test/jalview/gui/SeqCanvasTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.bin.Jalview;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.io.FileLoader;
  30 import jalview.util.Platform;
  31
  32 import java.awt.Font;
  33 import java.awt.FontMetrics;
  34
  35 import org.testng.Assert;
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 import junit.extensions.PA;
  40
  41 public class SeqCanvasTest
  42 {
  43   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  44   public void setUp()
  45   {
  46     Cache.initLogger();
  47     Jalview.setSynchronous(true);
  48   }
  49
  50   /**
  51    * Test the method that computes wrapped width in residues, height of wrapped
  52    * widths in pixels, and the number of widths visible
  53    */
  54   @Test(groups = "Functional")
  55   public void testCalculateWrappedGeometry_noAnnotations()
  56   {
  57     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  58             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
  59     AlignViewport av = af.getViewport();
  60     AlignmentI al = av.getAlignment();
  61     assertEquals(al.getWidth(), 157);
  62     assertEquals(al.getHeight(), 15);
  63     av.getRanges().setStartEndSeq(0, 14);
  64
  65     SeqCanvas testee = af.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas;
  66
  67     av.setWrapAlignment(true);
  68     av.setFont(new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 14), true);
  69     int charHeight = av.getCharHeight();
  70     int charWidth = av.getCharWidth();
  71     Assert.assertTrue(charHeight == 17 && charWidth == 12
  72             || charHeight == 19 && charWidth == 11,
  73             "char height/width " + charHeight + "/" + charWidth);
  74     //
  75     // assertEquals(charHeight, Platform.isMac() ? 17 : 19);
  76     // assertEquals(charWidth, Platform.isMac() ? 12 : 11);
  77
  78     /*
  79      * first with scales above, left, right
  80      */
  81     av.setShowAnnotation(false);
  82     av.setScaleAboveWrapped(true);
  83     av.setScaleLeftWrapped(true);
  84     av.setScaleRightWrapped(true);
  85     FontMetrics fm = testee.getFontMetrics(av.getFont());
  86     int labelWidth = fm.stringWidth("000") + charWidth;
  87     // BH 2020.03.22 It is not really necessary to be this detailed. Different
  88     // OS-based UIs will
  89     // always have slightly different parameters. StringgWidths are not
  90     // necessarily linear sums of the letters involved.
  91     // for example, the calculation for JavaScript is a float that has to be
  92     // rounded.
  93     // ..............................mac................PC................linux?
  94     Assert.assertTrue(
  95             labelWidth == 39 || labelWidth == 35 || labelWidth == 36);// 3 * 9 +
  96                                                                       // charWidth
  97                                                                       // ||
  98                                                                       // labelWidth
  99                                                                       // == 3 *
 100                                                                       // 8 +
 101                                                                       // charWidth,
 102                                                                       // "labelWidth
 103                                                                       // 36 or
 104                                                                       // 39");
 105
 106     /*
 107      * width 400 pixels leaves (400 - 2*labelWidth) for residue columns
 108      * take the whole multiple of character widths
 109      */
 110     int canvasWidth = 400;
 111     int canvasHeight = 300;
 112     int residueColumns = (canvasWidth - 2 * labelWidth) / charWidth;
 113     int wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 114     assertEquals(wrappedWidth, residueColumns);
 115     assertEquals(PA.getValue(testee, "labelWidthWest"), labelWidth);
 116     assertEquals(PA.getValue(testee, "labelWidthEast"), labelWidth);
 117     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedSpaceAboveAlignment"),
 118             2 * charHeight);
 119     int repeatingHeight = (int) PA.getValue(testee, "wrappedRepeatHeightPx");
 120     assertEquals(repeatingHeight, charHeight * (2 + al.getHeight()));
 121     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedVisibleWidths"), 1);
 122
 123     /*
 124      * repeat height is 17 * (2 + 15) = 289
 125      * make canvas height 2 * 289 + 3 * charHeight so just enough to
 126      * draw 2 widths and the first sequence of a third
 127      */
 128     canvasHeight = charHeight * (17 * 2 + 3);
 129     testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 130     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedVisibleWidths"), 3);
 131
 132     /*
 133      * reduce canvas height by 1 pixel
 134      * - should not be enough height to draw 3 widths
 135      */
 136     canvasHeight -= 1;
 137     testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 138     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedVisibleWidths"), 2);
 139
 140     /*
 141      * turn off scale above - can now fit in 2 and a bit widths
 142      */
 143     av.setScaleAboveWrapped(false);
 144     testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 145     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedVisibleWidths"), 3);
 146
 147     /*
 148      * reduce height to enough for 2 widths and not quite a third
