test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  28 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31
  32 import java.util.Vector;
  33
  34 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  35 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 public class StructureChooserTest
  39 {
  40   Sequence seq;
  41
  42   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  43   public void setUp() throws Exception
  44   {
  45     seq = new Sequence("PDB|4kqy|4KQY|A", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1,
  46             26);
  47     seq.createDatasetSequence();
  48     for (int x = 1; x < 5; x++)
  49     {
  50       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  51       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  52       seq.addDBRef(dbRef);
  53     }
  54
  55     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  56     dbRef.setId("1tim");
  57
  58     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<PDBEntry>();
  59     pdbIds.add(dbRef);
  60
  61     seq.setPDBId(pdbIds);
  62   }
  63
  64   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  65   public void tearDown() throws Exception
  66   {
  67     seq = null;
  68   }
  69
  70   @Test(groups = { "Functional" })
  71   public void buildQueryTest()
  72   {
  73     String query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  74     assertEquals("pdb_id:1tim", query);
  75     System.out.println("seq >>>> " + seq);
  76     seq.getAllPDBEntries().clear();
  77     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  78     assertEquals(
  79             "text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4 OR text:4kqy",
  80             query);
  81     seq.setDBRefs(null);
  82     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  83     assertEquals("text:4kqy", query);
  84
  85     DBRefEntry uniprotDBRef = new DBRefEntry();
  86     uniprotDBRef.setAccessionId("P12345");
  87     uniprotDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
  88     seq.addDBRef(uniprotDBRef);
  89
  90     DBRefEntry pdbDBRef = new DBRefEntry();
  91     pdbDBRef.setAccessionId("1XYZ");
  92     pdbDBRef.setSource(DBRefSource.PDB);
  93     seq.addDBRef(pdbDBRef);
  94
  95     for (int x = 1; x < 5; x++)
  96     {
  97       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  98       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  99       seq.addDBRef(dbRef);
 100     }
 101     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
 102     assertEquals(
 103             "uniprot_accession:P12345 OR uniprot_id:P12345 OR pdb_id:1xyz",
 104             query);
 105   }
 106
 107   @Test(groups = { "Functional" })
 108   public void populateFilterComboBoxTest()
 109   {
 110     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 111     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 112     sc.populateFilterComboBox();
 113     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 114     assertEquals(3, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
 115                                   // populate filter options
 116
 117     sc.setStructuresDiscovered(true);
 118     sc.populateFilterComboBox();
 119     try
 120     {
 121       Thread.sleep(2000);
 122     } catch (InterruptedException e)
 123     {
 124       e.printStackTrace();
 125     }
 126     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 127     assertTrue(optionsSize > 3); // if structures are found, filter options
 128                                  // should be populated
 129   }
 130
 131   @Test(groups = { "Functional" })
 132   public void fetchStructuresInfoTest()
 133   {
 134     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 135     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 136     sc.fetchStructuresMetaData();
 137     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet() != null);
 138     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet().size() > 0);
 139
 140   }
 141
 142   @Test(groups = { "Functional" })
 143   public void sanitizeSeqNameTest()
 144   {
 145     String name = "ab_cdEF|fwxyz012349";
 146     assertEquals(name, StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 147
 148     // remove a [nn] substring
 149     name = "abcde12[345]fg";
 150     assertEquals("abcde12fg", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 151
 152     // remove characters other than a-zA-Z0-9 | or _
 153     name = "ab[cd],.\t£$*!- \\\"@:e";
 154     assertEquals("abcde", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 155
 156     name = "abcde12[345a]fg";
 157     assertEquals("abcde12345afg", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 158   }
 159 }