test/jalview/gui/PopupMenuTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static jalview.util.UrlConstants.DB_ACCESSION;
  24 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.Annotation;
  33 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  36 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  37 import jalview.datamodel.Sequence;
  38 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.io.DataSourceType;
  42 import jalview.io.FileFormat;
  43 import jalview.io.FormatAdapter;
  44 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  45 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  46 import jalview.util.MessageManager;
  47 import jalview.util.UrlConstants;
  48
  49 import java.awt.Component;
  50 import java.io.IOException;
  51 import java.util.ArrayList;
  52 import java.util.Collections;
  53 import java.util.Iterator;
  54 import java.util.List;
  55
  56 import javax.swing.JMenu;
  57 import javax.swing.JMenuItem;
  58 import javax.swing.JPopupMenu;
  59 import javax.swing.JSeparator;
  60
  61 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  62 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  63 import org.testng.annotations.Test;
  64
  65 public class PopupMenuTest
  66 {
  67
  68   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  69   public void setUpJvOptionPane()
  70   {
  71     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  72     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  73   }
  74
  75   // 4 sequences x 13 positions
  76   final static String TEST_DATA = ">FER_CAPAA Ferredoxin\n"
  77           + "TIETHKEAELVG-\n"
  78           + ">FER_CAPAN Ferredoxin, chloroplast precursor\n"
  79           + "TIETHKEAELVG-\n"
  80           + ">FER1_SOLLC Ferredoxin-1, chloroplast precursor\n"
  81           + "TIETHKEEELTA-\n" + ">Q93XJ9_SOLTU Ferredoxin I precursor\n"
  82           + "TIETHKEEELTA-\n";
  83
  84   AlignmentI alignment;
  85
  86   AlignmentPanel parentPanel;
  87
  88   PopupMenu testee = null;
  89
  90   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  91   public void setUp() throws IOException
  92   {
  93     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  94     String inMenuString = ("EMBL-EBI Search | http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$"
  95             + SEQUENCE_ID
  96             + "$"
  97             + "|"
  98             + "UNIPROT | http://www.uniprot.org/uniprot/$" + DB_ACCESSION + "$")
  99             + "|"
 100             + ("INTERPRO | http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/$"
 101                     + DB_ACCESSION + "$")
 102             + "|"
 103             +
 104             // Gene3D entry tests for case (in)sensitivity
 105             ("Gene3D | http://gene3d.biochem.ucl.ac.uk/Gene3D/search?sterm=$"
 106                     + DB_ACCESSION + "$&mode=protein");
 107
 108     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(
 109             UrlConstants.DEFAULT_LABEL, inMenuString, "");
 110     Preferences.sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 111
 112     alignment = new FormatAdapter().readFile(TEST_DATA,
 113             DataSourceType.PASTE, FileFormat.Fasta);
 114     AlignFrame af = new AlignFrame(alignment, 700, 500);
 115     parentPanel = new AlignmentPanel(af, af.getViewport());
 116     testee = new PopupMenu(parentPanel, null, null);
 117     int i = 0;
 118     for (SequenceI seq : alignment.getSequences())
 119     {
 120       final AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 121               "label" + i, "desc" + i, i);
 122       annotation.setCalcId("calcId" + i);
 123       seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 124       annotation.setSequenceRef(seq);
 125     }
 126   }
 127
 128   @Test(groups = { "Functional" })
 129   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_noSequenceSelected()
 130   {
 131     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 132     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 133     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 134     assertFalse(menu.isEnabled());
 135     // now try null list
 136     menu.setEnabled(true);
 137     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, null);
 138     assertFalse(menu.isEnabled());
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where there
 143    * are no reference annotations to add to the alignment. The menu item should
 144    * be disabled.
 145    */
 146   @Test(groups = { "Functional" })
 147   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_noReferenceAnnotations()
 148   {
 149     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 150
 151     /*
 152      * Initial state is that sequences have annotations, and have dataset
 153      * sequences, but the dataset sequences have no annotations. Hence nothing
 154      * to add.
 155      */
 156     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 157
 158     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 159     assertFalse(menu.isEnabled());
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where all
 164    * reference annotations are already on the alignment. The menu item should be
 165    * disabled.
