test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.Sequence;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30
  31 import java.util.Vector;
  32
  33 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  34 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 public class StructureChooserTest
  38 {
  39   Sequence seq;
  40
  41   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  42   public void setUp() throws Exception
  43   {
  44     seq = new Sequence("PDB|4kqy|4KQY|A", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1,
  45             26);
  46     seq.setDatasetSequence(seq);
  47     for (int x = 1; x < 5; x++)
  48     {
  49       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  50       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  51       seq.addDBRef(dbRef);
  52     }
  53
  54     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  55     dbRef.setId("1tim");
  56
  57     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<PDBEntry>();
  58     pdbIds.add(dbRef);
  59
  60     seq.setPDBId(pdbIds);
  61   }
  62
  63   @AfterMethod
  64   public void tearDown() throws Exception
  65   {
  66     seq = null;
  67   }
  68
  69   @Test(groups = { "Functional" })
  70   public void buildQueryTest()
  71   {
  72     String query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  73     assertEquals("pdb_id:1tim", query);
  74     System.out.println("seq >>>> " + seq);
  75     seq.getAllPDBEntries().clear();
  76     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  77     assertEquals(
  78             "text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4 OR text:4kqy",
  79             query);
  80     seq.setDBRefs(null);
  81     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  82     assertEquals("text:4kqy", query);
  83   }
  84
  85   @Test(groups = { "Functional" })
  86   public void populateFilterComboBoxTest()
  87   {
  88     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
  89     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
  90     sc.populateFilterComboBox();
  91     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  92     assertEquals(3, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
  93                                   // populate filter options
  94
  95     sc.setStructuresDiscovered(true);
  96     sc.populateFilterComboBox();
  97     try
  98     {
  99       Thread.sleep(2000);
 100     } catch (InterruptedException e)
 101     {
 102       e.printStackTrace();
 103     }
 104     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 105     assertTrue(optionsSize > 3); // if structures are found, filter options
 106                                  // should be populated
 107   }
 108
 109   @Test(groups = { "Functional" })
 110   public void fetchStructuresInfoTest()
 111   {
 112     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 113     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 114     sc.fetchStructuresMetaData();
 115     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet() != null);
 116     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet().size() > 0);
 117
 118   }
 119 }