test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.io.AnnotationFile.ViewDef;
  29
  30 import java.io.File;
  31 import java.util.Hashtable;
  32
  33 import org.testng.Assert;
  34 import org.testng.annotations.Test;
  35
  36 public class AnnotationFileIOTest
  37 {
  38
  39   static String TestFiles[][] = {
  40       { "Test example annotation import/export", "examples/uniref50.fa",
  41           "examples/testdata/example_annot_file.jva" },
  42       { "Test multiple combine annotation statements import/export",
  43           "examples/uniref50.fa",
  44           "examples/testdata/test_combine_annot.jva" },
  45       {
  46           "Test multiple combine annotation statements with sequence_ref import/export",
  47           "examples/uniref50.fa", "examples/testdata/uniref50_iupred.jva" },
  48       {
  49           "Test group only annotation file parsing results in parser indicating annotation was parsed",
  50           "examples/uniref50.fa", "examples/testdata/test_grpannot.jva" },
  51       { "Test hiding/showing of insertions on sequence_ref",
  52           "examples/uniref50.fa", "examples/testdata/uniref50_seqref.jva" } };
  53
  54   @Test(groups = { "Functional" })
  55   public void exampleAnnotationFileIO() throws Exception
  56   {
  57     for (String[] testPair : TestFiles)
  58     {
  59       testAnnotationFileIO(testPair[0], new File(testPair[1]), new File(
  60               testPair[2]));
  61     }
  62   }
  63
  64   public static AlignmentI readAlignmentFile(File f)
  65   {
  66     System.out.println("Reading file: " + f);
  67     String ff = f.getPath();
  68     try
  69     {
  70       FormatAdapter rf = new FormatAdapter();
  71
  72       AlignmentI al = rf.readFile(ff, AppletFormatAdapter.FILE,
  73               new IdentifyFile().identify(ff, AppletFormatAdapter.FILE));
  74
  75       // make sure dataset is initialised ? not sure about this
  76       for (int i = 0; i < al.getSequencesArray().length; ++i)
  77       {
  78         al.getSequenceAt(i).createDatasetSequence();
  79       }
  80       assertNotNull("Couldn't read supplied alignment data.", al);
  81       return al;
  82     } catch (Exception e)
  83     {
  84       e.printStackTrace();
  85     }
  86     Assert.fail("Couln't read the alignment in file '" + f.toString() + "'");
  87     return null;
  88   }
  89
  90   /**
  91    * test alignment data in given file can be imported, exported and reimported
  92    * with no dataloss
  93    *
  94    * @param f
  95    *          - source datafile (IdentifyFile.identify() should work with it)
  96    * @param ioformat
  97    *          - label for IO class used to write and read back in the data from
  98    *          f
  99    */
 100
 101   // @Test(groups ={ "Functional" })
 102   public static void testAnnotationFileIO(String testname, File f,
 103           File annotFile)
 104   {
 105     System.out.println("Test: " + testname + "\nReading annotation file '"
 106             + annotFile + "' onto : " + f);
 107     String af = annotFile.getPath();
 108     try
 109     {
 110       AlignmentI al = readAlignmentFile(f);
 111       ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 112       assertTrue(
 113               "Test "
 114                       + testname
 115                       + "\nAlignment was not annotated - annotation file not imported.",
 116               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al, cs, af,
 117                       FormatAdapter.FILE));
 118
 119       AnnotationFile aff = new AnnotationFile();
 120       ViewDef v = aff.new ViewDef(null, al.getHiddenSequences(), cs,
 121               new Hashtable());
 122       String anfileout = new AnnotationFile().printAnnotations(
 123               al.getAlignmentAnnotation(), al.getGroups(),
 124               al.getProperties(), null, al, v);
 125       assertTrue(
 126               "Test "
 127                       + testname
 128                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",
 129               anfileout != null);
 130       assertTrue(
 131               "Test "
 132                       + testname
 133                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",
 134               anfileout.length() > "JALVIEW_ANNOTATION".length());
 135
 136       System.out.println("Output annotation file:\n" + anfileout
 137               + "\n<<EOF\n");
 138
 139       AlignmentI al_new = readAlignmentFile(f);
 140       assertTrue(
 141               "Test "
 142                       + testname
 143                       + "\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",
 144               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout,
 145                       FormatAdapter.PASTE));
 146
 147       // test for consistency in io
 148       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new, false);
 149       return;
 150     } catch (Exception e)
 151     {
 152       e.printStackTrace();
 153     }
 154     Assert.fail("Test "
 155             + testname
 156             + "\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test for '"
 157             + annotFile + "'.");
 158   }
 159 }