 166    */
 167   @Test(groups = { "Functional" })
 168   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_alreadyAdded()
 169   {
 170     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 171     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 172
 173     // make up new annotations and add to dataset sequences, sequences and
 174     // alignment
 175     attachReferenceAnnotations(seqs, true, true);
 176
 177     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 178     assertFalse(menu.isEnabled());
 179   }
 180
 181   /**
 182    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where
 183    * several reference annotations are on the dataset but not on the sequences.
 184    * The menu item should be enabled, and acquire a tooltip which lists the
 185    * annotation sources (calcIds) and type (labels).
 186    */
 187   @Test(groups = { "Functional" })
 188   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu()
 189   {
 190     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 191     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 192
 193     // make up new annotations and add to dataset sequences
 194     attachReferenceAnnotations(seqs, false, false);
 195
 196     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 197     assertTrue(menu.isEnabled());
 198     String s = MessageManager.getString("label.add_annotations_for");
 199     // String expected = "<html><style> p.ttip {width: 350; text-align: justify;
 200     // word-wrap: break-word;}</style><p class=\"ttip\">"
 201     // + s + "<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp</p></html>";
 202     String expected = "<html><style> div.ttip {width:350px;white-space:pre-wrap;padding:2px;overflow-wrap:break-word;}</style>"
 203             + "<div class=\"ttip\">" + s
 204             + "<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp </div></html>";
 205     assertEquals(expected, menu.getToolTipText());
 206   }
 207
 208   /**
 209    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where
 210    * several reference annotations are on the dataset and the sequences but not
 211    * on the alignment. The menu item should be enabled, and acquire a tooltip
 212    * which lists the annotation sources (calcIds) and type (labels).
 213    */
 214   @Test(groups = { "Functional" })
 215   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_notOnAlignment()
 216   {
 217     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 218     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 219
 220     // make up new annotations and add to dataset sequences and sequences
 221     attachReferenceAnnotations(seqs, true, false);
 222
 223     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 224     assertTrue(menu.isEnabled());
 225     String s = MessageManager.getString("label.add_annotations_for");
 226     // String expected = "<html><style> p.ttip {width: 350; text-align: justify;
 227     // word-wrap: break-word;}</style><p class=\"ttip\">"
 228     // + s + "<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp</p></html>";
 229     String expected = "<html><style> div.ttip {width:350px;white-space:pre-wrap;padding:2px;overflow-wrap:break-word;}</style>"
 230             + "<div class=\"ttip\">Add annotations for<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp </div></html>";
 231     assertEquals(expected, menu.getToolTipText());
 232   }
 233
 234   /**
 235    * Generate annotations and add to dataset sequences and (optionally)
 236    * sequences and/or alignment
 237    *
 238    * @param seqs
 239    * @param addToSequence
 240    * @param addToAlignment
 241    */
 242   private void attachReferenceAnnotations(List<SequenceI> seqs,
 243           boolean addToSequence, boolean addToAlignment)
 244   {
 245     // PDB.secondary structure on Sequence0
 246     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 247             "secondary structure", "", 0);
 248     annotation.setCalcId("PDB");
 249     seqs.get(0).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 250     if (addToSequence)
 251     {
 252       seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 253     }
 254     if (addToAlignment)
 255     {
 256       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 257     }
 258
 259     // PDB.Temp on Sequence1
 260     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", 0);
 261     annotation.setCalcId("PDB");
 262     seqs.get(1).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 263     if (addToSequence)
 264     {
 265       seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 266     }
 267     if (addToAlignment)
 268     {
 269       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 270     }
 271
 272     // JMOL.secondary structure on Sequence0
 273     annotation = new AlignmentAnnotation("secondary structure", "", 0);
 274     annotation.setCalcId("Jmol");
 275     seqs.get(0).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 276     if (addToSequence)
 277     {
 278       seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 279     }
 280     if (addToAlignment)
 281     {
 282       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 283     }
 284   }
 285
 286   /**
 287    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where there
 288    * are two alignment views:
 289    * <ul>
 290    * <li>in one view, reference annotations have been added (are on the
 291    * datasets, sequences and alignment)</li>
 292    * <li>in the current view, reference annotations are on the dataset and
 293    * sequence, but not the alignment</li>
 294    * </ul>
 295    * The menu item should be enabled, and acquire a tooltip which lists the
 296    * annotation sources (calcIds) and type (labels).
