test/jalview/gui/PopupMenuTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static jalview.util.UrlConstants.DB_ACCESSION;
  24 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.Annotation;
  33 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  36 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  37 import jalview.datamodel.Sequence;
  38 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.io.DataSourceType;
  42 import jalview.io.FileFormat;
  43 import jalview.io.FormatAdapter;
  44 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  45 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  46 import jalview.util.MessageManager;
  47 import jalview.util.UrlConstants;
  48
  49 import java.awt.Component;
  50 import java.io.IOException;
  51 import java.util.ArrayList;
  52 import java.util.Collections;
  53 import java.util.Iterator;
  54 import java.util.List;
  55
  56 import javax.swing.JMenu;
  57 import javax.swing.JMenuItem;
  58 import javax.swing.JPopupMenu;
  59 import javax.swing.JSeparator;
  60
  61 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  62 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  63 import org.testng.annotations.Test;
  64
  65 public class PopupMenuTest
  66 {
  67
  68   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  69   public void setUpJvOptionPane()
  70   {
  71     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  72     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  73   }
  74
  75   // 4 sequences x 13 positions
  76   final static String TEST_DATA = ">FER_CAPAA Ferredoxin\n"
  77           + "TIETHKEAELVG-\n"
  78           + ">FER_CAPAN Ferredoxin, chloroplast precursor\n"
  79           + "TIETHKEAELVG-\n"
  80           + ">FER1_SOLLC Ferredoxin-1, chloroplast precursor\n"
  81           + "TIETHKEEELTA-\n" + ">Q93XJ9_SOLTU Ferredoxin I precursor\n"
  82           + "TIETHKEEELTA-\n";
  83
  84   AlignmentI alignment;
  85
  86   AlignmentPanel parentPanel;
  87
  88   PopupMenu testee = null;
  89
  90   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  91   public void setUp() throws IOException
  92   {
  93     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  94     String inMenuString = ("EMBL-EBI Search | http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$"
  95             + SEQUENCE_ID
  96             + "$"
  97             + "|"
  98             + "UNIPROT | http://www.uniprot.org/uniprot/$" + DB_ACCESSION + "$")
  99             + "|"
 100             + ("INTERPRO | http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/$"
 101                     + DB_ACCESSION + "$")
 102             + "|"
 103             +
 104             // Gene3D entry tests for case (in)sensitivity
 105             ("Gene3D | http://gene3d.biochem.ucl.ac.uk/Gene3D/search?sterm=$"
 106                     + DB_ACCESSION + "$&mode=protein");
 107
 108     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(
 109             UrlConstants.DEFAULT_LABEL, inMenuString, "");
 110     Preferences.sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 111
 112     alignment = new FormatAdapter().readFile(TEST_DATA,
 113             DataSourceType.PASTE, FileFormat.Fasta);
 114     AlignFrame af = new AlignFrame(alignment, 700, 500);
 115     parentPanel = new AlignmentPanel(af, af.getViewport());
 116     testee = new PopupMenu(parentPanel, null, null);
 117     int i = 0;
 118     for (SequenceI seq : alignment.getSequences())
 119     {
 120       final AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 121               "label" + i, "desc" + i, i);
 122       annotation.setCalcId("calcId" + i);
 123       seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 124       annotation.setSequenceRef(seq);
 125     }
 126   }
 127
 128   @Test(groups = { "Functional" })
 129   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_noSequenceSelected()
 130   {
 131     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 132     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 133     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 134     assertFalse(menu.isEnabled());
 135     // now try null list
 136     menu.setEnabled(true);
 137     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, null);
 138     assertFalse(menu.isEnabled());
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where there
 143    * are no reference annotations to add to the alignment. The menu item should
 144    * be disabled.
 145    */
 146   @Test(groups = { "Functional" })
 147   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_noReferenceAnnotations()
 148   {
 149     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 150
 151     /*
 152      * Initial state is that sequences have annotations, and have dataset
 153      * sequences, but the dataset sequences have no annotations. Hence nothing
 154      * to add.
