test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  28 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  29 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.fts.api.FTSData;
  33 import jalview.jbgui.GStructureChooser.FilterOption;
  34
  35 import java.util.Collection;
  36 import java.util.Vector;
  37
  38 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  39 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  40 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  41 import org.testng.annotations.Test;
  42
  43 import junit.extensions.PA;
  44
  45 public class StructureChooserTest
  46 {
  47
  48   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  49   public void setUpJvOptionPane()
  50   {
  51     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  52     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  53   }
  54
  55   Sequence seq;
  56
  57   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  58   public void setUp() throws Exception
  59   {
  60     seq = new Sequence("PDB|4kqy|4KQY|A", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1,
  61             26);
  62     seq.createDatasetSequence();
  63     for (int x = 1; x < 5; x++)
  64     {
  65       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  66       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  67       seq.addDBRef(dbRef);
  68     }
  69
  70     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  71     dbRef.setId("1tim");
  72
  73     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<>();
  74     pdbIds.add(dbRef);
  75
  76     seq.setPDBId(pdbIds);
  77   }
  78
  79   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  80   public void tearDown() throws Exception
  81   {
  82     seq = null;
  83   }
  84
  85   @Test(groups = { "Functional" })
  86   public void buildQueryTest()
  87   {
  88     String query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  89     assertEquals("pdb_id:1tim", query);
  90     System.out.println("seq >>>> " + seq);
  91     seq.getAllPDBEntries().clear();
  92     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  93     assertEquals(
  94             "text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4 OR text:4kqy",
  95             query);
  96     seq.setDBRefs(null);
  97     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  98     assertEquals("text:4kqy", query);
  99
 100     DBRefEntry uniprotDBRef = new DBRefEntry();
 101     uniprotDBRef.setAccessionId("P12345");
 102     uniprotDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 103     seq.addDBRef(uniprotDBRef);
 104
 105     DBRefEntry pdbDBRef = new DBRefEntry();
 106     pdbDBRef.setAccessionId("1XYZ");
 107     pdbDBRef.setSource(DBRefSource.PDB);
 108     seq.addDBRef(pdbDBRef);
 109
 110     for (int x = 1; x < 5; x++)
 111     {
 112       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
 113       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
 114       seq.addDBRef(dbRef);
 115     }
 116     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
 117     assertEquals(
 118             "uniprot_accession:P12345 OR uniprot_id:P12345 OR pdb_id:1xyz",
 119             query);
 120   }
 121
 122   @Test(groups = { "Functional" })
 123   public void populateFilterComboBoxTest() throws InterruptedException
 124   {
 125     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 126     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 127     sc.populateFilterComboBox(false, false);
 128     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 129     assertEquals(2, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
 130                                   // populate filter options
 131
 132     sc.populateFilterComboBox(true, false);
 133     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 134     assertTrue(optionsSize > 3); // if structures are found, filter options
 135                                  // should be populated
 136
 137     sc.populateFilterComboBox(true, true);
 138     assertTrue(sc.getCmbFilterOption().getSelectedItem() != null);
 139     FilterOption filterOpt = (FilterOption) sc.getCmbFilterOption()
 140             .getSelectedItem();
 141     assertEquals("Cached Structures", filterOpt.getName());
 142   }
 143
 144   @Test(groups = { "Network" })
 145   public void fetchStructuresInfoTest()
 146   {
 147     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 148     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 149     sc.fetchStructuresMetaData();
 150     Collection<FTSData> ss = (Collection<FTSData>) PA.getValue(sc,
 151             "discoveredStructuresSet");
 152     assertNotNull(ss);
 153     assertTrue(ss.size() > 0);
 154
 155   }
 156
 157   @Test(groups = { "Functional" })
 158   public void sanitizeSeqNameTest()
 159   {
 160     String name = "ab_cdEF|fwxyz012349";
 161     assertEquals(name, StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 162
 163     // remove a [nn] substring
 164     name = "abcde12[345]fg";
 165     assertEquals("abcde12fg", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 166
 167     // remove characters other than a-zA-Z0-9 | or _
 168     name = "ab[cd],.\t£$*!- \\\"@:e";
 169     assertEquals("abcde", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 170
 171     name = "abcde12[345a]fg";
 172     assertEquals("abcde12345afg", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 173   }
 174 }