test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  28 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.jbgui.GStructureChooser.FilterOption;
  32
  33 import java.util.Vector;
  34
  35 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  36 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class StructureChooserTest
  40 {
  41   Sequence seq;
  42
  43   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  44   public void setUp() throws Exception
  45   {
  46     seq = new Sequence("PDB|4kqy|4KQY|A", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1,
  47             26);
  48     seq.createDatasetSequence();
  49     for (int x = 1; x < 5; x++)
  50     {
  51       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  52       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  53       seq.addDBRef(dbRef);
  54     }
  55
  56     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  57     dbRef.setId("1tim");
  58
  59     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<PDBEntry>();
  60     pdbIds.add(dbRef);
  61
  62     seq.setPDBId(pdbIds);
  63   }
  64
  65   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  66   public void tearDown() throws Exception
  67   {
  68     seq = null;
  69   }
  70
  71   @Test(groups = { "Functional" })
  72   public void buildQueryTest()
  73   {
  74     String query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  75     assertEquals("pdb_id:1tim", query);
  76     System.out.println("seq >>>> " + seq);
  77     seq.getAllPDBEntries().clear();
  78     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  79     assertEquals(
  80             "text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4 OR text:4kqy",
  81             query);
  82     seq.setDBRefs(null);
  83     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  84     assertEquals("text:4kqy", query);
  85
  86     DBRefEntry uniprotDBRef = new DBRefEntry();
  87     uniprotDBRef.setAccessionId("P12345");
  88     uniprotDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
  89     seq.addDBRef(uniprotDBRef);
  90
  91     DBRefEntry pdbDBRef = new DBRefEntry();
  92     pdbDBRef.setAccessionId("1XYZ");
  93     pdbDBRef.setSource(DBRefSource.PDB);
  94     seq.addDBRef(pdbDBRef);
  95
  96     for (int x = 1; x < 5; x++)
  97     {
  98       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  99       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
 100       seq.addDBRef(dbRef);
 101     }
 102     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
 103     assertEquals(
 104             "uniprot_accession:P12345 OR uniprot_id:P12345 OR pdb_id:1xyz",
 105             query);
 106   }
 107
 108   @Test(groups = { "Functional" })
 109   public void populateFilterComboBoxTest() throws InterruptedException
 110   {
 111     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 112     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 113     sc.populateFilterComboBox(false, false);
 114     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 115     assertEquals(3, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
 116                                   // populate filter options
 117
 118     sc.populateFilterComboBox(true, false);
 119     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 120     assertTrue(optionsSize > 3); // if structures are found, filter options
 121                                  // should be populated
 122
 123     sc.populateFilterComboBox(true, true);
 124     assertTrue(sc.getCmbFilterOption().getSelectedItem() != null);
 125     FilterOption filterOpt = (FilterOption) sc.getCmbFilterOption()
 126             .getSelectedItem();
 127     assertEquals("Cached PDB Entries", filterOpt.getName());
 128   }
 129
 130   @Test(groups = { "Functional" })
 131   public void fetchStructuresInfoTest()
 132   {
 133     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 134     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 135     sc.fetchStructuresMetaData();
 136     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet() != null);
 137     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet().size() > 0);
 138
 139   }
 140
 141   @Test(groups = { "Functional" })
 142   public void sanitizeSeqNameTest()
 143   {
 144     String name = "ab_cdEF|fwxyz012349";
 145     assertEquals(name, StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 146
 147     // remove a [nn] substring
 148     name = "abcde12[345]fg";
 149     assertEquals("abcde12fg", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 150
 151     // remove characters other than a-zA-Z0-9 | or _
 152     name = "ab[cd],.\t£$*!- \\\"@:e";
 153     assertEquals("abcde", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 154
 155     name = "abcde12[345a]fg";
 156     assertEquals("abcde12345afg", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 157   }
 158 }