test/jalview/gui/AlignmentPanelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertNotEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26
  27 import java.awt.Dimension;
  28 import java.awt.Font;
  29 import java.awt.FontMetrics;
  30 import java.lang.reflect.InvocationTargetException;
  31
  32 import javax.swing.SwingUtilities;
  33
  34 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 import jalview.api.AlignViewportI;
  38 import jalview.bin.Cache;
  39 import jalview.bin.Jalview;
  40 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  41 import jalview.datamodel.SequenceI;
  42 import jalview.io.DataSourceType;
  43 import jalview.io.FileLoader;
  44 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  45
  46 public class AlignmentPanelTest
  47 {
  48   AlignFrame af;
  49
  50   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  51   public void setUp() throws InvocationTargetException, InterruptedException
  52   {
  53     Jalview.main(
  54             new String[]
  55             { "-nonews", "-props", "test/jalview/testProps.jvprops" });
  56
  57     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
  58             Boolean.TRUE.toString());
  59     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
  60             DataSourceType.FILE);
  61
  62     /*
  63      * ensure the panel has been repainted and so ViewportRanges set
  64      */
  65     SwingUtilities.invokeAndWait(new Runnable()
  66     {
  67       @Override
  68       public void run()
  69       {
  70         af.repaint();
  71       }
  72     });
  73
  74     /*
  75      * wait for Consensus thread to complete
  76      */
  77     do
  78     {
  79       try
  80       {
  81         Thread.sleep(50);
  82       } catch (InterruptedException x)
  83       {
  84       }
  85     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
  86   }
  87
  88   /**
  89    * Test side effect that end residue is set correctly by setScrollValues, with
  90    * or without hidden columns
  91    */
  92   @Test(groups = "Functional")
  93   public void testSetScrollValues()
  94   {
  95     ViewportRanges ranges = af.getViewport().getRanges();
  96     af.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
  97
  98     int oldres = ranges.getEndRes();
  99     af.alignPanel.setScrollValues(-1, 5);
 100
 101     // setting -ve x value does not change residue
 102     assertEquals(ranges.getEndRes(), oldres);
 103
 104     af.alignPanel.setScrollValues(0, 5);
 105
 106     // setting 0 as x value does not change residue
 107     assertEquals(ranges.getEndRes(), oldres);
 108
 109     af.alignPanel.setScrollValues(5, 5);
 110     // setting x value to 5 extends endRes by 5 residues
 111     assertEquals(ranges.getEndRes(), oldres + 5);
 112
 113     // scroll to position after hidden columns sets endres to oldres (width) +
 114     // position
 115     int scrollpos = 60;
 116     af.getViewport().hideColumns(30, 50);
 117     af.alignPanel.setScrollValues(scrollpos, 5);
 118     assertEquals(ranges.getEndRes(), oldres + scrollpos);
 119
 120     // scroll to position within hidden columns, still sets endres to oldres +
 121     // position
 122     // not sure if this is actually correct behaviour but this is what Jalview
 123     // currently does
 124     scrollpos = 40;
 125     af.getViewport().showAllHiddenColumns();
 126     af.getViewport().hideColumns(30, 50);
 127     af.alignPanel.setScrollValues(scrollpos, 5);
 128     assertEquals(ranges.getEndRes(), oldres + scrollpos);
 129
 130     // scroll to position within <width> distance of the end of the alignment
 131     // endRes should be set to width of alignment - 1
 132     scrollpos = 130;