 297    */
 298   @Test(groups = { "Functional" })
 299   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_twoViews()
 300   {
 301   }
 302
 303   /**
 304    * Test for building menu options including 'show' and 'hide' annotation
 305    * types.
 306    */
 307   @Test(groups = { "Functional" })
 308   public void testBuildAnnotationTypesMenus()
 309   {
 310     JMenu showMenu = new JMenu();
 311     JMenu hideMenu = new JMenu();
 312     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 313
 314     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 315
 316     // PDB.secondary structure on Sequence0
 317     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 318             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 319     annotation.setCalcId("PDB");
 320     annotation.visible = true;
 321     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 322     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 323
 324     // JMOL.secondary structure on Sequence0 - hidden
 325     annotation = new AlignmentAnnotation("secondary structure", "",
 326             new Annotation[] {});
 327     annotation.setCalcId("JMOL");
 328     annotation.visible = false;
 329     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 330     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 331
 332     // Jpred.SSP on Sequence0 - hidden
 333     annotation = new AlignmentAnnotation("SSP", "", new Annotation[] {});
 334     annotation.setCalcId("JPred");
 335     annotation.visible = false;
 336     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 337     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 338
 339     // PDB.Temp on Sequence1
 340     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 341     annotation.setCalcId("PDB");
 342     annotation.visible = true;
 343     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 344     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 345
 346     /*
 347      * Expect menu options to show "secondary structure" and "SSP", and to hide
 348      * "secondary structure" and "Temp". Tooltip should be calcId.
 349      */
 350     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 351
 352     assertTrue(showMenu.isEnabled());
 353     assertTrue(hideMenu.isEnabled());
 354
 355     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 356     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 357
 358     assertEquals(4, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 359     assertEquals(4, hideOptions.length);
 360     String all = MessageManager.getString("label.all");
 361     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 362     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 363     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 364             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 365     assertEquals("secondary structure",
 366             ((JMenuItem) showOptions[2]).getText());
 367     assertEquals("JMOL", ((JMenuItem) showOptions[2]).getToolTipText());
 368     assertEquals("SSP", ((JMenuItem) showOptions[3]).getText());
 369     assertEquals("JPred", ((JMenuItem) showOptions[3]).getToolTipText());
 370
 371     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 372     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 373     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 374             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 375     assertEquals("secondary structure",
 376             ((JMenuItem) hideOptions[2]).getText());
 377     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[2]).getToolTipText());
 378     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getText());
 379     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getToolTipText());
 380   }
 381
 382   /**
 383    * Test for building menu options with only 'hide' annotation types enabled.
 384    */
 385   @Test(groups = { "Functional" })
 386   public void testBuildAnnotationTypesMenus_showDisabled()
 387   {
 388     JMenu showMenu = new JMenu();
 389     JMenu hideMenu = new JMenu();
 390     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 391
 392     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 393
 394     // PDB.secondary structure on Sequence0
 395     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 396             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 397     annotation.setCalcId("PDB");
 398     annotation.visible = true;
 399     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 400     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 401
 402     // PDB.Temp on Sequence1
 403     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 404     annotation.setCalcId("PDB");
 405     annotation.visible = true;
 406     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 407     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 408
 409     /*
 410      * Expect menu options to hide "secondary structure" and "Temp". Tooltip
 411      * should be calcId. 'Show' menu should be disabled.
 412      */
 413     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 414
 415     assertFalse(showMenu.isEnabled());
 416     assertTrue(hideMenu.isEnabled());
 417
 418     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 419     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 420
 421     assertEquals(2, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 422     assertEquals(4, hideOptions.length);
 423     String all = MessageManager.getString("label.all");
 424     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 425     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 426     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 427             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 428
 429     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 430     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 431     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 432             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 433     assertEquals("secondary structure",
 434             ((JMenuItem) hideOptions[2]).getText());
 435     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[2]).getToolTipText());
 436     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getText());
 437     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getToolTipText());
 438   }
 439
 440   /**
 441    * Test for building menu options with only 'show' annotation types enabled.