 149      * i.e. two repeating heights + spacer + sequence - 1 pixel
 150      */
 151     canvasHeight = charHeight * (16 * 2 + 2) - 1;
 152     testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 153     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedVisibleWidths"), 2);
 154
 155     /*
 156      * make canvas width enough for scales and 20 residues
 157      */
 158     canvasWidth = 2 * labelWidth + 20 * charWidth;
 159     wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 160             canvasHeight);
 161     assertEquals(wrappedWidth, 20);
 162
 163     /*
 164      * reduce width by 1 pixel - rounds down to 19 residues
 165      */
 166     canvasWidth -= 1;
 167     wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 168             canvasHeight);
 169     assertEquals(wrappedWidth, 19);
 170
 171     /*
 172      * turn off West scale - adds labelWidth (39) to available for residues
 173      * which with the 11 remainder makes 50 which is 4 more charWidths rem 2
 174      */
 175     av.setScaleLeftWrapped(false);
 176     wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 177             canvasHeight);
 178     assertEquals(wrappedWidth, 23);
 179
 180     /*
 181      * add 10 pixels to width to fit in another whole residue column
 182      */
 183     canvasWidth += 9;
 184     wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 185             canvasHeight);
 186     assertEquals(wrappedWidth, 23);
 187     canvasWidth += 1;
 188     wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 189             canvasHeight);
 190     assertEquals(wrappedWidth, 24);
 191
 192     /*
 193      * turn off East scale to gain 39 more pixels (3 columns remainder 3)
 194      */
 195     av.setScaleRightWrapped(false);
 196     wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 197             canvasHeight);
 198     assertEquals(wrappedWidth, 27);
 199
 200     /*
 201      * add 9 pixels to width to gain a residue column
 202      */
 203     canvasWidth += 8;
 204     wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 205             canvasHeight);
 206     assertEquals(wrappedWidth, 27); // 8px not enough
 207     canvasWidth += 1;
 208     wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 209             canvasHeight);
 210     assertEquals(wrappedWidth, 28); // 9px is enough
 211
 212     /*
 213      * now West but not East scale - lose 39 pixels or 4 columns
 214      */
 215     av.setScaleLeftWrapped(true);
 216     wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 217             canvasHeight);
 218     assertEquals(wrappedWidth, 24);
 219
 220     /*
 221      * adding 3 pixels to width regains one column
 222      */
 223     canvasWidth += 2;
 224     wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 225             canvasHeight);
 226     assertEquals(wrappedWidth, Platform.isMac() ? 24 : 25); // 2px not enough
 227     canvasWidth += 1;
 228     wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 229             canvasHeight);
 230     assertEquals(wrappedWidth, 25); // 3px is enough
 231
 232     /*
 233      * turn off scales left and right, make width exactly 157 columns
 234      */
 235     av.setScaleLeftWrapped(false);
 236     canvasWidth = al.getWidth() * charWidth;
 237     testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 238     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedVisibleWidths"), 1);
 239   }
 240
 241   /**
 242    * Test the method that computes wrapped width in residues, height of wrapped
 243    * widths in pixels, and the number of widths visible
 244    */
 245   @Test(groups = "Functional")
 246   public void testCalculateWrappedGeometry_withAnnotations()
 247   {
 248     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 249             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 250     AlignViewport av = af.getViewport();
 251     AlignmentI al = av.getAlignment();
 252     assertEquals(al.getWidth(), 157);
 253     assertEquals(al.getHeight(), 15);
 254
 255     av.setWrapAlignment(true);
 256     av.getRanges().setStartEndSeq(0, 14);
 257     av.setFont(new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 14), true);
 258     int charHeight = av.getCharHeight();
 259     int charWidth = av.getCharWidth();
 260
 261     Assert.assertTrue(
 262             charHeight == 17 && charWidth == 12
 263                     || charHeight == 19 && charWidth == 11,
 264             "char height/width " + charHeight + "/" + charWidth);
 265     // assertEquals(charHeight, Platform.isMac() ? 17 : 19);
 266     // assertEquals(charWidth, Platform.isMac() ? 12 : 11);
 267
 268     SeqCanvas testee = af.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas;
 269
 270     /*
 271      * first with scales above, left, right
 272      */
 273     av.setShowAnnotation(true);
 274     av.setScaleAboveWrapped(true);
 275     av.setScaleLeftWrapped(true);
 276     av.setScaleRightWrapped(true);
 277
 278     FontMetrics fm = testee.getFontMetrics(av.getFont());
 279     int labelWidth = fm.stringWidth("000") + charWidth;
 280     // BH 2020.03.22 It is not really necessary to be this detailed. Different
 281     // OS-based UIs will
 282     // always have slightly different parameters. StringgWidths are not
 283     // necessarily linear sums of the letters involved.
 284     // for example, the calculation for JavaScript is a float that has to be
 285     // rounded.
 286     // ..............................mac................PC................linux?