 133     af.getViewport().showAllHiddenColumns();
 134     af.alignPanel.setScrollValues(scrollpos, 5);
 135     assertEquals(ranges.getEndRes(),
 136             af.getViewport().getAlignment().getWidth() - 1);
 137
 138     // now hide some columns, and scroll to position within <width>
 139     // distance of the end of the alignment
 140     // endRes should be set to width of alignment - 1 - the number of hidden
 141     // columns
 142     af.getViewport().hideColumns(30, 50);
 143     af.alignPanel.setScrollValues(scrollpos, 5);
 144     assertEquals(ranges.getEndRes(),
 145             af.getViewport().getAlignment().getWidth() - 1 - 21); // 21 is the
 146                                                                   // number of
 147                                                                   // hidden
 148                                                                   // columns
 149   }
 150
 151   /**
 152    * Test that update layout reverts to original (unwrapped) values for endRes
 153    * when switching from wrapped back to unwrapped mode (JAL-2739)
 154    */
 155   @Test(groups = "Functional")
 156   public void testUpdateLayout_endRes()
 157   {
 158     // get details of original alignment dimensions
 159     ViewportRanges ranges = af.getViewport().getRanges();
 160     int endres = ranges.getEndRes();
 161
 162     // wrap
 163     af.alignPanel.getAlignViewport().setWrapAlignment(true);
 164     af.alignPanel.updateLayout();
 165
 166     // endRes has changed
 167     assertNotEquals(ranges.getEndRes(), endres);
 168
 169     // unwrap
 170     af.alignPanel.getAlignViewport().setWrapAlignment(false);
 171     af.alignPanel.updateLayout();
 172
 173     // endRes back to original value
 174     assertEquals(ranges.getEndRes(), endres);
 175   }
 176
 177   /**
 178    * Test the variant of calculateIdWidth that only recomputes the width if it
 179    * is not already saved in the viewport (initial value is -1)
 180    */
 181   @Test(groups = "Functional")
 182   public void testCalculateIdWidth_noArgs()
 183   {
 184     AlignViewportI av = af.alignPanel.getAlignViewport();
 185     av.setShowJVSuffix(true);
 186     av.setFont(new Font("Courier", Font.PLAIN, 15), true);
 187
 188     av.setIdWidth(0);
 189     Dimension d = af.alignPanel.calculateIdWidth();
 190     assertEquals(d.width, 0);
 191     assertEquals(d.height, 0);
 192
 193     av.setIdWidth(99);
 194     d = af.alignPanel.calculateIdWidth();
 195     assertEquals(d.width, 99);
 196     assertEquals(d.height, 0);
 197
 198     /*
 199      * note 4 pixels padding are added to the longest sequence name width
 200      */
 201     av.setIdWidth(-1); // force recalculation
 202     d = af.alignPanel.calculateIdWidth();
 203     assertEquals(d.width, 166); // 4 + pixel width of "Q93Z60_ARATH/1-118"
 204     assertEquals(d.height, 12);
 205     assertEquals(d.width, av.getIdWidth());
 206   }
 207
 208   /**
 209    * Test the variant of calculateIdWidth that computes the longest of any
 210    * sequence name or annotation label width
 211    */
 212   @Test(groups = "Functional")
 213   public void testCalculateIdWidth_withMaxWidth()
 214   {
 215     AlignViewportI av = af.alignPanel.getAlignViewport();
 216     av.setShowJVSuffix(true);
 217     av.setFont(new Font("Courier", Font.PLAIN, 15), true);
 218     av.setShowAnnotation(false);
 219     av.setIdWidth(18);
 220
 221     /*
 222      * note 4 pixels 'padding' are added to the longest seq name/annotation label
 223      */
 224     Dimension d = af.alignPanel.calculateIdWidth(2000);
 225     assertEquals(d.width, 166); // 4 + pixel width of "Q93Z60_ARATH/1-118"
 226     assertEquals(d.height, 12); // fixed value (not used?)