 155      */
 156     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 157
 158     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 159     assertFalse(menu.isEnabled());
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where all
 164    * reference annotations are already on the alignment. The menu item should be
 165    * disabled.
 166    */
 167   @Test(groups = { "Functional" })
 168   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_alreadyAdded()
 169   {
 170     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 171     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 172
 173     // make up new annotations and add to dataset sequences, sequences and
 174     // alignment
 175     attachReferenceAnnotations(seqs, true, true);
 176
 177     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 178     assertFalse(menu.isEnabled());
 179   }
 180
 181   /**
 182    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where
 183    * several reference annotations are on the dataset but not on the sequences.
 184    * The menu item should be enabled, and acquire a tooltip which lists the
 185    * annotation sources (calcIds) and type (labels).
 186    */
 187   @Test(groups = { "Functional" })
 188   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu()
 189   {
 190     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 191     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 192
 193     // make up new annotations and add to dataset sequences
 194     attachReferenceAnnotations(seqs, false, false);
 195
 196     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 197     assertTrue(menu.isEnabled());
 198     String s = MessageManager.getString("label.add_annotations_for");
 199     String expected = "<html><style> p.ttip {width: 350; text-align: justify; word-wrap: break-word;}</style><p class=\"ttip\">"
 200             + s + "<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp</p></html>";
 201     assertEquals(expected, menu.getToolTipText());
 202   }
 203
 204   /**
 205    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where
 206    * several reference annotations are on the dataset and the sequences but not
 207    * on the alignment. The menu item should be enabled, and acquire a tooltip
 208    * which lists the annotation sources (calcIds) and type (labels).
 209    */
 210   @Test(groups = { "Functional" })
 211   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_notOnAlignment()
 212   {
 213     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 214     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 215
 216     // make up new annotations and add to dataset sequences and sequences
 217     attachReferenceAnnotations(seqs, true, false);
 218
 219     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 220     assertTrue(menu.isEnabled());
 221     String s = MessageManager.getString("label.add_annotations_for");
 222     String expected = "<html><style> p.ttip {width: 350; text-align: justify; word-wrap: break-word;}</style><p class=\"ttip\">"
 223             + s + "<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp</p></html>";
 224     assertEquals(expected, menu.getToolTipText());
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Generate annotations and add to dataset sequences and (optionally)
 229    * sequences and/or alignment
 230    *
 231    * @param seqs
 232    * @param addToSequence
 233    * @param addToAlignment
 234    */
 235   private void attachReferenceAnnotations(List<SequenceI> seqs,
 236           boolean addToSequence, boolean addToAlignment)
 237   {
 238     // PDB.secondary structure on Sequence0
 239     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 240             "secondary structure", "", 0);
 241     annotation.setCalcId("PDB");
 242     seqs.get(0).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 243     if (addToSequence)
 244     {
 245       seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 246     }
 247     if (addToAlignment)
 248     {
 249       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 250     }
 251
 252     // PDB.Temp on Sequence1
 253     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", 0);
 254     annotation.setCalcId("PDB");
 255     seqs.get(1).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 256     if (addToSequence)
 257     {
 258       seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 259     }
 260     if (addToAlignment)
 261     {
 262       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 263     }
 264
 265     // JMOL.secondary structure on Sequence0
 266     annotation = new AlignmentAnnotation("secondary structure", "", 0);
 267     annotation.setCalcId("Jmol");
 268     seqs.get(0).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 269     if (addToSequence)
 270     {
 271       seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 272     }
 273     if (addToAlignment)
 274     {
 275       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 276     }
 277   }
 278
 279   /**
 280    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where there
 281    * are two alignment views:
 282    * <ul>
 283    * <li>in one view, reference annotations have been added (are on the
 284    * datasets, sequences and alignment)</li>
 285    * <li>in the current view, reference annotations are on the dataset and
 286    * sequence, but not the alignment</li>
 287    * </ul>
 288    * The menu item should be enabled, and acquire a tooltip which lists the
 289    * annotation sources (calcIds) and type (labels).
