test/jalview/gui/AlignViewportTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  28 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  29
  30 import jalview.api.AlignViewportI;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.List;
  33
  34 import org.testng.Assert;
  35 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  36 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 import jalview.bin.Cache;
  40 import jalview.bin.Jalview;
  41 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  42 import jalview.datamodel.Alignment;
  43 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  44 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  45 import jalview.datamodel.Annotation;
  46 import jalview.datamodel.SearchResults;
  47 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  48 import jalview.datamodel.Sequence;
  49 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  50 import jalview.datamodel.SequenceI;
  51 import jalview.io.DataSourceType;
  52 import jalview.io.FileLoader;
  53 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  54 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  55 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  56 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  57 import jalview.util.MapList;
  58 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  59 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  60
  61 public class AlignViewportTest
  62 {
  63
  64   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  65   public void setUpJvOptionPane()
  66   {
  67     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  68     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  69   }
  70
  71   AlignmentI al;
  72
  73   AlignmentViewport testee;
  74
  75   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  76   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  77   {
  78     Jalview.main(new String[] {
  79         //"-jabaws", "none",
  80         "-nonews", "-props",
  81         "test/jalview/testProps.jvprops" });
  82
  83     /*
  84      * remove any sequence mappings left lying around by other tests
  85      */
  86     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  87             .getStructureSelectionManager(Desktop.getInstance());
  88     ssm.resetAll();
  89   }
  90
  91   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  92   public void setUp()
  93   {
  94     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABC");
  95     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABC");
  96     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABC");
  97     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3 };
  98     al = new Alignment(seqs);
  99     al.setDataset(null);
 100     testee = new AlignViewport(al);
 101   }
 102
 103   /**
 104    * Test that a mapping is not deregistered when a second view is closed but
 105    * the first still holds a reference to the mapping
 106    */
 107   @Test(groups = { "Functional" })
 108   public void testDeregisterMapping_onCloseView()
 109   {
 110     /*
 111      * alignment with reference to mappings
 112      */
 113     AlignFrame af1 = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 114             ">Seq1\nCAGT\n", DataSourceType.PASTE);
 115
 116     SequenceI s1 = af1.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 117     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
 118     acf1.addMap(s1, s1, new MapList(new int[] { 1, 4 }, new int[] { 1, 4 },
 119             1, 1));
 120     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 121     acf2.addMap(s1, s1, new MapList(new int[] { 1, 4 }, new int[] { 4, 1 },
 122             1, 1));
 123
 124     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<>();
 125     mappings.add(acf1);
 126     mappings.add(acf2);
 127     af1.getViewport().getAlignment().setCodonFrames(mappings);
 128     af1.newView_actionPerformed(null);
 129
 130     /*
 131      * Verify that creating the alignment for the new View has registered the
 132      * mappings
 133      */
 134     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 135             .getStructureSelectionManager(Desktop.getInstance());
 136     List<AlignedCodonFrame> sequenceMappings = ssm.getSequenceMappings();
 137     assertEquals(2, sequenceMappings.size());
 138     assertTrue(sequenceMappings.contains(acf1));
 139     assertTrue(sequenceMappings.contains(acf2));
 140
 141     /*
 142      * Close the second view. Verify that mappings are not removed as the first
 143      * view still holds a reference to them.
 144      */
 145     af1.closeMenuItem_actionPerformed(false);
 146     assertEquals(2, sequenceMappings.size());
 147     assertTrue(sequenceMappings.contains(acf1));
 148     assertTrue(sequenceMappings.contains(acf2));
 149   }
 150
 151   /**
 152    * Test that a mapping is deregistered if no alignment holds a reference to it
 153    */
 154   @Test(groups = { "Functional" })
 155   public void testDeregisterMapping_withNoReference()
 156   {
 157     Desktop d = Desktop.getInstance();
 158     assertNotNull(d);
 159     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 160             .getStructureSelectionManager(Desktop.getInstance());
 161     ssm.resetAll();
 162