 442    */
 443   @Test(groups = { "Functional" })
 444   public void testBuildAnnotationTypesMenus_hideDisabled()
 445   {
 446     JMenu showMenu = new JMenu();
 447     JMenu hideMenu = new JMenu();
 448     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 449
 450     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 451
 452     // PDB.secondary structure on Sequence0
 453     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 454             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 455     annotation.setCalcId("PDB");
 456     annotation.visible = false;
 457     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 458     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 459
 460     // PDB.Temp on Sequence1
 461     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 462     annotation.setCalcId("PDB2");
 463     annotation.visible = false;
 464     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 465     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 466
 467     /*
 468      * Expect menu options to show "secondary structure" and "Temp". Tooltip
 469      * should be calcId. 'hide' menu should be disabled.
 470      */
 471     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 472
 473     assertTrue(showMenu.isEnabled());
 474     assertFalse(hideMenu.isEnabled());
 475
 476     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 477     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 478
 479     assertEquals(4, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 480     assertEquals(2, hideOptions.length);
 481     String all = MessageManager.getString("label.all");
 482     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 483     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 484     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 485             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 486     assertEquals("secondary structure",
 487             ((JMenuItem) showOptions[2]).getText());
 488     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) showOptions[2]).getToolTipText());
 489     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) showOptions[3]).getText());
 490     assertEquals("PDB2", ((JMenuItem) showOptions[3]).getToolTipText());
 491
 492     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 493     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 494     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 495             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 496   }
 497
 498   /**
 499    * Test for adding sequence id, dbref and feature links
 500    */
 501   @Test(groups = { "Functional" })
 502   public void testBuildLinkMenu()
 503   {
 504     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 505     final SequenceI seq0 = seqs.get(0);
 506     final SequenceI seq1 = seqs.get(1);
 507     final List<SequenceFeature> noFeatures = Collections
 508             .<SequenceFeature> emptyList();
 509     final String linkText = MessageManager.getString("action.link");
 510
 511     seq0.addDBRef(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "1", "P83527"));
 512     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR001041"));
 513     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR012675"));
 514     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR006058"));
 515     seq1.addDBRef(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "1", "Q9ZTS2"));
 516     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("GENE3D", "1", "3.10.20.30"));
 517
 518     /*
 519      * check the Link Menu for the first sequence
 520      */
 521     JMenu linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq0, noFeatures);
 522     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 523     Component[] linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 524
 525     /*
 526      * menu items are ordered: SEQUENCE_ID search first, then dbrefs in order
 527      * of database name (and within that by order of dbref addition)
 528      */
 529     assertEquals(5, linkItems.length);
 530     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 531     assertEquals("INTERPRO|IPR001041",
 532             ((JMenuItem) linkItems[1]).getText());
 533     assertEquals("INTERPRO|IPR012675",
 534             ((JMenuItem) linkItems[2]).getText());
 535     assertEquals("INTERPRO|IPR006058",
 536             ((JMenuItem) linkItems[3]).getText());
 537     assertEquals("UNIPROT|P83527", ((JMenuItem) linkItems[4]).getText());
 538
 539     /*
 540      * check the Link Menu for the second sequence
 541      * note dbref GENE3D is matched to link Gene3D, the latter is displayed
 542      */
 543     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq1, noFeatures);
 544     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 545     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 546     assertEquals(3, linkItems.length);
 547     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 548     assertEquals("Gene3D|3.10.20.30", ((JMenuItem) linkItems[1]).getText());
 549     assertEquals("UNIPROT|Q9ZTS2", ((JMenuItem) linkItems[2]).getText());
 550
 551     /*
 552      * if there are no valid links the Links submenu is still shown, but
 553      * reduced to the EMBL-EBI lookup only (inserted by
 554      * CustomUrlProvider.choosePrimaryUrl())
 555      */
 556     String unmatched = "NOMATCH|http://www.uniprot.org/uniprot/$"
 557             + DB_ACCESSION + "$";
 558     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(null,
 559             unmatched, "");
 560     Preferences.sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 561
 562     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq1, noFeatures);
 563     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 564     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 565     assertEquals(1, linkItems.length);
 566     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 567   }
 568
 569   @Test(groups = { "Functional" })
 570   public void testHideInsertions()
 571   {
 572     // get sequences from the alignment
 573     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 574
 575     // add our own seqs to avoid problems with changes to existing sequences
 576     // (gap at end of sequences varies depending on how tests are run!)
