test/jalview/gui/AlignViewportTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
   7 import jalview.datamodel.Alignment;
   8 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   9 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  10 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  11 import jalview.datamodel.Sequence;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13
  14 public class AlignViewportTest
  15 {
  16
  17   AlignmentI al;
  18   AlignViewport testee;
  19
  20   @BeforeMethod
  21   public void setUp()
  22   {
  23     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABC");
  24     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABC");
  25     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABC");
  26     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
  27     { seq1, seq2, seq3 };
  28     al = new Alignment(seqs);
  29     al.setDataset(null);
  30     testee = new AlignViewport(al);
  31   }
  32
  33   @Test
  34   public void testCollateForPdb()
  35   {
  36     /*
  37      * Set up sequence pdb ids
  38      */
  39     PDBEntry pdb1 = new PDBEntry("1ABC", "A", Type.PDB, "1ABC.pdb");
  40     PDBEntry pdb2 = new PDBEntry("2ABC", "A", Type.PDB, "2ABC.pdb");
  41     PDBEntry pdb3 = new PDBEntry("3ABC", "A", Type.PDB, "3ABC.pdb");
  42
  43     /*
  44      * seq1 and seq3 refer to 1ABC, seq2 to 2ABC, none to 3ABC
  45      */
  46     al.getSequenceAt(0).getDatasetSequence()
  47             .addPDBId(
  48             new PDBEntry("1ABC", "B", Type.PDB, "1ABC.pdb"));
  49     al.getSequenceAt(2).getDatasetSequence()
  50             .addPDBId(
  51             new PDBEntry("1ABC", "B", Type.PDB, "1ABC.pdb"));
  52     al.getSequenceAt(1).getDatasetSequence()
  53             .addPDBId(
  54             new PDBEntry("2ABC", "C", Type.PDB, "2ABC.pdb"));
  55     /*
  56      * Add a second chain PDB xref to Seq2 - should not result in a duplicate in
  57      * the results
  58      */
  59     al.getSequenceAt(1).getDatasetSequence()
  60             .addPDBId(new PDBEntry("2ABC", "D", Type.PDB, "2ABC.pdb"));
  61     /*
  62      * Seq3 refers to 3abc - this does not match 3ABC (as the code stands)
  63      */
  64     al.getSequenceAt(2).getDatasetSequence()
  65             .addPDBId(new PDBEntry("3abc", "D", Type.PDB, "3ABC.pdb"));
  66
  67     /*
  68      * run method under test
  69      */
  70     SequenceI[][] seqs = testee.collateForPDB(new PDBEntry[]
  71     { pdb1, pdb2, pdb3 });
  72
  73     // seq1 and seq3 refer to PDBEntry[0]
  74     assertEquals(2, seqs[0].length);
  75     assertSame(al.getSequenceAt(0), seqs[0][0]);
  76     assertSame(al.getSequenceAt(2), seqs[0][1]);
  77
  78     // seq2 refers to PDBEntry[1]
  79     assertEquals(1, seqs[1].length);
  80     assertSame(al.getSequenceAt(1), seqs[1][0]);
  81
  82     // no sequence refers to PDBEntry[2]
  83     assertEquals(0, seqs[2].length);
  84   }
  85 }