test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5
   6 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   7 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   8 import jalview.datamodel.Sequence;
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;
  10
  11 import java.util.Vector;
  12
  13 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  14 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 public class StructureChooserTest
  18 {
  19   Sequence seq;
  20
  21   @BeforeMethod
  22   public void setUp() throws Exception
  23   {
  24     seq = new Sequence("PDB|4kqy|4KQY|A", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1,
  25             26);
  26     seq.setDatasetSequence(seq);
  27     for (int x = 1; x < 5; x++)
  28     {
  29       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  30       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  31       seq.addDBRef(dbRef);
  32     }
  33
  34     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  35     dbRef.setId("1tim");
  36
  37     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<PDBEntry>();
  38     pdbIds.add(dbRef);
  39
  40     seq.setPDBId(pdbIds);
  41   }
  42
  43   @AfterMethod
  44   public void tearDown() throws Exception
  45   {
  46     seq = null;
  47   }
  48
  49
  50
  51   @Test
  52   public void buildQueryTest()
  53   {
  54     String query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  55     System.out.println(">>>>>>>>>> query : " + query);
  56     assertEquals(
  57             "4kqy OR text:1tim OR text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4",
  58             query);
  59   }
  60
  61   @Test
  62   public void populateFilterComboBoxTest()
  63   {
  64     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[]
  65     { seq };
  66     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq,
  67             null);
  68     sc.populateFilterComboBox();
  69     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  70     assertEquals(3, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
  71                                   // populate filter options
  72
  73     sc.setStructuresDiscovered(true);
  74     sc.populateFilterComboBox();
  75     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  76     assertTrue(optionsSize > 3); // if structures are found, filter options
  77                                  // should be populated
  78   }
  79
  80   @Test
  81   public void fetchStructuresInfoTest()
  82   {
  83     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[]
  84     { seq };
  85     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
  86     sc.fetchStructuresMetaData();
  87     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet() != null);
  88     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet().size() > 0);
  89
  90   }
  91 }