test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   5 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   6 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.ws.dbsources.PDBRestClient.PDBDocField;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Vector;
  14
  15 import org.junit.After;
  16 import org.junit.Before;
  17 import org.junit.Test;
  18
  19 public class StructureChooserTest
  20 {
  21   Sequence seq;
  22
  23   @Before
  24   public void setUp() throws Exception
  25   {
  26     seq = new Sequence("Test_Seq", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1, 26);
  27     seq.setDatasetSequence(seq);
  28     for (int x = 1; x < 5; x++)
  29     {
  30       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  31       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  32       seq.addDBRef(dbRef);
  33     }
  34
  35     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  36     dbRef.setId("1tim");
  37
  38     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<PDBEntry>();
  39     pdbIds.add(dbRef);
  40
  41     seq.setPDBId(pdbIds);
  42   }
  43
  44   @After
  45   public void tearDown() throws Exception
  46   {
  47     seq = null;
  48   }
  49
  50   @Test
  51   public void getPDBIdColumIndexTest()
  52   {
  53     List<PDBDocField> wantedFields = new ArrayList<PDBDocField>();
  54     wantedFields.add(PDBDocField.MOLECULE_TYPE);
  55     wantedFields.add(PDBDocField.GENUS);
  56     wantedFields.add(PDBDocField.GENE_NAME);
  57     wantedFields.add(PDBDocField.TITLE);
  58     wantedFields.add(PDBDocField.PDB_ID);
  59     assertEquals(5, StructureChooser.getPDBIdColumIndex(wantedFields));
  60   }
  61
  62   @Test
  63   public void buildQueryTest()
  64   {
  65     assertEquals(
  66             "1tim OR text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4",
  67             StructureChooser.buildQuery(seq));
  68   }
  69
  70   @Test
  71   public void populateFilterComboBoxTest()
  72   {
  73     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[]
  74     { seq };
  75     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq,
  76             null);
  77     sc.populateFilterComboBox();
  78     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  79     assertEquals(2, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
  80                                   // populate filter options
  81
  82     sc.setStructuresDiscovered(true);
  83     sc.populateFilterComboBox();
  84     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  85     assertTrue(optionsSize > 2); // if structures are found, filter options
  86                                  // should be populated
  87   }
  88
  89   @Test
  90   public void fetchStructuresInfoTest()
  91   {
  92     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[]
  93     { seq };
  94     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
  95     sc.fetchStructuresMetaData();
  96     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet() != null);
  97     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet().size() > 0);
  98
  99   }
 100 }