test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import java.util.Collection;
  28 import java.util.Vector;
  29
  30 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  32 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  36 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  37 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  38 import jalview.datamodel.Sequence;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.fts.api.FTSData;
  41 import jalview.jbgui.GStructureChooser.FilterOption;
  42 import junit.extensions.PA;
  43
  44 public class StructureChooserTest
  45 {
  46
  47   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  48   public void setUpJvOptionPane()
  49   {
  50     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  51     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  52   }
  53
  54   Sequence seq;
  55
  56   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  57   public void setUp() throws Exception
  58   {
  59     seq = new Sequence("PDB|4kqy|4KQY|A", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1,
  60             26);
  61     seq.createDatasetSequence();
  62     for (int x = 1; x < 5; x++)
  63     {
  64       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  65       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  66       seq.addDBRef(dbRef);
  67     }
  68
  69     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  70     dbRef.setId("1tim");
  71
  72     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<>();
  73     pdbIds.add(dbRef);
  74
  75     seq.setPDBId(pdbIds);
  76   }
  77
  78   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  79   public void tearDown() throws Exception
  80   {
  81     seq = null;
  82   }
  83
  84   @Test(groups = { "Functional" })
  85   public void buildQueryTest()
  86   {
  87     String query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  88     assertEquals("pdb_id:1tim", query);
  89     System.out.println("seq >>>> " + seq);
  90     seq.getAllPDBEntries().clear();
  91     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  92     assertEquals(
  93             "text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4 OR text:4kqy",
  94             query);
  95         seq.setDBRefs(null);
  96     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  97     assertEquals("text:4kqy", query);
  98
  99     DBRefEntry uniprotDBRef = new DBRefEntry();
 100     uniprotDBRef.setAccessionId("P12345");
 101     uniprotDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 102     seq.addDBRef(uniprotDBRef);
 103
 104     DBRefEntry pdbDBRef = new DBRefEntry();
 105     pdbDBRef.setAccessionId("1XYZ");
 106     pdbDBRef.setSource(DBRefSource.PDB);
 107     seq.addDBRef(pdbDBRef);
 108
 109     for (int x = 1; x < 5; x++)
 110     {
 111       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
 112       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
 113       seq.addDBRef(dbRef);
 114     }
 115     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
 116     assertEquals(
 117             "uniprot_accession:P12345 OR uniprot_id:P12345 OR pdb_id:1xyz",
 118             query);
 119   }
 120
 121   @Test(groups = { "Functional" })
 122   public void populateFilterComboBoxTest() throws InterruptedException
 123   {
 124     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 125     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 126     sc.populateFilterComboBox(false, false);
 127     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 128     assertEquals(2, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
 129                                   // populate filter options
 130
 131     sc.populateFilterComboBox(true, false);
 132     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 133     assertTrue(optionsSize > 3); // if structures are found, filter options
 134                                  // should be populated
 135
 136     sc.populateFilterComboBox(true, true);
 137     assertTrue(sc.getCmbFilterOption().getSelectedItem() != null);
 138     FilterOption filterOpt = (FilterOption) sc.getCmbFilterOption()
 139             .getSelectedItem();
 140     assertEquals("Cached Structures", filterOpt.getName());
 141   }
 142
 143   @Test(groups = { "Network" })
 144   public void fetchStructuresInfoTest()
 145   {
 146     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 147     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 148     sc.fetchStructuresMetaData();
 149     Collection<FTSData> ss = (Collection<FTSData>) PA.getValue(sc,
 150             "discoveredStructuresSet");
 151     assertNotNull(ss);
 152     assertTrue(ss.size() > 0);
 153
 154   }
 155
 156   @Test(groups = { "Functional" })
 157   public void sanitizeSeqNameTest()
 158   {
 159     String name = "ab_cdEF|fwxyz012349";
 160     assertEquals(name, StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 161
 162     // remove a [nn] substring
 163     name = "abcde12[345]fg";
 164     assertEquals("abcde12fg", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 165
 166     // remove characters other than a-zA-Z0-9 | or _
 167     name = "ab[cd],.\t£$*!- \\\"@:e";
 168     assertEquals("abcde", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 169
 170     name = "abcde12[345a]fg";
 171     assertEquals("abcde12345afg", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 172   }
 173 }