 290    */
 291   @Test(groups = { "Functional" })
 292   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_twoViews()
 293   {
 294   }
 295
 296   /**
 297    * Test for building menu options including 'show' and 'hide' annotation
 298    * types.
 299    */
 300   @Test(groups = { "Functional" })
 301   public void testBuildAnnotationTypesMenus()
 302   {
 303     JMenu showMenu = new JMenu();
 304     JMenu hideMenu = new JMenu();
 305     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 306
 307     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 308
 309     // PDB.secondary structure on Sequence0
 310     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 311             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 312     annotation.setCalcId("PDB");
 313     annotation.visible = true;
 314     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 315     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 316
 317     // JMOL.secondary structure on Sequence0 - hidden
 318     annotation = new AlignmentAnnotation("secondary structure", "",
 319             new Annotation[] {});
 320     annotation.setCalcId("JMOL");
 321     annotation.visible = false;
 322     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 323     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 324
 325     // Jpred.SSP on Sequence0 - hidden
 326     annotation = new AlignmentAnnotation("SSP", "", new Annotation[] {});
 327     annotation.setCalcId("JPred");
 328     annotation.visible = false;
 329     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 330     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 331
 332     // PDB.Temp on Sequence1
 333     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 334     annotation.setCalcId("PDB");
 335     annotation.visible = true;
 336     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 337     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 338
 339     /*
 340      * Expect menu options to show "secondary structure" and "SSP", and to hide
 341      * "secondary structure" and "Temp". Tooltip should be calcId.
 342      */
 343     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 344
 345     assertTrue(showMenu.isEnabled());
 346     assertTrue(hideMenu.isEnabled());
 347
 348     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 349     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 350
 351     assertEquals(4, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 352     assertEquals(4, hideOptions.length);
 353     String all = MessageManager.getString("label.all");
 354     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 355     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 356     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 357             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 358     assertEquals("secondary structure",
 359             ((JMenuItem) showOptions[2]).getText());
 360     assertEquals("JMOL", ((JMenuItem) showOptions[2]).getToolTipText());
 361     assertEquals("SSP", ((JMenuItem) showOptions[3]).getText());
 362     assertEquals("JPred", ((JMenuItem) showOptions[3]).getToolTipText());
 363
 364     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 365     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 366     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 367             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 368     assertEquals("secondary structure",
 369             ((JMenuItem) hideOptions[2]).getText());
 370     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[2]).getToolTipText());
 371     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getText());
 372     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getToolTipText());
 373   }
 374
 375   /**
 376    * Test for building menu options with only 'hide' annotation types enabled.
 377    */
 378   @Test(groups = { "Functional" })
 379   public void testBuildAnnotationTypesMenus_showDisabled()
 380   {
 381     JMenu showMenu = new JMenu();
 382     JMenu hideMenu = new JMenu();
 383     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 384
 385     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 386
 387     // PDB.secondary structure on Sequence0
 388     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 389             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 390     annotation.setCalcId("PDB");
 391     annotation.visible = true;
 392     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 393     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 394
 395     // PDB.Temp on Sequence1
 396     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 397     annotation.setCalcId("PDB");
 398     annotation.visible = true;
 399     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 400     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 401
 402     /*
 403      * Expect menu options to hide "secondary structure" and "Temp". Tooltip
 404      * should be calcId. 'Show' menu should be disabled.
 405      */
 406     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 407
 408     assertFalse(showMenu.isEnabled());
 409     assertTrue(hideMenu.isEnabled());
 410
 411     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 412     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 413
 414     assertEquals(2, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 415     assertEquals(4, hideOptions.length);
 416     String all = MessageManager.getString("label.all");
 417     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 418     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 419     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 420             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 421
 422     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 423     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 424     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 425             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 426     assertEquals("secondary structure",
 427             ((JMenuItem) hideOptions[2]).getText());
 428     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[2]).getToolTipText());
 429     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getText());
 430     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getToolTipText());
 431   }
 432
 433   /**
 434    * Test for building menu options with only 'show' annotation types enabled.
