test/jalview/io/AnnotatedPDBFileInputTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
   5 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
   6 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   8 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   9 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  10 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  11 import jalview.datamodel.SequenceI;
  12 import jalview.gui.AlignFrame;
  13 import jalview.gui.Desktop;
  14 import jalview.structure.StructureMapping;
  15 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  16
  17 import java.io.File;
  18 import java.util.Vector;
  19
  20 import org.junit.AfterClass;
  21 import org.junit.Before;
  22 import org.junit.BeforeClass;
  23 import org.junit.Test;
  24
  25 public class AnnotatedPDBFileInputTest
  26 {
  27
  28   AlignmentI al;
  29
  30   String pdbStr = "examples/1gaq.txt";
  31
  32   String pdbId;
  33
  34   @Before
  35   public void setup() throws Exception
  36   {
  37     FileLoader loader = new FileLoader(false);
  38     AlignFrame af = loader.LoadFileWaitTillLoaded(pdbStr,
  39             FormatAdapter.FILE);
  40     al = af.getViewport().getAlignment();
  41     pdbId = ((PDBEntry) al.getSequenceAt(0).getDatasetSequence().getPDBId()
  42             .get(0)).getId();
  43   }
  44
  45   @Test
  46   public void checkNoDuplicates()
  47   {
  48     // not strictly a requirement, but strange things may happen if multiple
  49     // instances of the same annotation are placed in the alignment annotation
  50     // vector
  51     assertNotNull(al.getAlignmentAnnotation());
  52     // verify that all sequence annotation is doubly referenced
  53     AlignmentAnnotation[] avec = al.getAlignmentAnnotation();
  54     for (int p = 0; p < avec.length; p++)
  55     {
  56       for (int q = p + 1; q < avec.length; q++)
  57       {
  58         assertNotEquals(
  59                 "Found a duplicate annotation row " + avec[p].label,
  60                 avec[p], avec[q]);
  61       }
  62     }
  63   }
  64
  65   @Test
  66   public void checkPDBannotationSource()
  67   {
  68
  69     for (SequenceI asq : al.getSequences())
  70     {
  71       for (AlignmentAnnotation aa : asq.getAnnotation())
  72       {
  73
  74         System.out.println("CalcId: " + aa.getCalcId());
  75         assertTrue(MCview.PDBfile.isCalcIdForFile(aa, pdbId));
  76       }
  77     }
  78   }
  79
  80   /**
  81    * Check sequence features have been added
  82    */
  83   @Test
  84   public void checkPDBSequenceFeatures()
  85   {
  86     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  87             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
  88     StructureMapping[] mappings = ssm.getMapping("1gaq");
  89     // suspect we really want to make assertions on sequence features
  90     // in these mappings' sequencess
  91     /*
  92      * 1GAQ/A
  93      */
  94     SequenceFeature[] sf = al.getSequenceAt(0).getSequenceFeatures();
  95     assertEquals(296, sf.length);
  96     assertEquals("RESNUM", sf[0].getType());
  97     assertEquals("GLU:19 1gaqA", sf[0].getDescription());
  98     assertEquals("RESNUM", sf[295].getType());
  99     assertEquals("TYR:314 1gaqA", sf[295].getDescription());
 100
 101     /*
 102      * 1GAQ/B
 103      */
 104     sf = al.getSequenceAt(1).getSequenceFeatures();
 105     assertEquals(98, sf.length);
 106     assertEquals("RESNUM", sf[0].getType());
 107     assertEquals("ALA:1 1gaqB", sf[0].getDescription());
 108     assertEquals("RESNUM", sf[97].getType());
 109     assertEquals("ALA:98 1gaqB", sf[97].getDescription());
 110
 111     /*
 112      * 1GAQ/C
 113      */
 114     sf = al.getSequenceAt(2).getSequenceFeatures();
 115     assertEquals(296, sf.length);
 116     assertEquals("RESNUM", sf[0].getType());
 117     assertEquals("GLU:19 1gaqC", sf[0].getDescription());
 118     assertEquals("RESNUM", sf[295].getType());
 119     assertEquals("TYR:314 1gaqC", sf[295].getDescription());
 120   }
 121
 122   @Test
 123   public void checkAnnotationWiring()
 124   {
 125     assertTrue(al.getAlignmentAnnotation() != null);
 126     // verify that all sequence annotation is doubly referenced
 127     for (AlignmentAnnotation aa : al.getAlignmentAnnotation())
 128     {
 129       if (aa.sequenceRef != null)
 130       {
 131         assertTrue(al.getSequences().contains(aa.sequenceRef));
 132         assertNotNull(aa.sequenceRef.getAnnotation());
 133         boolean found = false;
 134         for (AlignmentAnnotation sqan : aa.sequenceRef.getAnnotation())
 135         {
 136           if (sqan == aa)
 137           {
 138             found = true;
 139             break;
 140           }
 141         }
 142         assertTrue(
 143                 "Couldn't find sequence associated annotation "
 144                         + aa.label
 145                         + " on the sequence it is associated with.\nSequence associated editing will fail.",
 146                 found);
 147       }
 148     }
 149   }
 150
 151   /**
 152    * @throws java.lang.Exception
 153    */
 154   @BeforeClass
 155   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 156   {
 157     jalview.bin.Jalview.main(new String[]
 158     { "-props", "test/src/jalview/io/testProps.jvprops" });
 159   }
 160
 161   /**
 162    * @throws java.lang.Exception
 163    */
 164   @AfterClass
 165   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
 166   {
 167     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 168
 169   }
 170
 171   @Test
 172   public void testJalviewProjectRelocationAnnotation() throws Exception
 173   {
 174
 175     String inFile = "examples/1gaq.txt";
 176     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 177             .getAbsolutePath();
 178     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 179             inFile, FormatAdapter.FILE);
 180     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 181     assertTrue("Failed to store as a project.",
 182             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 183     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 184     af = null;
 185     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 186             FormatAdapter.FILE);
 187     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 188     for (SequenceI asq : af.getViewport().getAlignment().getSequences())
 189     {
 190       SequenceI sq = asq;
 191       while (sq.getDatasetSequence() != null)
 192       {
 193         sq = sq.getDatasetSequence();
 194       }
 195       assertNotNull(sq.getPDBId());
 196       assertEquals("Expected only one PDB ID", sq.getPDBId().size(), 1);
 197       for (PDBEntry pdbentry : (Vector<PDBEntry>) sq.getPDBId())
 198       {
 199         System.err.println("PDB Entry " + pdbentry.getId() + " "
 200                 + pdbentry.getFile());
 201         boolean exists = false, found = false;
 202         for (AlignmentAnnotation ana : sq.getAnnotation())
 203         {
 204           System.err.println("CalcId " + ana.getCalcId());
 205           if (ana.getCalcId() != null
 206                   && MCview.PDBfile.isCalcIdHandled(ana.getCalcId()))
 207           {
 208             exists = true;
 209             if (MCview.PDBfile.isCalcIdForFile(ana,
 210                     pdbentry.getId()))
 211             {
 212               found = true;
 213             }
 214           }
 215         }
 216         if (exists)
 217         {
 218           assertTrue("Couldn't find any annotation for " + pdbentry.getId()
 219                   + " (file handle " + pdbentry.getFile() + ")", found);
 220         }
 221       }
 222     }
 223   }
 224 }