test/jalview/gui/AnnotationColumnChooserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  25
  26 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.Annotation;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.io.DataSourceType;
  34 import jalview.io.FileFormat;
  35 import jalview.io.FormatAdapter;
  36
  37 import java.io.IOException;
  38 import java.util.Iterator;
  39
  40 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  41 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  42 import org.testng.annotations.Test;
  43
  44 /**
  45  * Unit tests for AnnotationChooser
  46  *
  47  * @author kmourao
  48  *
  49  */
  50 public class AnnotationColumnChooserTest
  51 {
  52   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  53   public void setUpJvOptionPane()
  54   {
  55     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  56     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  57   }
  58
  59   // 4 sequences x 13 positions
  60   final static String TEST_DATA = ">FER_CAPAA Ferredoxin\n"
  61           + "TIETHKEAELVG-\n"
  62           + ">FER_CAPAN Ferredoxin, chloroplast precursor\n"
  63           + "TIETHKEAELVG-\n"
  64           + ">FER1_SOLLC Ferredoxin-1, chloroplast precursor\n"
  65           + "TIETHKEEELTA-\n" + ">Q93XJ9_SOLTU Ferredoxin I precursor\n"
  66           + "TIETHKEEELTA-\n";
  67
  68   AnnotationChooser testee;
  69
  70   AlignmentPanel parentPanel;
  71
  72   AlignFrame af;
  73
  74   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  75   public void setUp() throws IOException
  76   {
  77     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  78     // pin down annotation sort order for test
  79     Cache.applicationProperties.setProperty(Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
  80             SequenceAnnotationOrder.NONE.name());
  81     final String TRUE = Boolean.TRUE.toString();
  82     Cache.applicationProperties.setProperty(Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE,
  83             TRUE);
  84     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_QUALITY", TRUE);
  85     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION", TRUE);
  86     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY", TRUE);
  87
  88     AlignmentI al = new FormatAdapter().readFile(TEST_DATA,
  89             DataSourceType.PASTE, FileFormat.Fasta);
  90     af = new AlignFrame(al, 700, 500);
  91     parentPanel = new AlignmentPanel(af, af.getViewport());
  92     addAnnotations();
  93   }
  94
  95   /**
  96    * Add 4 annotations, 3 of them sequence-specific.
  97    *
  98    * <PRE>
  99    * ann1 - for sequence 0 - label 'IUPRED' ann2 - not sequence related - label
 100    * 'Beauty' ann3 - for sequence 3 - label 'JMol' ann4 - for sequence 2 - label
 101    * 'IUPRED' ann5 - for sequence 1 - label 'JMol'
 102    */
 103   private void addAnnotations()
 104   {
 105     Annotation an = new Annotation(2f);
 106     Annotation[] anns = new Annotation[] { an, an, an };
 107     AlignmentAnnotation ann0 = new AlignmentAnnotation("IUPRED", "", anns);
 108     AlignmentAnnotation ann1 = new AlignmentAnnotation("Beauty", "", anns);
 109     AlignmentAnnotation ann2 = new AlignmentAnnotation("JMol", "", anns);
 110     AlignmentAnnotation ann3 = new AlignmentAnnotation("IUPRED", "", anns);
 111     AlignmentAnnotation ann4 = new AlignmentAnnotation("JMol", "", anns);
 112     SequenceI[] seqs = parentPanel.getAlignment().getSequencesArray();
 113     ann0.setSequenceRef(seqs[0]);
 114     ann2.setSequenceRef(seqs[3]);
 115     ann3.setSequenceRef(seqs[2]);
 116     ann4.setSequenceRef(seqs[1]);
 117     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(ann0);
 118     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(ann1);
 119     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(ann2);
 120     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(ann3);
 121     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(ann4);
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Test reset
 126    */
 127   @Test(groups = { "Functional" })
 128   public void testReset()
 129   {
 130     AnnotationColumnChooser acc = new AnnotationColumnChooser(
 131             af.getViewport(), af.alignPanel);
 132
 133     HiddenColumns oldhidden = new HiddenColumns();
 134     oldhidden.hideColumns(10, 20);
 135     acc.setOldHiddenColumns(oldhidden);
 136
 137     HiddenColumns newHidden = new HiddenColumns();
 138     newHidden.hideColumns(0, 3);
 139     newHidden.hideColumns(22, 25);
 140     af.getViewport().setHiddenColumns(newHidden);
 141
 142     HiddenColumns currentHidden = af.getViewport().getAlignment()
 143             .getHiddenColumns();
 144     Iterator<int[]> regions = currentHidden.iterator();
 145     int[] next = regions.next();
 146     assertEquals(0, next[0]);
 147     assertEquals(3, next[1]);
 148     next = regions.next();
 149     assertEquals(22, next[0]);
 150     assertEquals(25, next[1]);
 151
 152     // now reset hidden columns
 153     acc.reset();
 154     currentHidden = af.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 155     regions = currentHidden.iterator();
 156     next = regions.next();
 157     assertEquals(10, next[0]);
 158     assertEquals(20, next[1]);
 159
 160     // check works with empty hidden columns as old columns
 161     oldhidden = new HiddenColumns();
 162     acc.setOldHiddenColumns(oldhidden);
 163     acc.reset();
 164     currentHidden = af.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 165     assertFalse(currentHidden.hasHiddenColumns());
 166
 167     // check works with empty hidden columns as new columns
 168     oldhidden.hideColumns(10, 20);
 169     acc.setOldHiddenColumns(oldhidden);
 170     currentHidden = af.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 171     assertFalse(currentHidden.hasHiddenColumns());
 172
 173     acc.reset();
 174     currentHidden = af.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 175     regions = currentHidden.iterator();
 176     next = regions.next();
 177     assertEquals(10, next[0]);
 178     assertEquals(20, next[1]);
 179   }
 180 }