 435    */
 436   @Test(groups = { "Functional" })
 437   public void testBuildAnnotationTypesMenus_hideDisabled()
 438   {
 439     JMenu showMenu = new JMenu();
 440     JMenu hideMenu = new JMenu();
 441     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 442
 443     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 444
 445     // PDB.secondary structure on Sequence0
 446     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 447             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 448     annotation.setCalcId("PDB");
 449     annotation.visible = false;
 450     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 451     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 452
 453     // PDB.Temp on Sequence1
 454     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 455     annotation.setCalcId("PDB2");
 456     annotation.visible = false;
 457     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 458     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 459
 460     /*
 461      * Expect menu options to show "secondary structure" and "Temp". Tooltip
 462      * should be calcId. 'hide' menu should be disabled.
 463      */
 464     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 465
 466     assertTrue(showMenu.isEnabled());
 467     assertFalse(hideMenu.isEnabled());
 468
 469     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 470     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 471
 472     assertEquals(4, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 473     assertEquals(2, hideOptions.length);
 474     String all = MessageManager.getString("label.all");
 475     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 476     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 477     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 478             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 479     assertEquals("secondary structure",
 480             ((JMenuItem) showOptions[2]).getText());
 481     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) showOptions[2]).getToolTipText());
 482     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) showOptions[3]).getText());
 483     assertEquals("PDB2", ((JMenuItem) showOptions[3]).getToolTipText());
 484
 485     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 486     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 487     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 488             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Test for adding sequence id, dbref and feature links
 493    */
 494   @Test(groups = { "Functional" })
 495   public void testBuildLinkMenu()
 496   {
 497     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 498     final SequenceI seq0 = seqs.get(0);
 499     final SequenceI seq1 = seqs.get(1);
 500     final List<SequenceFeature> noFeatures = Collections
 501             .<SequenceFeature> emptyList();
 502     final String linkText = MessageManager.getString("action.link");
 503
 504     seq0.addDBRef(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "1", "P83527"));
 505     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR001041"));
 506     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR012675"));
 507     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR006058"));
 508     seq1.addDBRef(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "1", "Q9ZTS2"));
 509     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("GENE3D", "1", "3.10.20.30"));
 510
 511     /*
 512      * check the Link Menu for the first sequence
 513      */
 514     JMenu linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq0, noFeatures);
 515     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 516     Component[] linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 517
 518     /*
 519      * menu items are ordered: SEQUENCE_ID search first, then dbrefs in order
 520      * of database name (and within that by order of dbref addition)
 521      */
 522     assertEquals(5, linkItems.length);
 523     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 524     assertEquals("INTERPRO|IPR001041",
 525             ((JMenuItem) linkItems[1]).getText());
 526     assertEquals("INTERPRO|IPR012675",
 527             ((JMenuItem) linkItems[2]).getText());
 528     assertEquals("INTERPRO|IPR006058",
 529             ((JMenuItem) linkItems[3]).getText());
 530     assertEquals("UNIPROT|P83527", ((JMenuItem) linkItems[4]).getText());
 531
 532     /*
 533      * check the Link Menu for the second sequence
 534      * note dbref GENE3D is matched to link Gene3D, the latter is displayed
 535      */
 536     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq1, noFeatures);
 537     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 538     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 539     assertEquals(3, linkItems.length);
 540     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 541     assertEquals("Gene3D|3.10.20.30", ((JMenuItem) linkItems[1]).getText());
 542     assertEquals("UNIPROT|Q9ZTS2", ((JMenuItem) linkItems[2]).getText());
 543
 544     /*
 545      * if there are no valid links the Links submenu is still shown, but
 546      * reduced to the EMBL-EBI lookup only (inserted by
 547      * CustomUrlProvider.choosePrimaryUrl())
 548      */
 549     String unmatched = "NOMATCH|http://www.uniprot.org/uniprot/$"
 550             + DB_ACCESSION + "$";
 551     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(null,
 552             unmatched, "");
 553     Preferences.sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 554
 555     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq1, noFeatures);
 556     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 557     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 558     assertEquals(1, linkItems.length);
 559     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 560   }
 561
 562   @Test(groups = { "Functional" })
 563   public void testHideInsertions()
 564   {
 565     // get sequences from the alignment
 566     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 567
 568     // add our own seqs to avoid problems with changes to existing sequences
 569     // (gap at end of sequences varies depending on how tests are run!)