 577     Sequence seqGap1 = new Sequence("GappySeq",
 578             "AAAA----AA-AAAAAAA---AAA-----------AAAAAAAAAA--");
 579     seqGap1.createDatasetSequence();
 580     seqs.add(seqGap1);
 581     Sequence seqGap2 = new Sequence("LessGappySeq",
 582             "AAAAAA-AAAAA---AAA--AAAAA--AAAAAAA-AAAAAA");
 583     seqGap2.createDatasetSequence();
 584     seqs.add(seqGap2);
 585     Sequence seqGap3 = new Sequence("AnotherGapSeq",
 586             "AAAAAA-AAAAAA--AAAAAA-AAAAAAAAAAA---AAAAAAAA");
 587     seqGap3.createDatasetSequence();
 588     seqs.add(seqGap3);
 589     Sequence seqGap4 = new Sequence("NoGaps",
 590             "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA");
 591     seqGap4.createDatasetSequence();
 592     seqs.add(seqGap4);
 593
 594     ColumnSelection sel = new ColumnSelection();
 595     parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns()
 596             .revealAllHiddenColumns(sel);
 597
 598     // get the Popup Menu for 7th sequence - no insertions
 599     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(7), null);
 600     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 601
 602     HiddenColumns hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 603     Iterator<int[]> it = hidden.iterator();
 604     assertFalse(it.hasNext());
 605
 606     // get the Popup Menu for GappySeq - this time we have insertions
 607     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(4), null);
 608     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 609     hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 610     it = hidden.iterator();
 611
 612     assertTrue(it.hasNext());
 613     int[] region = it.next();
 614     assertEquals(region[0], 4);
 615     assertEquals(region[1], 7);
 616
 617     assertTrue(it.hasNext());
 618     region = it.next();
 619     assertEquals(region[0], 10);
 620     assertEquals(region[1], 10);
 621
 622     assertTrue(it.hasNext());
 623     region = it.next();
 624     assertEquals(region[0], 18);
 625     assertEquals(region[1], 20);
 626
 627     assertTrue(it.hasNext());
 628     region = it.next();
 629     assertEquals(region[0], 24);
 630     assertEquals(region[1], 34);
 631
 632     assertTrue(it.hasNext());
 633     region = it.next();
 634     assertEquals(region[0], 45);
 635     assertEquals(region[1], 46);
 636
 637     assertFalse(it.hasNext());
 638
 639     sel = new ColumnSelection();
 640     hidden.revealAllHiddenColumns(sel);
 641
 642     // make a sequence group and hide insertions within the group
 643     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 644     sg.setStartRes(8);
 645     sg.setEndRes(42);
 646     sg.addSequence(seqGap2, false);
 647     sg.addSequence(seqGap3, false);
 648     parentPanel.av.setSelectionGroup(sg);
 649
 650     // hide columns outside and within selection
 651     // only hidden columns outside the collection will be retained (unless also
 652     // gaps in the selection)
 653     hidden.hideColumns(1, 10);
 654     hidden.hideColumns(31, 40);
 655
 656     // get the Popup Menu for LessGappySeq in the sequence group
 657     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(5), null);
 658     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 659     hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 660     it = hidden.iterator();
 661
 662     assertTrue(it.hasNext());
 663     region = it.next();
 664     assertEquals(region[0], 1);
 665     assertEquals(region[1], 7);
 666
 667     assertTrue(it.hasNext());
 668     region = it.next();
 669     assertEquals(region[0], 13);
 670     assertEquals(region[1], 14);
 671
 672     assertTrue(it.hasNext());
 673     region = it.next();
 674     assertEquals(region[0], 34);
 675     assertEquals(region[1], 34);
 676   }
 677
 678 }