test/jalview/gui/PairwiseAlignmentPanelTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
   7 import jalview.io.DataSourceType;
   8 import jalview.io.FileLoader;
   9
  10 import javax.swing.JTextArea;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 import junit.extensions.PA;
  15
  16 public class PairwiseAlignmentPanelTest
  17 {
  18   private static final String NL = System.lineSeparator();
  19
  20   @Test(groups = "Functional")
  21   public void testConstructor_withSelectionGroup()
  22   {
  23     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  24             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
  25     AlignViewport viewport = af.getViewport();
  26     AlignmentI al = viewport.getAlignment();
  27
  28     /*
  29      * select columns 29-36 of sequences 4 and 5 for alignment
  30      * Q93XJ9_SOLTU/23-29 L-KAISNV
  31      * FER1_PEA/26-32     V-TTTKAF
  32      */
  33     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  34     sg.addSequence(al.getSequenceAt(3), false);
  35     sg.addSequence(al.getSequenceAt(4), false);
  36     sg.setStartRes(28);
  37     sg.setEndRes(35);
  38     viewport.setSelectionGroup(sg);
  39
  40     PairwiseAlignPanel testee = new PairwiseAlignPanel(viewport);
  41
  42     String text = ((JTextArea) PA.getValue(testee, "textarea")).getText()
  43     ;// .replaceAll("\r", "");
  44     String expected = "Score = 80.0" + NL + "Length of alignment = 4" + NL
  45             + "Sequence     FER1_PEA/29-32 (Sequence length = 7)" + NL
  46             + "Sequence Q93XJ9_SOLTU/23-26 (Sequence length = 7)" + NL + NL
  47             + "    FER1_PEA/29-32 TKAF" + NL + "                    ||."
  48             + NL + "Q93XJ9_SOLTU/23-26 LKAI" + NL + NL
  49             + "Percentage ID = 50.00" + NL + NL;
  50     assertEquals(text, expected);
  51   }
  52
  53   /**
  54    * This test aligns the same sequences as testConstructor_withSelectionGroup
  55    * but as a complete alignment (no selection). Note that in fact the user is
  56    * currently required to make a selection in order to calculate pairwise
  57    * alignments, so this case does not arise.
  58    */
  59   @Test(groups = "Functional")
  60   public void testConstructor_noSelectionGroup()
  61   {
  62     String seqs = ">Q93XJ9_SOLTU/23-29\nL-KAISNV\n>FER1_PEA/26-32\nV-TTTKAF\n";
  63     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqs,
  64             DataSourceType.PASTE);
  65     AlignViewport viewport = af.getViewport();
  66
  67     PairwiseAlignPanel testee = new PairwiseAlignPanel(viewport);
  68
  69     String text = ((JTextArea) PA.getValue(testee, "textarea")).getText()
  70     ;// .replaceAll("\r", "");
  71     String expected = "Score = 80.0" + NL + "Length of alignment = 4" + NL
  72             + "Sequence     FER1_PEA/29-32 (Sequence length = 7)" + NL
  73             + "Sequence Q93XJ9_SOLTU/23-26 (Sequence length = 7)" + NL + NL
  74             + "    FER1_PEA/29-32 TKAF" + NL + "                    ||."
  75             + NL + "Q93XJ9_SOLTU/23-26 LKAI" + NL + NL
  76             + "Percentage ID = 50.00" + NL + NL;
  77     assertEquals(text, expected);
  78   }
  79 }