 227     assertEquals(av.getIdWidth(), 18); // not changed by this method
 228
 229     /*
 230      * make the longest sequence name longer
 231      */
 232     SequenceI seq = af.viewport.getAlignment()
 233             .findSequenceMatch("Q93Z60_ARATH")[0];
 234     seq.setName(seq.getName() + "MMMMM");
 235     d = af.alignPanel.calculateIdWidth(2000);
 236     assertEquals(d.width, 211); // 4 + pixel width of "Q93Z60_ARATHMMMMM/1-118"
 237     assertEquals(d.height, 12);
 238     assertEquals(av.getIdWidth(), 18); // unchanged
 239
 240     /*
 241      * make the longest annotation name even longer
 242      * note this is checked even if annotations are not shown
 243      */
 244     AlignmentAnnotation aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[0];
 245     aa.label = "THIS IS A VERY LONG LABEL INDEED";
 246     FontMetrics fmfor = af.alignPanel
 247             .getFontMetrics(af.alignPanel.getAlabels().getFont());
 248     // Assumption ID_WIDTH_PADDING == 4
 249     int expwidth = 4 + fmfor.stringWidth(aa.label);
 250     d = af.alignPanel.calculateIdWidth(2000);
 251     assertEquals(d.width, expwidth); // 228 == ID_WIDTH_PADDING + pixel width of
 252                                      // "THIS IS A VERY LONG LABEL INDEED"
 253     assertEquals(d.height, 12);
 254
 255     /*
 256      * override with maxwidth
 257      * note the 4 pixels padding is added to this value
 258      */
 259     d = af.alignPanel.calculateIdWidth(213);
 260     assertEquals(d.width, 217);
 261     assertEquals(d.height, 12);
 262   }
 263
 264   @Test(groups = { "Functional", "Not-bamboo" })
 265   public void testGetVisibleWidth()
 266   {
 267     /*
 268      * width for onscreen rendering is IDPanel width
 269      */
 270     int w = af.alignPanel.getVisibleIdWidth(true);
 271     assertEquals(w, af.alignPanel.getIdPanel().getWidth());
 272     assertEquals(w, 115);
 273
 274     /*
 275      * width for offscreen rendering is the same
 276      * if no fixed id width is specified in preferences
 277      */
 278     Cache.setProperty("FIGURE_AUTOIDWIDTH", Boolean.FALSE.toString());
 279     Cache.removeProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH");
 280     assertEquals(w, af.alignPanel.getVisibleIdWidth(false));
 281
 282     /*
 283      * preference for fixed id width - note 4 pixels padding is added
 284      */
 285     Cache.setProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH", "120");
 286     assertEquals(124, af.alignPanel.getVisibleIdWidth(false));
 287
 288     /*
 289      * preference for auto id width overrides fixed width
 290      */
 291     Cache.setProperty("FIGURE_AUTOIDWIDTH", Boolean.TRUE.toString());
 292     assertEquals(115, af.alignPanel.getVisibleIdWidth(false));
 293   }
 294
 295   @Test(groups = "Functional")
 296   public void testSetOverviewTitle()
 297   {
 298     OverviewPanel ov1 = this.af.openOverviewPanel(true);
 299     String alignFrameTitle = af.getTitle();
 300     assertEquals(ov1.getTitle(), "Overview " + alignFrameTitle);
 301
 302     /*
 303      * on New View, existing overview should get " Original" added to title
 304      * and new view's overview should get " View 1" added
 305      */
 306     af.newView_actionPerformed(null);
 307     assertEquals(ov1.getTitle(),
 308             "Overview " + alignFrameTitle + " Original");
 309     OverviewPanel ov2 = this.af.openOverviewPanel(true);
 310     assertEquals(ov2.getTitle(), "Overview " + alignFrameTitle + " View 1");
 311   }
 312
 313   @Test(groups = "Functional")
 314   public void testSetOverviewTitle_automaticOverview()
 315   {
 316     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "true");
 317     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 318             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 319     OverviewPanel ov1 = alignFrame.alignPanel.getOverviewPanel();
 320     assertNotNull(ov1);
 321     String alignFrameTitle = alignFrame.getTitle();
 322     assertEquals(ov1.getTitle(), "Overview " + alignFrameTitle);
 323
 324     /*
 325      * on New View, existing overview should get " Original" added to title
 326      * and new view's automatic overview should have " View 1" added
 327      */
 328     alignFrame.newView_actionPerformed(null);
 329     assertEquals(ov1.getTitle(),
 330             "Overview " + alignFrameTitle + " Original");
 331     OverviewPanel ov2 = alignFrame.alignPanel.getOverviewPanel();
 332     assertNotNull(ov2);
 333     assertEquals(ov2.getTitle(), "Overview " + alignFrameTitle + " View 1");
 334   }
 335 }