 163     AlignFrame af1 = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 164             ">Seq1\nRSVQ\n", DataSourceType.PASTE);
 165     AlignFrame af2 = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 166             ">Seq2\nDGEL\n", DataSourceType.PASTE);
 167     SequenceI cs1 = new Sequence("cseq1", "CCCGGGTTTAAA");
 168     SequenceI cs2 = new Sequence("cseq2", "CTTGAGTCTAGA");
 169     SequenceI s1 = af1.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 170     SequenceI s2 = af2.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 171     // need to be distinct
 172     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
 173     acf1.addMap(cs1, s1, new MapList(new int[] { 1, 4 },
 174             new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
 175     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 176     acf2.addMap(cs2, s2, new MapList(new int[] { 1, 4 },
 177             new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
 178     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
 179     acf3.addMap(cs2, cs2, new MapList(new int[] { 1, 12 }, new int[] { 1,
 180         12 }, 1, 1));
 181
 182     List<AlignedCodonFrame> mappings1 = new ArrayList<>();
 183     mappings1.add(acf1);
 184     af1.getViewport().getAlignment().setCodonFrames(mappings1);
 185
 186     List<AlignedCodonFrame> mappings2 = new ArrayList<>();
 187     mappings2.add(acf2);
 188     mappings2.add(acf3);
 189     af2.getViewport().getAlignment().setCodonFrames(mappings2);
 190
 191     /*
 192      * AlignFrame1 has mapping acf1, AlignFrame2 has acf2 and acf3
 193      */
 194
 195     List<AlignedCodonFrame> ssmMappings = ssm.getSequenceMappings();
 196     assertEquals(0, ssmMappings.size());
 197     ssm.registerMapping(acf1);
 198     assertEquals(1, ssmMappings.size());
 199     ssm.registerMapping(acf2);
 200     assertEquals(2, ssmMappings.size());
 201     ssm.registerMapping(acf3);
 202     assertEquals(3, ssmMappings.size());
 203
 204     /*
 205      * Closing AlignFrame2 should remove its mappings from
 206      * StructureSelectionManager, since AlignFrame1 has no reference to them
 207      */
 208     af2.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 209     assertEquals(1, ssmMappings.size());
 210     assertTrue(ssmMappings.contains(acf1));
 211   }
 212
 213   /**
 214    * Test that a mapping is not deregistered if another alignment holds a
 215    * reference to it
 216    */
 217   @Test(groups = { "Functional" })
 218   public void testDeregisterMapping_withReference()
 219   {
 220     Desktop d = Desktop.getInstance();
 221     assertNotNull(d);
 222     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 223             .getStructureSelectionManager(Desktop.getInstance());
 224     ssm.resetAll();
 225
 226     AlignFrame af1 = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 227             ">Seq1\nRSVQ\n", DataSourceType.PASTE);
 228     AlignFrame af2 = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 229             ">Seq2\nDGEL\n", DataSourceType.PASTE);
 230     SequenceI cs1 = new Sequence("cseq1", "CCCGGGTTTAAA");
 231     SequenceI cs2 = new Sequence("cseq2", "CTTGAGTCTAGA");
 232     SequenceI s1 = af1.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 233     SequenceI s2 = af2.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 234     // need to be distinct
 235     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
 236     acf1.addMap(cs1, s1, new MapList(new int[] { 1, 4 },
 237             new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
 238     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 239     acf2.addMap(cs2, s2, new MapList(new int[] { 1, 4 },
 240             new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
 241     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
 242     acf3.addMap(cs2, cs2, new MapList(new int[] { 1, 12 }, new int[] { 1,
 243         12 }, 1, 1));
 244
 245     List<AlignedCodonFrame> mappings1 = new ArrayList<>();
 246     mappings1.add(acf1);
 247     mappings1.add(acf2);
 248     af1.getViewport().getAlignment().setCodonFrames(mappings1);
 249
 250     List<AlignedCodonFrame> mappings2 = new ArrayList<>();
 251     mappings2.add(acf2);
 252     mappings2.add(acf3);
 253     af2.getViewport().getAlignment().setCodonFrames(mappings2);
 254
 255     /*
 256      * AlignFrame1 has mappings acf1 and acf2, AlignFrame2 has acf2 and acf3
 257      */
 258
 259     List<AlignedCodonFrame> ssmMappings = ssm.getSequenceMappings();
 260     assertEquals(0, ssmMappings.size());
 261     ssm.registerMapping(acf1);
 262     assertEquals(1, ssmMappings.size());
 263     ssm.registerMapping(acf2);
 264     assertEquals(2, ssmMappings.size());
 265     ssm.registerMapping(acf3);
 266     assertEquals(3, ssmMappings.size());
 267
 268     /*
 269      * Closing AlignFrame2 should remove mapping acf3 from
 270      * StructureSelectionManager, but not acf2, since AlignFrame1 still has a
 271      * reference to it
 272      */
 273     af2.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 274     assertEquals(2, ssmMappings.size());
 275     assertTrue(ssmMappings.contains(acf1));
 276     assertTrue(ssmMappings.contains(acf2));
 277     assertFalse(ssmMappings.contains(acf3));
 278   }
 279
 280   /**
 281    * Test for JAL-1306 - conservation thread should run even when only Quality
