test/jalview/gui/AlignViewportTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   5
   6 import jalview.datamodel.Alignment;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   9 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  10 import jalview.datamodel.Sequence;
  11 import jalview.datamodel.SequenceI;
  12
  13 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 public class AlignViewportTest
  17 {
  18
  19   AlignmentI al;
  20   AlignViewport testee;
  21
  22  @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  23   public void setUp()
  24   {
  25     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABC");
  26     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABC");
  27     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABC");
  28     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
  29     { seq1, seq2, seq3 };
  30     al = new Alignment(seqs);
  31     al.setDataset(null);
  32     testee = new AlignViewport(al);
  33   }
  34
  35   @Test(groups ={ "Functional" })
  36   public void testCollateForPdb()
  37   {
  38     /*
  39      * Set up sequence pdb ids
  40      */
  41     PDBEntry pdb1 = new PDBEntry("1ABC", "A", Type.PDB, "1ABC.pdb");
  42     PDBEntry pdb2 = new PDBEntry("2ABC", "A", Type.PDB, "2ABC.pdb");
  43     PDBEntry pdb3 = new PDBEntry("3ABC", "A", Type.PDB, "3ABC.pdb");
  44
  45     /*
  46      * seq1 and seq3 refer to 1ABC, seq2 to 2ABC, none to 3ABC
  47      */
  48     al.getSequenceAt(0).getDatasetSequence()
  49             .addPDBId(
  50             new PDBEntry("1ABC", "B", Type.PDB, "1ABC.pdb"));
  51     al.getSequenceAt(2).getDatasetSequence()
  52             .addPDBId(
  53             new PDBEntry("1ABC", "B", Type.PDB, "1ABC.pdb"));
  54     al.getSequenceAt(1).getDatasetSequence()
  55             .addPDBId(
  56             new PDBEntry("2ABC", "C", Type.PDB, "2ABC.pdb"));
  57     /*
  58      * Add a second chain PDB xref to Seq2 - should not result in a duplicate in
  59      * the results
  60      */
  61     al.getSequenceAt(1).getDatasetSequence()
  62             .addPDBId(new PDBEntry("2ABC", "D", Type.PDB, "2ABC.pdb"));
  63     /*
  64      * Seq3 refers to 3abc - this does not match 3ABC (as the code stands)
  65      */
  66     al.getSequenceAt(2).getDatasetSequence()
  67             .addPDBId(new PDBEntry("3abc", "D", Type.PDB, "3ABC.pdb"));
  68
  69     /*
  70      * run method under test
  71      */
  72     SequenceI[][] seqs = testee.collateForPDB(new PDBEntry[]
  73     { pdb1, pdb2, pdb3 });
  74
  75     // seq1 and seq3 refer to PDBEntry[0]
  76     assertEquals(2, seqs[0].length);
  77     assertSame(al.getSequenceAt(0), seqs[0][0]);
  78     assertSame(al.getSequenceAt(2), seqs[0][1]);
  79
  80     // seq2 refers to PDBEntry[1]
  81     assertEquals(1, seqs[1].length);
  82     assertSame(al.getSequenceAt(1), seqs[1][0]);
  83
  84     // no sequence refers to PDBEntry[2]
  85     assertEquals(0, seqs[2].length);
  86   }
  87 }