test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5 import org.testng.annotations.AfterMethod;
   6 import org.testng.annotations.Test;
   7 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
   8 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   9 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  10 import jalview.datamodel.Sequence;
  11 import jalview.datamodel.SequenceI;
  12
  13 import java.util.Vector;
  14
  15 public class StructureChooserTest
  16 {
  17   Sequence seq;
  18
  19   @BeforeMethod
  20   public void setUp() throws Exception
  21   {
  22     seq = new Sequence("PDB|4kqy|4KQY|A", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1,
  23             26);
  24     seq.setDatasetSequence(seq);
  25     for (int x = 1; x < 5; x++)
  26     {
  27       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  28       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  29       seq.addDBRef(dbRef);
  30     }
  31
  32     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  33     dbRef.setId("1tim");
  34
  35     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<PDBEntry>();
  36     pdbIds.add(dbRef);
  37
  38     seq.setPDBId(pdbIds);
  39   }
  40
  41   @AfterMethod
  42   public void tearDown() throws Exception
  43   {
  44     seq = null;
  45   }
  46
  47
  48
  49   @Test
  50   public void buildQueryTest()
  51   {
  52     String query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  53     System.out.println(">>>>>>>>>> query : " + query);
  54     assertEquals(
  55             "4kqy OR text:1tim OR text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4",
  56             query);
  57   }
  58
  59   @Test
  60   public void populateFilterComboBoxTest()
  61   {
  62     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[]
  63     { seq };
  64     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq,
  65             null);
  66     sc.populateFilterComboBox();
  67     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  68     assertEquals(3, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
  69                                   // populate filter options
  70
  71     sc.setStructuresDiscovered(true);
  72     sc.populateFilterComboBox();
  73     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  74     assertTrue(optionsSize > 3); // if structures are found, filter options
  75                                  // should be populated
  76   }
  77
  78   @Test
  79   public void fetchStructuresInfoTest()
  80   {
  81     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[]
  82     { seq };
  83     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
  84     sc.fetchStructuresMetaData();
  85     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet() != null);
  86     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet().size() > 0);
  87
  88   }
  89 }