 399      * should be no change
 400      */
 401     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 402     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 403     assertFalse(sp.isForConservation());
 404     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 405     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 406     assertEquals(c, i_original);
 407     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 408     assertEquals(c, s_original);
 409
 410     /*
 411      * Above PID, threshold = 1%
 412      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 413      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 414      */
 415     sp.valueChanged(1);
 416     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 417     assertEquals(c, Color.white);
 418     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 419     assertEquals(c, s_original);
 420
 421     /*
 422      * threshold 66% - no further change yet...
 423      */
 424     sp.valueChanged(66);
 425     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 426     assertEquals(c, Color.white);
 427     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 428     assertEquals(c, s_original);
 429
 430     /*
 431      * threshold 67% - now both residues are white
 432      */
 433     sp.valueChanged(67);
 434     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 435     assertEquals(c, Color.white);
 436     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 437     assertEquals(c, Color.white);
 438
 439     /*
 440      * deselect Above PID - colours should revert
 441      */
 442     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 443     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 444     assertEquals(c, i_original);
 445     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 446     assertEquals(c, s_original);
 447
 448     /*
 449      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 450      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 451      * 16.S is coloured but faded
 452      */
 453     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 454     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 455     assertFalse(sp.isForConservation());
 456     sp.valueChanged(50);
 457     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 458     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 459     assertTrue(sp.isForConservation());
 460     sp.valueChanged(10);
 461     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 462     assertEquals(c, Color.white);
 463     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 464     assertEquals(c, s_faded);
 465
 466     /*
 467      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 468      */
 469     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 470     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 471     assertEquals(c, i_faded);
 472     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 473     assertEquals(c, s_faded);
 474
 475     /*
 476      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 477      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 478      */
 479     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 480     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 481     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 482     assertEquals(c, Color.white);
 483     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 484     assertEquals(c, s_faded);
 485
 486     /*
 487      * turn off By Conservation
 488      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 489      */
 490     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 491     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 492     assertEquals(c, Color.white);
 493     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 494     assertEquals(c, s_original);
 495
 496     /*
 497      * finally turn off Above PID to leave original colours
 498      */
 499     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 500     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 501     assertEquals(c, i_original);
 502     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 503     assertEquals(c, s_original);
 504   }
 505
 506   /**
 507    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 508    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 509    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 510    * project save and reload.
 511    *
 512    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 513    */
 514   @Test(groups = "Functional")
 515   public void testNewView_colourThresholds()
 516   {
 517     AlignViewport av = af.getViewport();
 518     AlignmentI al = av.getAlignment();
 519
 520     /*
 521      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 522      */
 523     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 524     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 525     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 526     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 527     assertFalse(sp.isForConservation());
 528     sp.valueChanged(10);
 529     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 530     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 531     assertTrue(sp.isForConservation());
 532     sp.valueChanged(20);
 533     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 534     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 535     assertTrue(rs.conservationApplied());
 536     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 537
 538     /*
 539      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 540      * and 40% PID threshold
 541      */
 542     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 543     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 544     sg.setStartRes(15);
 545     sg.setEndRes(25);
 546     av.setSelectionGroup(sg);
 547     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(0),
 548             null);
 549     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 550             .toString());
 551     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 552     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 553     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 554     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 555     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 556     assertTrue(sp.isForConservation());
 557     sp.valueChanged(30);
 558     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 559     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 560     assertFalse(sp.isForConservation());
 561     sp.valueChanged(40);
 562     rs = sg.getGroupColourScheme();
 563     assertTrue(rs.conservationApplied());
 564     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 565     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 566
 567     /*
 568      * set slider panel focus to the background alignment
 569      */
 570     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 571     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 572     assertTrue(sp.isForConservation());
 573     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 574             "label.conservation_colour_increment",
 575             new String[] { "Background" }));
 576
 577     /*
 578      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 579      */
 580     af.newView_actionPerformed(null);
 581     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 582     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 583     assertNotSame(av, av2);
 584     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 585     rs = av2.getResidueShading();
 586     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 587     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 588     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 589     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 590     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 591     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 592     rs = sg.getGroupColourScheme();
 593     assertTrue(rs.conservationApplied());
 594     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 595     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 596
 597     /*
 598      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 599      * and updates the new view (JAL-2385)
 600      */
 601     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 602     assertTrue(sp.isForConservation());
 603     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 604             "label.conservation_colour_increment",
 605             new String[] { "View 1" }));
 606     sp.valueChanged(22);
 607     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 608   }
 609
 610   /**
 611    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 612    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 613    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 614    * across all panels in a split frame.
 615    *
 616    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 617    */
 618   @Test(groups = "Functional")
 619   public void testNewView_dsRefPreserved()
 620   {
 621     AlignViewport av = af.getViewport();
 622     AlignmentI al = av.getAlignment();
 623     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 624     af.newView_actionPerformed(null);
 625     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 626             af.getViewport());
 627     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 628             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 629             "Dataset was not preserved in new view");
 630   }
 631 }