test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  28 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  29 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.fts.api.FTSData;
  33 import jalview.jbgui.GStructureChooser.FilterOption;
  34 import jalview.ws.params.InvalidArgumentException;
  35
  36 import java.util.Collection;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  40 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  41 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  42 import org.testng.annotations.Test;
  43
  44 import junit.extensions.PA;
  45
  46 public class StructureChooserTest
  47 {
  48
  49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  50   public void setUpJvOptionPane()
  51   {
  52     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  53     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  54   }
  55
  56   Sequence seq;
  57
  58   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  59   public void setUp() throws Exception
  60   {
  61     seq = new Sequence("PDB|4kqy|4KQY|A", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1,
  62             26);
  63     seq.createDatasetSequence();
  64     for (int x = 1; x < 5; x++)
  65     {
  66       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  67       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  68       seq.addDBRef(dbRef);
  69     }
  70
  71     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  72     dbRef.setId("1tim");
  73
  74     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<>();
  75     pdbIds.add(dbRef);
  76
  77     seq.setPDBId(pdbIds);
  78   }
  79
  80   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  81   public void tearDown() throws Exception
  82   {
  83     seq = null;
  84   }
  85
  86   @SuppressWarnings("deprecation")
  87   @Test(groups = { "Functional" })
  88   public void buildQueryTest()
  89   {
  90     System.out.println("seq >>>> " + seq);
  91     StructureChooserQuerySource scquery = StructureChooserQuerySource.getPDBfts();
  92     String query = scquery.buildQuery(seq);
  93     assertEquals("pdb_id:1tim", query);
  94     seq.getAllPDBEntries().clear();
  95     query = scquery.buildQuery(seq);
  96     assertEquals(
  97             "text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4 OR text:4kqy",
  98             query);
  99     seq.setDBRefs(null);
 100     query = scquery.buildQuery(seq);
 101     System.out.println(query);
 102     assertEquals("text:4kqy", query);
 103
 104     DBRefEntry uniprotDBRef = new DBRefEntry();
 105     uniprotDBRef.setAccessionId("P12345");
 106     uniprotDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 107     seq.addDBRef(uniprotDBRef);
 108
 109     DBRefEntry pdbDBRef = new DBRefEntry();
 110     pdbDBRef.setAccessionId("1XYZ");
 111     pdbDBRef.setSource(DBRefSource.PDB);
 112     seq.addDBRef(pdbDBRef);
 113
 114     for (int x = 1; x < 5; x++)
 115     {
 116       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
 117       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
 118       seq.addDBRef(dbRef);
 119     }
 120     System.out.println("");
 121     System.out.println(seq.getDBRefs());
 122     System.out.println(query);
 123     query = scquery.buildQuery(seq);
 124     assertEquals(
 125             "uniprot_accession:P12345 OR uniprot_id:P12345 OR pdb_id:1xyz",
 126             query);
 127   }
 128
 129   @Test(groups = { "Functional" })
 130   public void populateFilterComboBoxTest() throws InterruptedException
 131   {
 132     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 133     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 134     sc.populateFilterComboBox(false, false);
 135     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 136     assertEquals(2, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
 137                                   // populate filter options
 138
 139     sc.populateFilterComboBox(true, false);
 140     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 141     assertTrue(optionsSize > 3); // if structures are found, filter options
 142                                  // should be populated
 143
 144     sc.populateFilterComboBox(true, true);
 145     assertTrue(sc.getCmbFilterOption().getSelectedItem() != null);
 146     FilterOption filterOpt = (FilterOption) sc.getCmbFilterOption()
 147             .getSelectedItem();
 148     assertEquals("Cached Structures", filterOpt.getName());
 149   }
 150
 151   @Test(groups = { "Network" })
 152   public void fetchStructuresInfoTest()
 153   {
 154     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 155     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 156     sc.fetchStructuresMetaData();
 157     Collection<FTSData> ss = (Collection<FTSData>) PA.getValue(sc,
 158             "discoveredStructuresSet");
 159     assertNotNull(ss);
 160     assertTrue(ss.size() > 0);
 161
 162   }
 163
 164   @Test(groups = { "Functional" })
 165   public void sanitizeSeqNameTest()
 166   {
 167     String name = "ab_cdEF|fwxyz012349";
 168     assertEquals(name, StructureChooserQuerySource.sanitizeSeqName(name));
 169
 170     // remove a [nn] substring
 171     name = "abcde12[345]fg";
 172     assertEquals("abcde12fg", StructureChooserQuerySource.sanitizeSeqName(name));
 173
 174     // remove characters other than a-zA-Z0-9 | or _
 175     name = "ab[cd],.\t£$*!- \\\"@:e";
 176     assertEquals("abcde", StructureChooserQuerySource.sanitizeSeqName(name));
 177
 178     name = "abcde12[345a]fg";
 179     assertEquals("abcde12345afg", StructureChooserQuerySource.sanitizeSeqName(name));
 180   }
 181 }