test/jalview/io/AnnotatedPDBFileInputTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
   5 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
   6 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   7
   8 import java.io.File;
   9
  10 import org.junit.AfterClass;
  11 import org.junit.Before;
  12 import org.junit.BeforeClass;
  13 import org.junit.Test;
  14
  15 import jalview.bin.Cache;
  16 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  17 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  18 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  19 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  20 import jalview.datamodel.SequenceI;
  21 import jalview.gui.AlignFrame;
  22 import jalview.gui.Desktop;
  23 import jalview.structure.StructureMapping;
  24 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  25
  26 public class AnnotatedPDBFileInputTest
  27 {
  28
  29   AlignmentI al;
  30
  31   String pdbStr = "examples/1gaq.txt";
  32
  33   String pdbId;
  34
  35   @Before
  36   public void setup() throws Exception
  37   {
  38     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  39             Boolean.TRUE.toString());
  40     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  41             Boolean.TRUE.toString());
  42     FileLoader loader = new FileLoader(false);
  43     AlignFrame af = loader.LoadFileWaitTillLoaded(pdbStr,
  44             FormatAdapter.FILE);
  45     al = af.getViewport().getAlignment();
  46     pdbId = al.getSequenceAt(0).getDatasetSequence().getPDBId()
  47             .get(0).getId();
  48   }
  49
  50   @Test
  51   public void checkNoDuplicates()
  52   {
  53     // not strictly a requirement, but strange things may happen if multiple
  54     // instances of the same annotation are placed in the alignment annotation
  55     // vector
  56     assertNotNull(al.getAlignmentAnnotation());
  57     // verify that all sequence annotation is doubly referenced
  58     AlignmentAnnotation[] avec = al.getAlignmentAnnotation();
  59     for (int p = 0; p < avec.length; p++)
  60     {
  61       for (int q = p + 1; q < avec.length; q++)
  62       {
  63         assertNotEquals(
  64                 "Found a duplicate annotation row " + avec[p].label,
  65                 avec[p], avec[q]);
  66       }
  67     }
  68   }
  69
  70   @Test
  71   public void checkPDBannotationSource()
  72   {
  73
  74     for (SequenceI asq : al.getSequences())
  75     {
  76       for (AlignmentAnnotation aa : asq.getAnnotation())
  77       {
  78
  79         System.out.println("CalcId: " + aa.getCalcId());
  80         assertTrue(MCview.PDBfile.isCalcIdForFile(aa, pdbId));
  81       }
  82     }
  83   }
  84
  85   /**
  86    * Check sequence features have been added
  87    */
  88   @Test
  89   public void checkPDBSequenceFeatures()
  90   {
  91     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  92             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
  93     StructureMapping[] mappings = ssm.getMapping("1gaq");
  94     // suspect we really want to make assertions on sequence features
  95     // in these mappings' sequencess
  96     /*
  97      * 1GAQ/A
  98      */
  99     SequenceFeature[] sf = al.getSequenceAt(0).getSequenceFeatures();
 100     assertEquals(296, sf.length);
 101     assertEquals("RESNUM", sf[0].getType());
 102     assertEquals("GLU:19 1gaqA", sf[0].getDescription());
 103     assertEquals("RESNUM", sf[295].getType());
 104     assertEquals("TYR:314 1gaqA", sf[295].getDescription());
 105
 106     /*
 107      * 1GAQ/B
 108      */
 109     sf = al.getSequenceAt(1).getSequenceFeatures();
 110     assertEquals(98, sf.length);
 111     assertEquals("RESNUM", sf[0].getType());
 112     assertEquals("ALA:1 1gaqB", sf[0].getDescription());
 113     assertEquals("RESNUM", sf[97].getType());
 114     assertEquals("ALA:98 1gaqB", sf[97].getDescription());
 115
 116     /*
 117      * 1GAQ/C
 118      */
 119     sf = al.getSequenceAt(2).getSequenceFeatures();
 120     assertEquals(296, sf.length);
 121     assertEquals("RESNUM", sf[0].getType());
 122     assertEquals("GLU:19 1gaqC", sf[0].getDescription());
 123     assertEquals("RESNUM", sf[295].getType());
 124     assertEquals("TYR:314 1gaqC", sf[295].getDescription());
 125   }
 126
 127   @Test
 128   public void checkAnnotationWiring()
 129   {
 130     assertTrue(al.getAlignmentAnnotation() != null);
 131     // verify that all sequence annotation is doubly referenced
 132     for (AlignmentAnnotation aa : al.getAlignmentAnnotation())
 133     {
 134       if (aa.sequenceRef != null)
 135       {
 136         assertTrue(al.getSequences().contains(aa.sequenceRef));
 137         assertNotNull(aa.sequenceRef.getAnnotation());
 138         boolean found = false;
 139         for (AlignmentAnnotation sqan : aa.sequenceRef.getAnnotation())
 140         {
 141           if (sqan == aa)
 142           {
 143             found = true;
 144             break;
 145           }
 146         }
 147         assertTrue(
 148                 "Couldn't find sequence associated annotation "
 149                         + aa.label
 150                         + " on the sequence it is associated with.\nSequence associated editing will fail.",
 151                 found);
 152       }
 153     }
 154   }
 155
 156   /**
 157    * @throws java.lang.Exception
 158    */
 159   @BeforeClass
 160   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 161   {
 162     jalview.bin.Jalview.main(new String[]
 163     { "-props", "test/src/jalview/io/testProps.jvprops" });
 164   }
 165
 166   /**
 167    * @throws java.lang.Exception
 168    */
 169   @AfterClass
 170   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
 171   {
 172     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 173
 174   }
 175
 176   @Test
 177   public void testJalviewProjectRelocationAnnotation() throws Exception
 178   {
 179
 180     String inFile = "examples/1gaq.txt";
 181     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 182             .getAbsolutePath();
 183     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 184             inFile, FormatAdapter.FILE);
 185     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 186     assertTrue("Failed to store as a project.",
 187             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 188     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 189     af = null;
 190     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 191             FormatAdapter.FILE);
 192     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 193     for (SequenceI asq : af.getViewport().getAlignment().getSequences())
 194     {
 195       SequenceI sq = asq;
 196       while (sq.getDatasetSequence() != null)
 197       {
 198         sq = sq.getDatasetSequence();
 199       }
 200       assertNotNull(sq.getPDBId());
 201       assertEquals("Expected only one PDB ID", sq.getPDBId().size(), 1);
 202       for (PDBEntry pdbentry : sq.getPDBId())
 203       {
 204         System.err.println("PDB Entry " + pdbentry.getId() + " "
 205                 + pdbentry.getFile());
 206         boolean exists = false, found = false;
 207         for (AlignmentAnnotation ana : sq.getAnnotation())
 208         {
 209           System.err.println("CalcId " + ana.getCalcId());
 210           if (ana.getCalcId() != null
 211                   && MCview.PDBfile.isCalcIdHandled(ana.getCalcId()))
 212           {
 213             exists = true;
 214             if (MCview.PDBfile.isCalcIdForFile(ana,
 215                     pdbentry.getId()))
 216             {
 217               found = true;
 218             }
 219           }
 220         }
 221         if (exists)
 222         {
 223           assertTrue("Couldn't find any annotation for " + pdbentry.getId()
 224                   + " (file handle " + pdbentry.getFile() + ")", found);
 225         }
 226       }
 227     }
 228   }
 229 }