test/jalview/gui/AnnotationLabelsTest2.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  26
  27 import java.io.File;
  28
  29 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  31 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  32 import org.testng.annotations.DataProvider;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 import jalview.bin.Cache;
  36 import jalview.bin.Jalview;
  37 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  40 import jalview.io.DataSourceType;
  41 import jalview.io.FileLoader;
  42 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  43
  44 public class AnnotationLabelsTest2
  45 {
  46   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  47   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  48   {
  49     if (Desktop.instance != null)
  50       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  51
  52     setUpJvOptionPane();
  53     /*
  54      * use read-only test properties file
  55      */
  56     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  57     Jalview.main(new String[] { "--nonews", "--nosplash", });
  58   }
  59
  60   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  61   public void tearDown()
  62   {
  63     if (Desktop.instance != null)
  64       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  65   }
  66
  67   /**
  68    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
  69    * for colour Above PID testing
  70    */
  71   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  72   public void setUp()
  73   {
  74     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  75     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
  76             Boolean.TRUE.toString());
  77
  78   }
  79
  80   public static void setUpJvOptionPane()
  81   {
  82     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  83     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  84   }
  85
  86   @Test(
  87     groups =
  88     { "Functional", "testTask1" },
  89     dataProvider = "openFilesWithIdWidthChanges")
  90   public void testIdWidthChanges(String alignmentFilename, int idWidth1min,
  91           int idWidth1max, int manualWidth, String structureFilename,
  92           String paeFilename, boolean secondaryStructureView,
  93           TFType temperatureFactorType, ViewerType viewerType,
  94           int idWidth2min, int idWidth2max)
  95   {
  96     AlignFrame af = new FileLoader()
  97             .LoadFileWaitTillLoaded(alignmentFilename, DataSourceType.FILE);
  98     try
  99     {
 100       Thread.sleep(200); // to allow alignment annotations to open
 101     } catch (InterruptedException e)
 102     {
 103       // TODO Auto-generated catch block
 104       e.printStackTrace();
 105     }
 106     AlignViewport av = af.getCurrentView();
 107
 108     int idWidth = 0;
 109
 110     idWidth = av.getIdWidth();
 111     assertTrue(idWidth > idWidth1min,
 112             "idWidth (" + idWidth + ") is not greater than " + idWidth1min);
 113     assertTrue(idWidth < idWidth1max, "idWidth (" + idWidth
 114             + ") is not less wide than" + idWidth1max);
 115
 116     AlignmentI al = av.getAlignment();
 117     SequenceI s = al.getSequenceAt(0);
 118     AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 119
 120     File structureFile = new File(structureFilename);
 121     File paeFile = new File(paeFilename);
 122
 123     StructureViewer sv = StructureChooser.openStructureFileForSequence(null,
 124             null, ap, s, false, structureFile.getAbsolutePath(),
 125             temperatureFactorType, paeFile.getAbsolutePath(), true,
 126             secondaryStructureView, false, viewerType);
 127     // give time for annotations to open
 128     try
 129     {
 130       Thread.sleep(200); // to allow alignment annotations to open
 131     } catch (InterruptedException e)
 132     {
 133       // TODO Auto-generated catch block
 134       e.printStackTrace();
 135     }
 136
 137     idWidth = av.getIdWidth();
 138     assertTrue(idWidth > idWidth2min,
 139             "idWidth (" + idWidth + ") is not greater than " + idWidth2min);
 140     assertTrue(idWidth < idWidth2max, "idWidth (" + idWidth
 141             + ") is not less wide than" + idWidth2max);
 142   }
 143
 144   @Test(
 145     groups =
 146     { "Functional", "testTask1" },
 147     dataProvider = "openFilesWithIdWidthChanges")
 148   public void testIdWidthNoChanges(String alignmentFilename,
 149           int idWidth1min, int idWidth1max, int manualWidth,
 150           String structureFilename, String paeFilename,
 151           boolean secondaryStructureView, TFType temperatureFactorType,
 152           ViewerType viewerType, int idWidth2min, int idWidth2max)
 153   {
 154     AlignFrame af = new FileLoader()
 155             .LoadFileWaitTillLoaded(alignmentFilename, DataSourceType.FILE);
 156     try
 157     {
 158       Thread.sleep(200); // to allow alignment annotations to open
 159     } catch (InterruptedException e)
 160     {
 161       // TODO Auto-generated catch block
 162       e.printStackTrace();
 163     }
 164     AlignViewport av = af.getCurrentView();
 165
 166     int idWidth = 0;
 167
 168     idWidth = av.getIdWidth();
 169     assertTrue(idWidth > idWidth1min,
 170             "idWidth (" + idWidth + ") is not greater than " + idWidth1min);
 171     assertTrue(idWidth < idWidth1max, "idWidth (" + idWidth
 172             + ") is not less wide than" + idWidth1max);
 173
 174     AlignmentI al = av.getAlignment();
 175     SequenceI s = al.getSequenceAt(0);
 176     AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 177
 178     // set width manually
 179     av.setIdWidth(manualWidth);
 180     ap.validateAnnotationDimensions(false);
 181     ap.paintAlignment(true, false);
 182     ap.getIdPanel().getIdCanvas().setManuallyAdjusted(true);
 183
 184     idWidth = av.getIdWidth();
 185     assertEquals(idWidth, manualWidth,
 186             "idWidth is not set to the manually set width " + manualWidth);
 187
 188     File structureFile = new File(structureFilename);
 189     File paeFile = new File(paeFilename);
 190
 191     StructureViewer sv = StructureChooser.openStructureFileForSequence(null,
 192             null, ap, s, false, structureFile.getAbsolutePath(),
 193             temperatureFactorType, paeFile.getAbsolutePath(), false,
 194             secondaryStructureView, false, viewerType);
 195
 196     idWidth = ap.getIdPanel().getWidth();// av.getIdWidth();
 197     idWidth = av.getIdWidth();
 198     assertEquals(idWidth, manualWidth,
 199             "idWidth is not set to the manually set width " + manualWidth
 200                     + " after adding structure annotations");
 201     assertFalse(idWidth > idWidth2min,
 202             "idWidth (" + idWidth + ") is greater than " + idWidth2min);
 203   }
 204
 205   @DataProvider(name = "openFilesWithIdWidthChanges")
 206   public Object[][] openFilesWithIdWidthChanges()
 207   {
 208     /*
 209       String alignmentFilename,
 210       int idWidth1min,
 211       int idWidth1max,
 212       int manualWidth, // ignored by testIdWidthChanges()
 213       String structureFilename,
 214       String paeFilename,
 215       boolean secondaryStructureView,
 216       TFType temperatureFactorType,
 217       ViewerType viewerType,
 218       int idWidth2min,
 219       int idWidth2max,
 220      */
 221     return new Object[][] {
 222         //
 223         /*
 224          */
 225         {
 226             //
 227             "./test/files/annotation_label_width/sample.a2m", 50, 70, 100,
 228             "./examples/test_fab41.result/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3.pdb",
 229             "./examples/test_fab41.result/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3_scores.json",
 230             true, TFType.PLDDT, null, 115, 130
 231         //
 232         },
 233         /*
 234          */
 235     };
 236   }
 237
 238 }