 570     Sequence seqGap1 = new Sequence("GappySeq",
 571             "AAAA----AA-AAAAAAA---AAA-----------AAAAAAAAAA--");
 572     seqGap1.createDatasetSequence();
 573     seqs.add(seqGap1);
 574     Sequence seqGap2 = new Sequence("LessGappySeq",
 575             "AAAAAA-AAAAA---AAA--AAAAA--AAAAAAA-AAAAAA");
 576     seqGap2.createDatasetSequence();
 577     seqs.add(seqGap2);
 578     Sequence seqGap3 = new Sequence("AnotherGapSeq",
 579             "AAAAAA-AAAAAA--AAAAAA-AAAAAAAAAAA---AAAAAAAA");
 580     seqGap3.createDatasetSequence();
 581     seqs.add(seqGap3);
 582     Sequence seqGap4 = new Sequence("NoGaps",
 583             "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA");
 584     seqGap4.createDatasetSequence();
 585     seqs.add(seqGap4);
 586
 587     ColumnSelection sel = new ColumnSelection();
 588     parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns()
 589             .revealAllHiddenColumns(sel);
 590
 591     // get the Popup Menu for 7th sequence - no insertions
 592     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(7), null);
 593     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 594
 595     HiddenColumns hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 596     Iterator<int[]> it = hidden.iterator();
 597     assertFalse(it.hasNext());
 598
 599     // get the Popup Menu for GappySeq - this time we have insertions
 600     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(4), null);
 601     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 602     hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 603     it = hidden.iterator();
 604
 605     assertTrue(it.hasNext());
 606     int[] region = it.next();
 607     assertEquals(region[0], 4);
 608     assertEquals(region[1], 7);
 609
 610     assertTrue(it.hasNext());
 611     region = it.next();
 612     assertEquals(region[0], 10);
 613     assertEquals(region[1], 10);
 614
 615     assertTrue(it.hasNext());
 616     region = it.next();
 617     assertEquals(region[0], 18);
 618     assertEquals(region[1], 20);
 619
 620     assertTrue(it.hasNext());
 621     region = it.next();
 622     assertEquals(region[0], 24);
 623     assertEquals(region[1], 34);
 624
 625     assertTrue(it.hasNext());
 626     region = it.next();
 627     assertEquals(region[0], 45);
 628     assertEquals(region[1], 46);
 629
 630     assertFalse(it.hasNext());
 631
 632     sel = new ColumnSelection();
 633     hidden.revealAllHiddenColumns(sel);
 634
 635     // make a sequence group and hide insertions within the group
 636     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 637     sg.setStartRes(8);
 638     sg.setEndRes(42);
 639     sg.addSequence(seqGap2, false);
 640     sg.addSequence(seqGap3, false);
 641     parentPanel.av.setSelectionGroup(sg);
 642
 643     // hide columns outside and within selection
 644     // only hidden columns outside the collection will be retained (unless also
 645     // gaps in the selection)
 646     hidden.hideColumns(1, 10);
 647     hidden.hideColumns(31, 40);
 648
 649     // get the Popup Menu for LessGappySeq in the sequence group
 650     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(5), null);
 651     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 652     hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 653     it = hidden.iterator();
 654
 655     assertTrue(it.hasNext());
 656     region = it.next();
 657     assertEquals(region[0], 1);
 658     assertEquals(region[1], 7);
 659
 660     assertTrue(it.hasNext());
 661     region = it.next();
 662     assertEquals(region[0], 13);
 663     assertEquals(region[1], 14);
 664
 665     assertTrue(it.hasNext());
 666     region = it.next();
 667     assertEquals(region[0], 34);
 668     assertEquals(region[1], 34);
 669   }
 670
 671 }