test/jalview/gui/SeqPanelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.Alignment;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.Sequence;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30
  31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  32 import org.testng.annotations.Test;
  33
  34 public class SeqPanelTest
  35 {
  36   AlignFrame af;
  37
  38   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  39   public void setUpJvOptionPane()
  40   {
  41     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  42     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  43   }
  44   @Test(groups = "Functional")
  45   public void testSetStatusReturnsPosOrMinusOne()
  46   {
  47     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "AACDE");
  48     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "AA--E");
  49     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  50     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  51             al.getHeight());
  52     AlignmentI visAl = alignFrame.getViewport().getAlignment();
  53     // Test either side of gap
  54     // This first assert fails due to JAL-2563
  55     assertEquals(
  56             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  57                     visAl.getSequenceAt(1), 1, 1), 2);
  58     assertEquals(
  59             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  60                     visAl.getSequenceAt(1), 4, 1), 3);
  61     // Test gaps are -1
  62     assertEquals(
  63             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  64                     visAl.getSequenceAt(1), 2, 1), -1);
  65     assertEquals(
  66             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  67                     visAl.getSequenceAt(1), 3, 1), -1);
  68   }
  69
  70   @Test(groups = "Functional")
  71   public void testAmbiguousAminoAcidGetsStatusMessage()
  72   {
  73     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDE");
  74     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "AB--E");
  75     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  76     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  77             al.getHeight());
  78     AlignmentI visAl = alignFrame.getViewport().getAlignment();
  79     // Test either side of gap
  80     // This first assert fails due to JAL-2563
  81     assertEquals(
  82             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  83                     visAl.getSequenceAt(1), 1, 1), 2);
  84     assertTrue(alignFrame.statusBar.getText().contains("(2)"));
  85   }
  86 }