 282    * (and not Conservation) is enabled in Preferences
 283    */
 284   @Test(groups = { "Functional" }, timeOut=2000)
 285   public void testUpdateConservation_qualityOnly()
 286   {
 287     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_ANNOTATIONS",
 288             Boolean.TRUE.toString());
 289     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_QUALITY",
 290             Boolean.TRUE.toString());
 291     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_CONSERVATION",
 292             Boolean.FALSE.toString());
 293     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_OCCUPANCY",
 294             Boolean.FALSE.toString());
 295     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_IDENTITY",
 296             Boolean.FALSE.toString());
 297     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 298             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 299
 300     /*
 301      * wait for Conservation thread to complete
 302      */
 303     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 304     waitForCalculations(viewport);
 305     AlignmentAnnotation[] anns = viewport.getAlignment()
 306             .getAlignmentAnnotation();
 307     assertNotNull("No annotations found", anns);
 308     assertEquals("More than one annotation found", 1, anns.length);
 309     assertTrue("Annotation is not Quality",
 310             anns[0].description.startsWith("Alignment Quality"));
 311     Annotation[] annotations = anns[0].annotations;
 312     assertNotNull("Quality annotations are null", annotations);
 313     assertNotNull("Quality in column 1 is null", annotations[0]);
 314     assertTrue("No quality value in column 1", annotations[0].value > 10f);
 315   }
 316
 317   /**
 318    * Wait for consensus etc calculation threads to complete
 319    *
 320    * @param viewport
 321    */
 322   protected void waitForCalculations(AlignViewport viewport)
 323   {
 324     synchronized (this)
 325     {
 326       System.out.print("waiting...");
 327       int n = 3;
 328       while (--n >= 0 || viewport.getCalcManager().isWorking())
 329       {
 330         try
 331         {
 332           wait(50);
 333         } catch (InterruptedException e)
 334         {
 335         }
 336       }
 337            System.out.println("...done");
 338     }
 339   }
 340
 341   @Test(groups = { "Functional" })
 342   public void testSetGlobalColourScheme()
 343   {
 344     /*
 345      * test for JAL-2283: don't inadvertently turn on colour by conservation
 346      */
 347     Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_COLOUR_PROT", "None");
 348     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_CONSERVATION",
 349             Boolean.TRUE.toString());
 350     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 351             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 352     ColourSchemeI cs = new PIDColourScheme();
 353     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 354     viewport.setGlobalColourScheme(cs);
 355     assertFalse(viewport.getResidueShading()
 356             .conservationApplied());
 357
 358     /*
 359      * JAL-3201 groups have their own ColourSchemeI instances
 360      */
 361     AlignmentI aln = viewport.getAlignment();
 362     SequenceGroup sg1 = new SequenceGroup();
 363     sg1.addSequence(aln.getSequenceAt(0), false);
 364     sg1.addSequence(aln.getSequenceAt(2), false);
 365     SequenceGroup sg2 = new SequenceGroup();
 366     sg2.addSequence(aln.getSequenceAt(1), false);
 367     sg2.addSequence(aln.getSequenceAt(3), false);
 368     aln.addGroup(sg1);
 369     aln.addGroup(sg2);
 370     viewport.setColourAppliesToAllGroups(true);
 371     viewport.setGlobalColourScheme(new ClustalxColourScheme());
 372     ColourSchemeI cs0 = viewport.getGlobalColourScheme();
 373     ColourSchemeI cs1 = sg1.getColourScheme();
 374     ColourSchemeI cs2 = sg2.getColourScheme();
 375     assertTrue(cs0 instanceof ClustalxColourScheme);
 376     assertTrue(cs1 instanceof ClustalxColourScheme);
 377     assertTrue(cs2 instanceof ClustalxColourScheme);
 378     assertNotSame(cs0, cs1);
 379     assertNotSame(cs0, cs2);
 380     assertNotSame(cs1, cs2);
 381   }
 382
 383   @Test(groups = { "Functional" })
 384   public void testSetGetHasSearchResults()
 385   {
 386     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 387             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 388     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 389     SequenceI s1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 390
 391     // create arbitrary range on first sequence
 392     sr.addResult(s1, s1.getStart() + 10, s1.getStart() + 15);
 393
 394     // test set
 395     af.getViewport().setSearchResults(sr);
 396     // has -> true
 397     assertTrue(af.getViewport().hasSearchResults());
 398     // get == original
 399     assertEquals(sr, af.getViewport().getSearchResults());
 400
 401     // set(null) results in has -> false
 402
 403     af.getViewport().setSearchResults(null);
 404     assertFalse(af.getViewport().hasSearchResults());
 405   }
 406
 407   /**
 408    * Verify that setting the selection group has the side-effect of setting the
 409    * context on the group, unless it already has one, but does not change
 410    * whether the group is defined or not.