 287     Assert.assertTrue(
 288             labelWidth == 39 || labelWidth == 35 || labelWidth == 36);// 3 * 9 +
 289                                                                       // charWidth
 290                                                                       // ||
 291                                                                       // labelWidth
 292                                                                       // == 3 *
 293                                                                       // 8 +
 294                                                                       // charWidth,
 295                                                                       // "labelWidth
 296                                                                       // 36 or
 297                                                                       // 39");
 298     // int labelWidth = fm.stringWidth("000") + charWidth;
 299     // assertEquals(labelWidth,
 300     // Platform.isMac() ? 3 * 9 + charWidth : 3 * 8 + charWidth);
 301
 302     int annotationHeight = testee.getAnnotationHeight();
 303
 304     /*
 305      * width 400 pixels leaves (400 - 2*labelWidth) for residue columns
 306      * take the whole multiple of character widths
 307      */
 308     int canvasWidth = 400;
 309     int canvasHeight = 300;
 310     int residueColumns = (canvasWidth - 2 * labelWidth) / charWidth;
 311     int wrappedWidth = testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 312     assertEquals(wrappedWidth, residueColumns);
 313     assertEquals(PA.getValue(testee, "labelWidthWest"), labelWidth);
 314     assertEquals(PA.getValue(testee, "labelWidthEast"), labelWidth);
 315     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedSpaceAboveAlignment"),
 316             2 * charHeight);
 317     int repeatingHeight = (int) PA.getValue(testee, "wrappedRepeatHeightPx");
 318     assertEquals(repeatingHeight, charHeight * (2 + al.getHeight())
 319             + SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP + annotationHeight);
 320     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedVisibleWidths"), 1);
 321
 322     /*
 323      * repeat height is 17 * (2 + 15) = 289 + 3 + annotationHeight = 510
 324      * make canvas height 2 of these plus 3 charHeights
 325      * so just enough to draw 2 widths, gap + scale + the first sequence of a third
 326      */
 327     canvasHeight = charHeight * (17 * 2 + 3)
 328             + 2 * (annotationHeight + SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP);
 329     testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 330     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedVisibleWidths"), 3);
 331
 332     /*
 333      * reduce canvas height by 1 pixel - should not be enough height
 334      * to draw 3 widths
 335      */
 336     canvasHeight -= 1;
 337     testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 338     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedVisibleWidths"), 2);
 339
 340     /*
 341      * turn off scale above - can now fit in 2 and a bit widths
 342      */
 343     av.setScaleAboveWrapped(false);
 344     testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 345     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedVisibleWidths"), 3);
 346
 347     /*
 348      * reduce height to enough for 2 widths and not quite a third
 349      * i.e. two repeating heights + spacer + sequence - 1 pixel
 350      */
 351     canvasHeight = charHeight * (16 * 2 + 2)
 352             + 2 * (annotationHeight + SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP) - 1;
 353     testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 354     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedVisibleWidths"), 2);
 355
 356     /*
 357      * add 1 pixel to height - should now get 3 widths drawn
 358      */
 359     canvasHeight += 1;
 360     testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 361     assertEquals(PA.getValue(testee, "wrappedVisibleWidths"), 3);
 362   }
 363
 364   /**
 365    * Test simulates loading an unwrapped alignment, shrinking it vertically so
 366    * not all sequences are visible, then changing to wrapped mode. The ranges
 367    * endSeq should be unchanged, but the vertical repeat height should include
 368    * all sequences.
 369    */
 370   @Test(groups = "Functional")
 371   public void testCalculateWrappedGeometry_fromScrolled()
 372   {
 373     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 374             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 375     AlignViewport av = af.getViewport();
 376     AlignmentI al = av.getAlignment();
 377     assertEquals(al.getWidth(), 157);
 378     assertEquals(al.getHeight(), 15);
 379     av.getRanges().setStartEndSeq(0, 3);
 380     av.setShowAnnotation(false);
 381     av.setScaleAboveWrapped(true);
 382
 383     SeqCanvas testee = af.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas;
 384     av.setWrapAlignment(true);
 385     av.setFont(new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 14), true);
 386     int charHeight = av.getCharHeight();
 387     int charWidth = av.getCharWidth();
 388     // Windows h=19, w=11; Mac (and Linux?) 17,11
 389     Assert.assertTrue(charHeight == 17 && charWidth == 12
 390             || charHeight == 19 && charWidth == 11,
 391             "char height/width " + charHeight + "/" + charWidth);
 392     int canvasWidth = 400;
 393     int canvasHeight = 300;
 394     testee.calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 395     int repeatingHeight = (int) PA.getValue(testee,
 396             "wrappedRepeatHeightPx");
 397     assertEquals(av.getRanges().getEndSeq(), 3,
 398             "endSeq should be 3; av.getRanges=" + av.getRanges()); // unchanged
 399     assertEquals(repeatingHeight, charHeight * (2 + al.getHeight()));
 400   }
 401 }