test/jalview/gui/AppVarnaTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  26
  27 import org.testng.annotations.Test;
  28
  29 public class AppVarnaTest
  30 {
  31   @Test
  32   public void testReplaceOddGaps()
  33   {
  34     String struct = "{(<]}>)";
  35     String replaced = AppVarna.replaceOddGaps(struct);
  36     assertEquals(struct, replaced);
  37     assertSame(struct, replaced);
  38     assertEquals("..{.([.<.].}.>)",
  39             AppVarna.replaceOddGaps("..{ ([*<-]?} >)"));
  40     assertEquals("....", AppVarna.replaceOddGaps("cgta"));
  41     assertEquals("", AppVarna.replaceOddGaps(""));
  42     assertNull(AppVarna.replaceOddGaps(null));
  43   }
  44 }