 411    */
 412   @Test(groups = { "Functional" })
 413   public void testSetSelectionGroup()
 414   {
 415     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 416             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 417     AlignViewportI av = af.getViewport();
 418     SequenceGroup sg1 = new SequenceGroup();
 419     SequenceGroup sg2 = new SequenceGroup();
 420     SequenceGroup sg3 = new SequenceGroup();
 421
 422     av.setSelectionGroup(sg1);
 423     assertSame(sg1.getContext(), av.getAlignment()); // context set
 424     assertFalse(sg1.isDefined()); // group not defined
 425
 426     sg2.setContext(sg1, false);
 427     av.setSelectionGroup(sg2);
 428     assertFalse(sg2.isDefined()); // unchanged
 429     assertSame(sg2.getContext(), sg1); // unchanged
 430
 431     // create a defined group
 432     sg3.setContext(av.getAlignment(), true);
 433     av.setSelectionGroup(sg3);
 434     assertTrue(sg3.isDefined()); // unchanged
 435   }
 436   /**
 437    * Verify that setting/clearing SHOW_OCCUPANCY preference adds or omits occupancy row from viewport
 438    */
 439   @Test(groups = { "Functional" })
 440   public void testShowOrDontShowOccupancy()
 441   {
 442     // disable occupancy
 443     jalview.bin.Cache.setProperty("SHOW_OCCUPANCY", Boolean.FALSE.toString());
 444     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 445             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 446     AlignViewportI av = af.getViewport();
 447     Assert.assertNull(av.getAlignmentGapAnnotation(),
 448             "Preference did not disable occupancy row.");
 449     int c = 0;
 450     for (AlignmentAnnotation aa : av.getAlignment().findAnnotations(null,
 451             null, "Occupancy"))
 452     {
 453       c++;
 454     }
 455     Assert.assertEquals(c, 0, "Expected zero occupancy rows.");
 456
 457     // enable occupancy
 458     jalview.bin.Cache.setProperty("SHOW_OCCUPANCY", Boolean.TRUE.toString());
 459     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 460             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 461     av = af.getViewport();
 462     Assert.assertNotNull(av.getAlignmentGapAnnotation(),
 463             "Preference did not enable occupancy row.");
 464     c = 0;
 465     for (AlignmentAnnotation aa : av.getAlignment().findAnnotations(null,
 466             null, av.getAlignmentGapAnnotation().label))
 467     {
 468       c++;
 469     }
 470     ;
 471     Assert.assertEquals(c, 1, "Expected to find one occupancy row.");
 472   }
 473
 474   @Test(groups = { "Functional" })
 475   public void testGetConsensusSeq()
 476   {
 477     /*
 478      * A-C
 479      * A-C
 480      * A-D
 481      * --D
 482      * consensus expected to be A-C
 483      */
 484     String fasta = ">s1\nA-C\n>s2\nA-C\n>s3\nA-D\n>s4\n--D\n";
 485     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(fasta,
 486             DataSourceType.PASTE);
 487     AlignViewport testme = af.getViewport();
 488     waitForCalculations(testme);
 489     SequenceI cons = testme.getConsensusSeq();
 490     String s = cons.getSequenceAsString();
 491     System.out.println("s is " + s);
 492
 493     assertEquals("A-C", s);
 494   }
 495
 496   @Test(groups = { "Functional" })
 497   public void testHideRevealSequences()
 498   {
 499     ViewportRanges ranges = testee.getRanges();
 500     assertEquals(3, al.getHeight());
 501     assertEquals(0, ranges.getStartSeq());
 502     assertEquals(2, ranges.getEndSeq());
 503
 504     /*
 505      * hide first sequence
 506      */
 507     testee.hideSequence(new SequenceI[] { al.getSequenceAt(0) });
 508     assertEquals(2, al.getHeight());
 509     assertEquals(0, ranges.getStartSeq());
 510     assertEquals(1, ranges.getEndSeq());
 511
 512     /*
 513      * reveal hidden sequences above the first
 514      */
 515     testee.showSequence(0);
 516     assertEquals(3, al.getHeight());
 517     assertEquals(0, ranges.getStartSeq());
 518     assertEquals(2, ranges.getEndSeq());
 519
 520     /*
 521      * hide first and third sequences
 522      */
 523     testee.hideSequence(new SequenceI[] { al.getSequenceAt(0),
 524         al.getSequenceAt(2) });
 525     assertEquals(1, al.getHeight());
 526     assertEquals(0, ranges.getStartSeq());
 527     assertEquals(0, ranges.getEndSeq());
 528
 529     /*
 530      * reveal all hidden sequences
 531      */
 532     testee.showAllHiddenSeqs();
 533     assertEquals(3, al.getHeight());
 534     assertEquals(0, ranges.getStartSeq());
 535     assertEquals(2, ranges.getEndSeq());
 536   }
 537 }